第一節 神秘主義
如前文所述，在這一啟蒙的時代，人們開始表現出研究自然的興趣。那個時代許多比較魯莽的人想要解釋外在世界的奧秘，卻採取了荒誕和欺騙的形式。他們沒有採用觀察和實驗的方法，而是沒有耐心地希望通過神秘方法，通過高於感官知覺的特殊內在啟示來理解自然的秘密。屬於這一團體的有：米蘭多拉的柏拉圖主義者約翰·皮科（1494年去世），他的侄子弗蘭西斯（1533年去世）和銳赫林（《論奇異的文字》，1494年），他們是猶太神秘哲學或神秘的流射理論的狂熱研究者，從9世紀開始，猶太人就開始研究這些理論，一般要追溯到亞伯拉罕。
其他人則不滿足於以這一方式理解自然的秘密，他們急於獲得控制自然的力量，強迫自然聽命於他們的命令。他們將自然視為神秘力量的展示，相信通過和這些神靈交流就可以控制自然現象。他們希望通過神秘的技術和符號、各種神秘規則，或者通過隱藏的數字（按照畢達哥拉斯學說，這些數字寫成了自然之書）實現他們的目的。這就是巫術或者神通。既然行星也在神靈的控制之下，占星術就成為神秘主義者的學說的一個重要部分。他們還對煉金術非常感興趣—煉金術是金屬的巫術轉化方法或者製造金子的技術。煉金術被用來為醫學服務，他們以非常荒誕的方法製成各種神秘的混合物和酊劑，用來治病。整個運動的目標就是要尋找點金石，在點金石的幫助下去理解自然最為深奧的秘密並且完全控制自然。
納特斯海姆的阿格裡帕和霍恩海姆的泰奧弗拉斯托斯，即帕拉切爾蘇斯（1493年~1541年）是這一巫術群體中的領導者。帕拉切爾蘇斯之後的追隨者有：R.弗拉德、約翰·巴普提斯塔·梵·海爾蒙特和弗蘭西斯·梅爾庫裡烏斯·梵·海爾蒙特。
帕拉切爾蘇斯
帕拉切爾蘇斯的自然觀念的哲學基礎是新柏拉圖主義。人是微觀宇宙，自然是宏觀宇宙，我們只有通過研究人才能理解宇宙，只有通過研究宇宙才能理解人。人擁有一個基本的或地球上的或有形的軀體，和一個來自恆星區域的恆星的或星際的或無形的軀體（精神），以及一個源於上帝的靈魂。相應地有三種偉大的科學：哲學、占星術和神學，這三種科學連同煉金術構成了醫學科學的基礎，醫生應當具有這些學科的知識。土、水、火、氣這四種所謂的元素是由三種基本物質構成的：鹽（固體基質）、水銀（液體基質）和硫磺（可燃基質）。這四種元素分別受地神、水神、氣精、火精等元素精靈控制。每一具體事物都受一種本原控制，疾病通過反對地球上的或星際的力量來抑制這一生命力。醫術的秘密就在於通過煉金術和巫術來支持這一生命力以反對它的敵人。
歌德在他的《浮士德》中細緻地描述了關於自然這一荒誕概念，這一概念展現了超自然主義和自然主義、神秘主義和科學的一種奇異的混合。在《浮士德》中，文藝復興的精神被人格化：對知識無法滿足的渴求、獲取知識的粗糙方法、中世紀的偏見和迷信、隨之而來的懷疑論、熱切渴望生活的愉悅—這些都是一個處於新世紀開端的人的特徵。
帕拉切爾蘇斯和他的追隨者提出這樣的學說並不令人驚奇。自然是神秘奇異力量的所在地，這一觀點同通常信念是一致的。神跡並不是非同尋常的，一個又一個聖徒在其生活中施行神跡。聖徒去世後，他的遺物產生了神奇的影響。那些專門從事潛藏力量和魔法的人為什麼不能實行非凡之事？15世紀末，一個名叫雅各布斯·斯普倫格爾的神學家寫了一本關於巫術的書《女巫之槌》，在書中他以一種嚴肅科學的方式討論了巫術的原因、結果以及對它的治療方法。
這一運動儘管荒誕迷信，但促進了社會進步。就它試圖研究和控制自然而言，這一神秘主義是近代科學的先驅。巫術的追隨者雖仍沉迷於中世紀的神秘理論和實踐中，但他們面向未來。經過一段時間，荒誕的成分被去除，煉金術逐漸發展為化學，占星術發展為天文學，巫術發展為實驗，神秘的畢達哥拉斯的數體系則促進了對數學的興趣。哥白尼出於占星術的動機而探究天空的數學秩序。有時候繞道的彎路似乎倒是歸程的捷徑。
第二節 自然哲學
在意大利有很多自然哲學家雖然並沒有完全擺脫諸如煉丹術和占星術等舊迷信的束縛，但具有真正的科學精神。傑羅姆·卡丹或吉羅拉莫·卡爾達諾（1501年~1576年）是一個著名的醫生、數學家和科學家，他試圖以自然方式解釋所有事物。他認為有三種元素而非四種：土、氣和水，或並非實體，而是由運動所產生的熱的屬性或性質。世界有一個與光和熱同一的靈魂。
