第一節 中世紀的理性主義
中世紀的主要歷史任務是傳播和發展古典的基督教文化。教會承擔了這一任務，成為人們精神的監護者。但是兒童不可避免要長大成人，並結束受監護的日子。現在這一時間到了，哲學史上一個新的時期開始了。但是我們不應當認為歷史突然中斷—這樣的中斷很少發生。這一新的歷史時期只不過是一個漫長演進過程的結果，帶有以前時期的許多特徵。經院哲學自身是人們渴求理性洞見的結果，希望理解並找到新信仰的理由。它所代表的反思和探索精神與引導希臘人建立希臘思想黃金時代的偉大形而上學體系的精神是一樣的。誠然，這一探索的目標是由信仰確定的，哲學作為信仰的侍女為信仰服務，但是在信仰劃定的範圍內，人的理性有相當的自由空間。中世紀人們對理性知識的態度與早期基督教徒的態度絕不相同。早期的基督教並不讚美人類的理智進步，也不希望通過思辨理性之門進入天國。聖保羅問道：「智者在哪裡？文士在哪裡？關於世界的辯論者在哪裡？上帝不是使這個世界上的智者變得愚蠢了嗎？」這並不是中世紀的經院哲學精神。教會的神父和博士熱衷於理解，決心將他們的信仰理性化，希望通過智慧來認識上帝。如果他們並不像我們一樣研究世界，也沒有向希臘人一樣以獨立的精神追求真理，那是因為他們深信他們的前提，即他們所信仰的教義是絕對的真理。這些教義就是他們的論據，他們用這些教義來促進自己的理智，並將其結合成為一個體系。他們將研究的興趣放在超驗世界，放在我們的塵世生活與精神王國的關係上。他們對自然事件漠不關心，除非他們在其中看到神聖計劃的作用。只要他們理解了真正有價值的、超驗的真理，還會去關心那些細枝末節嗎？教會並不反對科學研究本身，它確信所發現的事實都將會證實偉大的、基本的真理，因此忽視了科學研究。
第二節 國家主義的興起
儘管教會有權力，而且要求獨立並反對教會權威的精神曾在很長時間內處於鬱積狀態，但是這一精神從來沒有完全消失。它在政治領域表現為教會同國家的鬥爭，這一鬥爭很早就開始，並且雙方的鬥爭很激烈。勝利從教皇轉移到君主那裡，又從君主轉移到教皇那裡。格裡高利七世的統治（1077年）標誌著教會的勝利：德國的亨利四世曾到卡諾薩進行懺悔並向教皇致敬。英諾森三世在位期間（1198年~1216年）教會的權力達到了頂峰，但自那之後就開始衰落，法國的菲利普四世在同教皇卜尼法斯八世的鬥爭中取得勝利，迫使教廷遷到阿維尼翁，在那裡從1309年持續到1376年。正是在這一時期，唯名論運動和德國的神秘主義取得了重大進展。從1378年到1415年，教皇的職權發生了重大分裂。這段時間有兩個教皇（一度有三個）進行統治。教皇像巴比倫囚虜一樣被囚禁在阿維尼翁，加上教會的分裂，這對教會來說是可怕的災難。既然教會自己都發生內訌，她又怎麼能宣稱自己在世俗或精神上至高無上呢？這一不幸狀況使巴黎大學產生了建立國家教會的思想。如果世界可以有兩個教皇，為什麼每個國家不能有自己的大主教？也有人反對教皇在教會內部的專制，他們主張既然教會高於教皇，那麼他就應當服從於教會會議。
在這裡出現了國家主義和教會主義之間、民主和專制之間的鬥爭。早在12世紀，佈雷西亞的阿諾爾德就曾反對教會的世俗權力，並在羅馬建立了共和國，不過這個共和國時間很短，阿諾爾德於1155年被處死。最初，教會學者支持教會，但是漸漸地教會內部產生了反對羅馬教廷世俗權力的意見。
那些贊同教會至高無上地位的幾乎都是過去的正統經院學者，即14世紀的奧古斯提諾斯·特拉姆福斯和艾爾瓦拉斯·培拉基斯。但丁（1265年~1321年）在他的《神曲》中支持君主在世俗事務中的至高無上，而教皇在精神事務中是至高無上的。奧卡姆的威廉、維克利夫和帕多瓦的馬斯利烏斯都反對教會的世俗權力。馬斯利烏斯宣揚國家的帝制理論、人民主權論和契約論。
第三節 異端傾向
在教義方面，異端傾向從早期基督教試圖宣傳其宗教綱領時就一直伴隨並從未消失過。在追溯教義的演進時我們就已經指出，要注意那些其學說反對正統教義的眾多教派。馬爾西翁是基督教保羅派的熱烈擁護者，他譴責任何帶有猶太教和聖彼得派的學說，並成為一場以不同形式持續了數世紀的運動的奠基者。從公元5世紀起，在亞美尼亞和小亞細亞就有馬爾西翁教派，即保羅教派的繼承者。從10世紀起，在保加利亞就有鮑格米勒派。11世紀，在法國南部出現了一個被稱為卡特裡派的教派，宣揚與鮑格米勒派類似的學說。在幾個世紀中，教會在阿比爾教派開始有影響時，發動了一場針對這一教派的殘酷戰爭，在恐怖的宗教裁判所的幫助下，教會成功地徹底破壞了這個教派。12世紀，在意大利北部出現了一個類似教派，這個教派叫韋爾多教派，由彼得·韋爾多在1170年建立，這一教派直到今天仍然存在。韋爾多的學說有：強調通過信仰進行辯護，宣揚懺悔說，贊同布道而不是儀式，反對告解、豁免、神跡、聖徒崇拜和聖餐變體說。他視《聖經》為信仰的準則，並翻譯《新約》供一般人研究。
