我們在上一講討論了笛卡爾形而上學的第一原理「我思故我在」，現在討論形而上學的另外兩條原理：「上帝存在」和「物質世界」。
笛卡爾把人類知識比喻為一棵大樹：形而上學是根，物理學（自然哲學）是樹幹，其他學科是枝葉和果實。現在的問題是，經院哲學衰落，哲學百廢待興，為人類知識大廈提供基礎的哲學問題叢生，難以擔當這一重任。在思考這些問題的過程之中，笛卡爾發現了數學，也就是歐幾里得幾何學。幾何學作為一個公理化系統，只要初始原理確定了，嚴格按照邏輯規則推演，我們就可以得到具有普遍必然性的知識。於是，笛卡爾考慮如何將幾何學方法改造成為一種哲學方法，用來建立科學的哲學體系。
萬丈高樓平地起，最重要的就是打好基礎。對於人類知識這座大廈來說，關鍵就在於形而上學，而對於形而上學來說，關鍵則是確定它的初始原理，即第一原理。然而，哲學處在眾說紛紜莫衷一是的混亂狀態，我們怎樣才能確定哪些是成問題的，哪些是確定無疑的呢？笛卡爾採取了迄今為止可能是最為行之有效的懷疑方法：既然現在知識真假難辨，最明智的辦法莫過於對所有的知識來一次徹底的懷疑，把稍有疑惑的知識暫時放在一邊，看一看能不能找到不證自明無可置疑的東西。
於是，笛卡爾便果斷地對知識採取了普遍懷疑的審查。檢查的結果令人驚異：我們所有的知識都是可疑的，惟有正在懷疑的我確定無疑，而這個正在懷疑的我顯然先得存在，然後才可能有懷疑。由此可見，所有的知識真假難辨，只有「我思故我在」無可置疑，所以「我思故我在」乃是形而上學的第一原理。
然而，當我們確定了這個形而上學的第一原理的時候，實際上只是確定了「我思」實體，其他任何東西仍然沒有確定。笛卡爾使用懷疑方法確定「我思」，也就是通過否定性的方式，排除所有的知識內容，最終確定認識主體的過程。這樣一來，「我思」固然確定了，但也正是因為「我思」的確定，使認識主體（我思）與認識對像（物質世界）相互隔絕，換言之，僅僅確定我思還不能就此確定任何知識的確定性，實際上所有一切仍然是懸而未決的。於是，笛卡爾從「我思」出發來證明上帝存在，從而通過上帝來保證「我思」實體與物質實體的一致性，這便有了形而上學的第二原理「上帝存在」和第三原理「物質世界存在」。
在上一節我們已經討論了笛卡爾關於「我思故我在」的哲學命題，他視之為形而上學的第一原理：「我思故我在」。然而，「我思故我在」雖然是形而上學的第一原理，但是這並不意味著主觀性的存在就是哲學的最高範疇。因為這一命題實際上僅僅確定了我在思維，並沒有確定任何思維內容的真理性。在笛卡爾看來，這還有賴於我們對上帝存在的證明。
「上帝存在」是笛卡爾形而上學的第二原理。
顯然，有很多原因決定了笛卡爾不可能按照傳統的方式而只能從「我思」出發來證明上帝存在。首先也是最重要的原因是，我們是通過普遍懷疑的方式達到「我思」的，而這個「我思」除了自己之外，不能擔保任何東西的存在。所以，我們不可能從世界或者什麼東西推論上帝的存在，比如從世界的因果系列推論第一因等等，因為世界是否存在，我們還不知道呢。不僅如此，既然「我思故我在」是形而上學的第一原理，那就意味著「我思」是其他所有推論的基礎和出發點，即使是上帝也不例外。
我們通過普遍的懷疑，也就是否定性的方式，獲得了「我思」。那麼，我們從這個「我思」出發，如何證明上帝存在？要知道，當笛卡爾通過普遍的懷疑而獲得「我思」的時候，上帝也在被懷疑之列。
我意識到我的心中有一個「上帝」的概念，「上帝」概念的內涵是什麼？「用上帝這個名稱，我是指一個無限的、永恆的、常住不變的、不依存於別的東西的、至上明智的、無所不能的以及我自己和其他一切東西（假如真有東西存在的話）由之而被創造的實體說的。」（注1：《第一哲學沉思集》，第45—46頁。）那麼，「上帝」這個概念的原因是什麼呢？
首先，「上帝」概念不可能來自我自己。因為「上帝」概念是無限完滿的，而「我」的存在是不完滿的：我們通過懷疑除了確定「我在」之外不可能確定別的什麼，而認識顯然比懷疑具有更大的完滿性。由此可見，「我」是一個不完滿的、有缺陷的實體。無限完滿的「上帝」概念不可能來自我自己。而且「上帝」概念也不可能來自外部世界，因為在上帝裡面沒有什麼東西與外部世界的物體性東西是相似的。按照「無中不能生有」、「原因必須大於或等於結果」的原則，也就是說，比較完滿的東西不可能源自比較不完滿的東西，就上帝這一表徵著最完滿的存在的觀念而論，顯然我不可能是它的原因，外部世界的物體也不可能是它的原因，它只能源於一個更加完滿的本性。所以，我們只能說有一個比我更加完滿的存在將這個觀念放進我的心靈之中，這個完滿的存在就是上帝。
