通常我們所理解的黑格爾哲學體系就是《哲學全書》的體系。黑格爾對於哲學體系的思考由來已久，因為這乃是康德、費希特和謝林試圖解決而沒能最終解決的難題。在他看來，哲學是科學，而惟有當它是一個體系的時候才真正稱得上是科學。所以在黑格爾出版發表了《精神現象學》和《邏輯學》之後，如何將哲學建構成一個科學的體系就成了擺在他面前亟待解決的問題。現在黑格爾有了一個機會，雖然有點兒倉促——他在大學講授哲學需要一個教學綱要。
1816年當黑格爾在海德爾貝格大學準備講課的時候，他面臨著教學綱要的問題。康德黑格爾所處的時代，德國在大學教育中十分注重教學綱要的作用。1778年10月16日，當時的國務大臣瑞特立芝在一份佈告中說：「最差的綱要肯定也要比沒有好，如果教授們博學多才的話，他們盡可以批評綱要的作者；但是口授筆錄式的講課必須廢除。」（注22：轉引自沃·考夫曼：《黑格爾——一種新解說》，第221頁。）當年康德就曾經利用了邁耶、鮑姆嘉登的綱要，然而黑格爾卻不想這麼做，他希望使用自己編寫的教學綱要。於是他一邊以口授的方式講課，一邊著手編寫新的教學綱要，這就是《哲學全書》。在1817年這部教學綱要出版之時，黑格爾寫道：「為了適應我的哲學講演的聽眾對一種教本的需要起見，我願意讓這個對於哲學全部輪廓的提綱，比我原來所預計的更早一些出版問世。」（注23：黑格爾：《小邏輯》，第1頁。）與此同時，黑格爾強調說，由於該書採取的是綱要形式，因而它不僅未能依照理念的內容予以詳盡發揮，而且它的系統推演的發揮也是特別濃縮的。所以作為綱要，《哲學全書》一方面是對哲學體系之輪廓的概括，另一方面亦表明其內容的發揮還有待於口頭的講授。《哲學全書》於1817年出版了第一版，1827年出了第二版，內容比第一版增加了一倍，1830年第三板問世，雖然篇幅增加不多，但文字的改動數以千計。顯然，黑格爾在此下了很大的功夫。
黑格爾敢於編寫而且能夠出版自己的教材，這說明了其哲學在當時的影響和地位。
我們通常所說的黑格爾的哲學體系就是這個《哲學全書》的體系。就此而論，我們既不應該因為它只是綱要而忽視其意義，同時也不應該認為《哲學全書》的體系就是黑格爾定了型的哲學體系。顯然，比較這本書的不同版本我們就會發現，黑格爾哲學體系的框架大致如此，而內容和細節則始終處於變化之中。
《哲學全書》分為三大部分：「邏輯學」、「自然哲學」和「精神哲學」。「邏輯學」是研究理念的自在自為的科學，它討論的是純粹的本質性因素，亦即純思想規定或範疇；「自然哲學」是研究理念的異在或外在化的科學，它討論的是理念外化自身而成為自然亦即理念的外在表現；「精神哲學」研究的是理念由它的異在返回它自身的科學，它討論的是通過人類精神理念重新獲得自己的形式，從而成為真正的現實的過程。
《哲學全書》中的「邏輯學」部分（小邏輯）基本上是《邏輯學》一書（大邏輯）的概要，雖然它們在形式、內容和細節等方面有許多差異，我們就不作更多的介紹了，需要說明的是從「邏輯學」到「自然哲學」的過渡。從本體論上說，當邏輯理念在「概念論」中達到了「絕對理念」，亦即自在自為的真理之時，「按照它同它自己的統一性來看，就是直觀，而直觀著的理念就是自然。」（注24：黑格爾：《小邏輯》，第427頁。）這就是說，「絕對理念」揚棄了一切差別和矛盾而實現了自身統一性，這個直接的統一性就是一個簡單的事實，一個消解了所有間接性的現成的東西，這個東西就是「自然」。從宇宙論上看，這個達到了自身統一性的直接性（直觀）的理念由於返回自身而享有絕對的自由，因而它便自由地決定將自身中的特殊規定和諸環節「釋放」出來，將其自身作為它自己的反映，自由地外化為自然。換言之，現在「存在」在這裡成了「存在著的理念」，而存在著的理念也就是「自然」。顯然，從邏輯理念到自然的過渡具有某種神秘主義的色彩，不過這裡的「過渡」不應該理解為時間意義上的過程，而應該看做是邏輯上的關係：邏輯理念是自然的本質性因素，自然乃是邏輯理念的外化和表現。
與近代哲學機械論的自然觀不同，德國古典哲學的自然觀將自然看做是一個有機的整體，以滲透於自然之中的內在的精神活動來解釋自然的運動，將自然理解為歷史性的運動發展的過程。這種思辨的自然哲學經過謝林的發揚光大，在當時的科學家們中間引起了熱烈的反響，他們在謝林的自然哲學中發現了一種不同於以往的理解和說明自然的新的方式。與謝林相比，黑格爾的自然哲學顯然更系統更完善，但是當他建立自己的自然哲學的時候，由于思辨的自然哲學已經為科學家們所厭倦，所以其影響反而沒有謝林大。