貝納迪諾·特勒肖（1508年~1588年，著有《物性論》）試圖通過使自然科學擺脫亞里士多德和古代人的束縛，從而改革自然科學。雖然他的哲學遠遠超越了文藝復興時期其他的自然體系，但並沒有擺脫希臘的影響。其中，前蘇格拉底的「自然哲學家」和斯多葛派形而上學的影響是很明顯的。特勒肖認為物質由上帝創造，並且在數量上恆常不變，他將物質和力及其他兩種相反的元素冷和熱作為解釋自然的基質。熱引起了物質的延展和稀釋，並且是所有生命和運動的來源。冷引起收縮和凝聚，是全部固定和靜止的原因。宇宙的存在和變化是由這兩種基質的恆常對立造成的。特勒肖甚至用機械和物質的方式來解釋靈魂，認為靈魂是由精細的質料構成的，位於大腦但通過神經而擴散到整個身體。靈魂作為基質將有機體的各個部分結合在一起。除了物質性的靈魂外，還有由上帝附加的不朽的靈魂。在其倫理學中，特勒肖宣揚自我保存是人類努力追求的唯一目標。
特勒肖是那不勒斯自然科學團體特勒肖學園的創始人。弗蘭西斯·帕特裡奇（1529年~1597年）將新柏拉圖主義和特勒肖的原理結合起來。
第三節 科學運動
對外在自然的興趣在中世紀時已經開始異常頻繁地彰顯，而且有著十分奇異的方式，人們的這一興趣在以列奧納多·達·芬奇（1452年~1519年）、哥白尼（1473年~1543年）、伽利略（1564年~1641年）、開普勒（1571年~1630年）、牛頓（1642年~1727年）為主要代表的科學運動中達到了頂峰。這些思想家完全去除了神秘和巫術的元素，試圖以一種完全自然的方式解釋自然想像。舊的亞里士多德主義的解釋原則—形式或本質作用於質料促使後者實現形式的目標或者目的—被拋棄，取而代之的是機械的解釋：所有的自然現象都是由物體按照固定的法則運動引起的。科學家通過數學揭示了行星運動的秘密：開普勒發現了行星運動的軌道，結果占星術變成了天文學。羅伯特·波義耳儘管是一名煉金術士，但他將原子理論引入化學，並終結了煉金術。在19世紀的達爾文理論中，這整個反神學的思想路線達到了巔峰，達爾文的理論試圖以因果和機械方式解釋有機形式，而不求助於外在於有機體的任何形式的生命力或目的。
伽利略
伽利略完全熟悉德謨克利特的理論，他認為德謨克利特在哲學上的才華要超過亞里士多德。伽利略將所有變化均視為與物體的部分有關；在嚴格意義上，既沒有起源也沒有衰落，萬物都是原子運動的結果。可感覺的性質是主觀的，並建立在數量關係的基礎上，數量可以解釋所有的性質。因此，處理數量關係的數學就是最高級的科學：「宇宙之書是用數學符號寫成的。」凡是能夠度量的，我們就能夠認識，而不能加以度量的，就不能認識。構成力學研究基礎的這些法則由列奧納多、開普勒和伽利略發現並用公式明確表達。他們的工作證實了哥白尼的或以太陽為中心的天文學理論，按照這一理論，地球不再被認為是宇宙不動的中心，而是和所有行星一樣圍繞著中心的太陽旋轉。雖然教會最初歡迎哥白尼的學說，後來又因為「對天主教真理有害」而加以譴責，並在1616年將其列為被禁止的學說。伽利略在1633年被迫放棄哥白尼的理論，並受宗教裁判所監視，直至1641年去世。艾薩克·牛頓爵士於1692年發現了萬有引力定律，哥白尼學說得到了進一步證實：開普勒所闡述的行星運動定律被證明是萬有引力定律和其他物理力學的推論。
伽利略在科學問題上拒絕權威和神秘思辨，主張所有的一般命題都應當建立在觀察和實驗的基礎上。但是他認為，實驗應當輔之以知性。我們將事實納入法則中，對偶然狀況進行抽像，從事實中歸納出它們簡單、必然的原因。這些都是思維過程。理想的研究方法是運用觀察、實驗和思維。
皮埃爾·伽桑狄（1592年~1655年）復興了伊壁鳩魯和盧克萊修的理論，反對笛卡爾的微粒說。同時，他用神學觀點補充了自己的力學理論，將上帝作為運動的發起者。梅森神父（1588年~1648年）和羅伯特·波義耳（1627年~1691年）試圖調和伽桑狄的原子論和笛卡爾的微粒說。波義耳將原子論引入化學，但是僅僅將其當作一種方法的工具，而不是作為宇宙的哲學理論。世界的存在表明，一位有智慧的創造者和設計者，他發起了運動。牛頓也持有類似的神學觀點。
參考書
伽利略，《關於兩本新科學的對話》，H.Crew和A.de Salvio譯，1939年；哥白尼，《綱要》，E.Rosen譯，1939年；H.Hoffding，《近代哲學史》，第2版，B.E.Meyer譯，第一卷，161頁以後，1915年；E.A.Burtt，《近代自然科學的形而上學基礎》，1925年；E.Mach，《力學》，T.J.McCormack譯，1919年，1942年；L.Thorndike，《巫術和經驗科學史》，第三卷，第六卷，1934年~1941年；R.Lenoble，《梅森和機械論的產生》，1943年；G.S.Brett，《伽桑狄的哲學》，1908年。