14世紀和15世紀，維克利夫（1327年~1384年）在英國發動了偉大的改革運動，約翰·胡斯在波希米亞繼續了這一運動。維克利夫反對教會體系、聖徒崇拜、牧師獨身、禁慾、彌撒、聖餐變體、等級統治和教皇的最高權力。他要求恢復最初的會眾組織，教會和國家各自獨立。與宗教改革的願望相隨的是正適合社會改革的願望：英國的瓦特·泰勒和德國的托馬斯·閔采爾成為社會改革的領袖。
第四節 自由探索的精神
在那些拒絕接受正統哲學的人身上也體現出同樣的思想獨立的特徵。我們已經討論過司各脫·愛留根納的泛神論，這一理論受到了教會的詛咒，還有泛神論者弗洛裡斯的約阿希姆、圖爾南的西蒙、博尼斯的阿馬利克、迪南特的大衛，這些人的思想都顯示了非凡的自由。聖維克托的虔誠的神秘主義否定理性和信仰結合、科學和宗教結合的可能性，從而動搖了經院哲學的根基。即使在12世紀正規的經院學者那裡我們也能發現自由的傾向。事實上，當人們開始思考時，儘管他們有正統的信仰，但很容易不時同規定的教義發生衝突。安瑟倫的唯一目標就是要使信仰理性化，但他卻同他之前的聖奧古斯丁和司各脫·愛留根納一樣，有時候險些同教會的教義發生衝突。羅瑟林關於共相的反思使他成為徹底的異端。阿伯拉爾整個一生給人的唯一印象是他身上存在著理智的健全和對教會的忠誠之間的衝突。獨立精神的火花在沙特爾的伯納德、康切斯的威廉、波瓦雷的吉爾伯特、索爾茲伯裡的約翰以及所有的教會主教的著作中都可以看到。倫巴第人彼得在《箴言》中的討論也顯示了理智上的求知慾，這種求知慾充分表明了獨立思想的前途。這一時代的思想家所嚴肅思考的許多問題，今天在我們看來，似乎空洞和荒謬是因為我們對人生的看法已經發生劇烈的變化；在中世紀的宗教情境中來考慮這些問題，它們代表了富於探究精神的心靈的活動。
13世紀學者們從柏拉圖的實在論轉向亞里士多德的實在論。對亞里士多德的學說感興趣，這本身就是思想自由的證明。亞里士多德不是宗教徒，並且關於他的著作的知識是從「異教」的阿拉伯人傳到西方世界的。很自然，教會最初譴責他的哲學，但是不久就根據自身需要採納了它，並將其作為正統的基督教體系。13世紀初，理性和信仰之間的結合已經鬆散，而新的世界觀有助於加強這一結合。誠然，在這方面亞里士多德主義被用作那個時代自由傾向的矯正手段，暫時遏制了自由思想的潮流。同時，亞里士多德主義自身之內就包含著危及經院哲學的要素，最終鼓勵了自由探究的精神。教會將一個無宗教信仰的哲學家置於如此高的地位，這就拓寬了人的理智視野，加深了他們對於古代人成就的敬重。亞里士多德的體系也有助於激發自然研究的興趣，這最終證明是對自由探究的巨大刺激。這一體系也在柏拉圖的實在論和唯名論之間，進而也在柏拉圖的實在論和近代科學之間搭起了橋樑。亞里士多德的哲學是自然主義的，基督教的思想是超自然主義的；雖然聖托馬斯·阿奎那試圖用基督教的超自然主義來補充亞里士多德的世界觀，這兩條思想路線之間的矛盾仍然存在。這一矛盾遲早要顯現出來，當矛盾顯現時，人們對亞里士多德的尊敬使得他的異端理論仍然受到歡迎。
但亞里士多德的哲學畢竟是「希臘人的禮物」，它導致了經院哲學的最終解體。聖托馬斯在亞里士多德的基礎上構建了一個為教會所接受的體系；鄧斯·司各脫（順便提一下，他並沒有被封為聖徒）相信他在反對聖托馬斯的理智主義、實在論和決定論的觀點上，在強調具體事物的實在性上，在宣揚作為個體的人的重要性和個體良知的價值上都忠實於亞里士多德主義。他的學術也為經驗主義和唯名論鋪平了道路。
奧卡姆的威廉大膽地發展了司各脫學說的某些結論，攻擊經院思想的基礎。如果共相是不真實的，它們就只是單詞，如果神學是空洞的科學，就讓教會將它們拋棄。信仰應當取代理性的位置。我們應當結束教會同理性和塵世的結盟，恢復單純的信仰，恢復使徒時期神聖教會的民主組織。
神秘主義總是厭惡理性神學。但是儘管12、13世紀的神秘主義者具有反理智主義的學識，他們仍然忠於教會已經建立的學說。但是14、15世紀，神秘主義者變成泛神論者和唯名論者，如我們已經看到的，他們的學說雖然是為了維護神聖宗教的利益而提出的，但是大大削弱了經院哲學體系和可見教會的影響。