在黑格爾看來，「自然界是自我異化的精神。精神在自然界裡一味開懷嬉戲，是一位放蕩不羈的酒神。在自然界裡隱藏著概念的統一性」（注25：黑格爾：《自然哲學》，第21頁，商務印書館，1986年。）。「絕對」外化它自己而成為自然，自然不過是「絕對」的表現。然而也正是因為如此，「絕對」還不是現實的它自己，「絕對」還不是絕對精神。因此，黑格爾給自然哲學提出的課題是「揚棄自然和精神的分離，使精神能夠認識自己在自然內的本質」（注26：黑格爾：《自然哲學》，第20頁。）。他把考察自然的方式規定為「概念的認識活動」，它是理論態度與實踐態度的統一，其目的是把握事物的內在本質。在這種認識活動之中，我們強迫像希臘神話中那位千變萬化的海神「普羅丟斯」一樣的自然界停止它的變化，在我們面前顯現和說明自身。《自然哲學》以從自然向精神的過渡作為它的終點。自然發展到了這樣的階段，它在有生命的東西中得到了完成。因此，「精神是在自然界中發展出來的。自然界的目標就是自己毀滅自己，並打破自己的直接的東西與感性的東西的外殼，像芬尼克斯那樣焚燬自己，以便作為精神從這種得到更新的外在性中湧現出來。」（注27：黑格爾：《自然哲學》，第617頁。）因此，精神與自然之間的關係是，兩者在根本上是統一的：精神是自然的本質，自然是精神的異化或表現。所以精神既可以說在自然之後，也可以說在自然之前：精神是從自然界中發展出來的，因而自然在時間上是在先的；然而就精神是自然的本質，精神是自然的真理性和最終目的，是理念的真正現實而論，精神則是真正在先的。「自然並不是一個固定的自身完成之物，可以離開精神而獨立存在，反之，惟有在精神裡自然才達到它的目的和真理。同樣，精神這一方面也並不僅是一超出自然的抽像之物，反之，精神惟有揚棄並包括自然於其內，方可成為真正的精神，方可證實其為精神。」（注28：黑格爾：《小邏輯》，第212—213頁。）於是，我們就從自然哲學進展到了精神哲學。
黑格爾的「精神哲學」與他的《精神現象學》之間的關係是十分微妙的。由於它們討論的都是人類精神認識絕對的過程，因而在內容上多有重複。當黑格爾的哲學全書體系建立起來的時候，他似乎有點兒後悔在《精神現象學》中過於詳細地描述了本應該在「精神哲學」中闡述的內容，所以他放棄了《精神現象學》是「科學體系的第一部分」的說法，僅僅把它看做是其哲學的「導言」，甚至成了「精神哲學」中的一個環節。實際上，《精神現象學》與「精神哲學」各有千秋：前者是黑格爾尚未確立其哲學體系之時寫作的著作，因而闡述充分、比較生動而且很少刀斧之痕；後者作為體系成熟時的「綱要」中的一部分，形式十分規整，條理也比較清晰。當然，兩者雖然內容大致相似，但是論述的角度畢竟不同：《精神現象學》類似絕對精神的「史前史」，描述的是尚未成為絕對精神的絕對精神在人類精神中的生成史，而「精神哲學」則是我們在認識了絕對精神之後，回過頭來由此出發所建立的哲學體系的一個部分。
「精神哲學」是黑格爾哲學全書體系中的最高階段。如果說絕對理念在「邏輯學」中是潛在的，在「自然哲學」中是異在的，那麼可以說它在「精神哲學」中則是現實的。因而「精神哲學」中所討論的精神的發展過程既是人類精神認識絕對的過程，也是絕對成為絕對精神的過程，這兩者是同一個過程。正是通過人類精神等於絕對的認識過程，絕對達到了自我認識從而成為了真正的現實。
「精神哲學」劃分為三個階段：「主觀精神」、「客觀精神」和「絕對精神」。當精神還只是處在它的尚未展開的概念中，還沒有使它的概念成為有客觀性的東西的時候，精神就是「主觀精神」，也就是個體精神。「主觀精神」分為「靈魂」、「意識」和「自我規定著的精神」三個環節，分別是「人類學」、「精神現象學」和「心理學」的研究對象，其結果是「自由意志」的形成。「客觀精神」以自由意志為前提，它是個人之內在精神的外部表現，也就是現實的人類精神所創造的社會、國家、政治法律制度、風俗習慣和倫理道德等等的世界，所以它討論的是普遍的精神。「客觀精神」的三個發展階段是「抽像法」、「道德」和「倫理」。精神在「抽像法」階段表現為抽像的自由，自由意志尚處在外在化、客觀化的階段；「道德」所體現的是主觀的自由，內在的良心；而「倫理」所體現的則是自由的充分實現，達到了內部與外部、主體與客體之間的統一。這一部分主要體現了黑格爾的法哲學和歷史哲學的思想。
在某種意義上說，黑格爾可以看做是歷史哲學創始人之一，而且許多人瞭解黑格爾都是從他的歷史哲學開始的。從「實體即主體」的原則出發，黑格爾主張理性統治世界。這個理性雖然指的是「宇宙理性」，但它的具體化現實化則必須通過人類精神。世界歷史是一個合理性實現自身而成為現實性的過程，也就是自由成為現實的過程，因為自由乃是精神的本性。因此黑格爾說：「世界歷史無非是『自由』意識的進展」，整個世界的最後的目的就是精神對其自身的自由的意識，亦即自由的現實。（注29：黑格爾：《歷史哲學》，第57、58頁，商務印書館，1956年。）然而，自由畢竟只是內在的觀念或原則，就其本身而言還不是真正的現實。所以內在的觀念必須通過外在的手段加以實現，而驅使人們行動的原動力就是人們的需要、本能、興趣和熱情。於是黑格爾提出了著名的「理性的狡計」的理論：就個人的行動而言，需要等等是他的直接動力，而觀念和原則則是間接的動力。換言之，精神、觀念和原則是通過利益、需要和熱情來決定人的行動的。表面看來，每個人都是為自己的需要而行動的，而實際上他們的行動所實現的乃是理性自身的原則。顯然，黑格爾看到了在個人行動背後的歷史動因，以唯心主義的方式表達了歷史規律的決定作用，但是他的歷史哲學看似提高了個人在歷史中的作用，但實際上將個人的行動完全看做了理性實現自身的工具和手段。這種強調過分整體性、普遍性原則的思想在現代哲學中尤其受到了人們的批評。
「精神哲學」的第三部分也是它的最高階段是「絕對精神」。「絕對精神」經過了「藝術」、「宗教」和「哲學」三個階段。在黑格爾看來，藝術、宗教和哲學都達到了無限性的境界，它們都以「絕對精神」作為認識的對象，所不同的是它們把握「絕對」的方式。「藝術」在直接性中把握「絕對」，它以感性形象化的方式把真理呈現於意識，因而是對絕對精神的具體的直觀。「宗教」以表象的方式把握真理，它通過人對上帝的認識而呈現「絕對」。至於「哲學」則是「藝術」與「宗教」的統一，它以概念的方式把握真理，其形式是絕對精神的自由思想，從而真正使絕對精神成為了絕對精神。
《哲學全書》雖然是黑格爾哲學思想最成熟時期的作品，但是它畢竟只是供教學使用的綱要，還有待他去展開和發揮。雖然體系的框架有了，但是黑格爾在世之時並沒有以哲學著作的形式全面詳盡地闡發他的哲學體系，我們不知道如果他寫作了這樣的哲學著作，其內容和細節會有怎樣的改變，因為即使是教學綱要，《哲學全書》亦始終處於變化之中。譬如哲學體系的開端問題。哲學究竟應該以什麼作為開端？黑格爾對這個問題非常重視。一般說來，黑格爾不同的哲學著作有不同的開端：《精神現象學》討論人類精神的認識活動，它從最初的最基本的「感性確定性」開始；《邏輯學》討論的是純思想規定亦即範疇，作為形而上學，它以「存在」為其開端；那麼整個哲學體系呢？在黑格爾看來，哲學不像一般科學那樣總有其假定的前提，它是一個自己證明自己、自己創造自己的對象、自己返回自己的「圓圈」，因而哲學沒有一般科學意義上的起點。
通常我們把黑格爾哲學體系的順序理解為「邏輯學」、「自然哲學」和「精神哲學」，實際上在黑格爾看來，他的哲學體系不僅僅有這一種排列方式，作為自我運動的「圓圈」，哲學可以從任何地方開始。在《哲學全書》的結尾之處（第575、576、577節），黑格爾分別以邏輯、自然和精神為「中項」提出了三個推論：
第一個推論：邏輯理念——自然——精神。自然作為邏輯理念與精神的「中項」展開於這兩個極端之間，它是直接性的存在，在時間上在先的東西；
第二個推論：自然——精神——邏輯理念。精神作為自然與邏輯理念的「中項」，是自然的預定目標，因而是先於自然的，它能夠在自然中認識到邏輯理念，從而使自然得到提升而返回自己的本質；
第三個推論：精神——邏輯理念——自然。邏輯理念作為精神與自然的「中項」，乃是這兩者的絕對實體，它把自己區分為自然與精神，將它們規定為自己的顯現。因而邏輯理念在邏輯上是真正在先的。
究竟應該怎樣理解這三個推論？迄今尚未有定論。
最後，我們來討論黑格爾的辯證法。