除了從上帝觀念的來源證明上帝存在而外，笛卡爾還有另外兩種證明方式，一個是從具有上帝觀念的我的存在來證明上帝的存在，一個是用上帝的本質或本性來證明上帝的存在。（注2：參見笛卡爾：《第一哲學沉思集》，第三個沉思和第五個沉思。）
關於第一種證明方式，簡言之，既然我並不是完滿的，那麼我就不是惟一存在的實體，必然有一個更加完滿的實體作為我存在的根據和持存的依靠，而我的一切都來源於它。關於第二種證明方式，笛卡爾認為，凡是我清楚明白地認識到是屬於某個東西的，都一定在實際上屬於這個東西。現在，我清楚明白地認識到，一個現實的、永恆的存在性屬於上帝的本性，那麼它們就屬於上帝的本性。在別的事物裡，我們可以把本質與存在分開，但在上帝中是不能分開的。正像一個三角形的本質不能與它的三角之和等於兩直角分開，一座山的概念不能同一個谷的概念分開一樣。如果一個至上完滿的上帝竟然缺少存在性，肯定是不妥當的。哲學史經常把笛卡爾的這一證明看做是與中世紀安瑟爾謨關於上帝存在的本體論證明一樣的本體論證明。它們之間雖然有區別，但都是從概念推論存在。
雖然上帝是比「我思」更完滿的存在，因而他的存在用不著假定「我思」的存在，而「我思」的存在的確需要上帝作為根據，但是證明上帝的存在卻必須以「我思」的確定為前提。換言之，作為形而上學的原理，只有確定了「我思」，才能進一步確定上帝的存在。不過話說回來，並不是說上帝是由「我思」而來的，而是說，關於上帝存在的證明，以「我思」為前提。
其實，上帝在笛卡爾哲學中具有特殊的用途。
笛卡爾將「凡是我們清楚明白地設想到的東西都是真的」作為一條基本規則，而這條規則的保證就來自上帝。這條規則之所以可靠，只是因為有上帝存在，因為上帝是一個完滿的實體。「由此可見，我們的觀念或概念，既然就其清楚明白而言，乃是從上帝而來的實在的東西，所以只能是真的」。（注3：《西方哲學原著選讀》，上卷，第377頁。）於是，笛卡爾發現了一條道路，「順著這條道路我們就能從深思真實的上帝（在上帝裡邊包含著科學和智慧的全部寶藏）走向認識宇宙間的其他事物。」（注4：《第一哲學沉思集》，第55頁。）顯而易見，二元論的立場不僅使笛卡爾難以解決心靈與物體之間的一致性問題，甚至無法確定物質世界及其規律的客觀存在以及我們對它們的認識可能性。現在，笛卡爾要通過上帝存在來解決這些難題，於是他提出了形而上學的第三原理：「物質存在」。
我們是通過普遍懷疑的方式來確定「我思」的，雖然這種懷疑方法卓有成效，但是也因此而造成了物質世界是否存在這一最大的懷疑。不過，當我們證明了上帝的存在之後，這個難題就迎刃而解了。
如前所述，上帝是一個最完滿的實體，所以我也就確信上帝是決不會欺騙我的，決不會把我引入歧途，陷入謬誤。因為欺騙和謬誤這些非實在的東西與上帝這樣一個絕對實在的完滿屬性不相符合。如果上帝給予我們的認識能力是貽誤人生的，他使我們認假為真，那他就是一個騙子。現在，我們知道上帝是完滿的，因而不可能欺騙我們，於是我們最大的懷疑便連根剷除了。這就是說，由於確信上帝的實在性和完滿性，我現在也確信物質世界的存在。
笛卡爾在確定了「我思」實體之後，曾經提出了一條基本規則：「凡是我們十分明白、十分清楚地設想到的東西，都是真的」。在證明了上帝存在之後，這條規則便有了根據：它之所以是可靠的，「只是因為有上帝存在，因為上帝是一個完滿的實體，並且因為我們所有的一切都從上帝而來。由此可見，我們的觀念和概念，既然就其清楚明白而言，乃是從上帝而來的實在的東西，所以只能是真的。」（注5：《西方哲學原著選讀》，上卷，第369、377頁。）現在，笛卡爾亦由此來證明物質世界的存在。
我們的確有關於物質世界的清楚明白的觀念，問題是，這些觀念究竟是從哪裡來的？由於物體與心靈是不同的實體，它們之間不可能相互過渡，所以這些觀念不可能是我產生的。既然我們的觀念就其清楚明白而言，都是從上帝而來的實在的東西，我們關於物質世界的觀念不是主觀自生的，所以我們關於物質世界的觀念也必然來自上帝，它們必然是真實可靠的。這就是說，上帝保證了我們的觀念的實在性，保證了物質世界的真實存在，因而也保證了我們關於物質世界的認識的客觀有效性。
笛卡爾之所以大費周折繞圈子通過上帝存在來證明物質世界的存在，根源在於他的二元論立場。我只是思想實體，所以我不能證明物質實體的存在，也不能證明我關於物質世界的觀念與它是符合一致的，只好請上帝來幫忙。上帝保證了我們心中清楚明白的觀念的真實性，因而也保證了外界事物的實在性，同時亦保證了心靈與物體之間的一致性：上帝一方面把自然規律建立在自然之中，一方面又把它們的概念印在我們的心靈之中。
笛卡爾從普遍懷疑出發，確定了心靈、上帝和物體三種東西的存在，他稱之為「實體」。然而，「所謂實體，我們只能看做是能自己存在而其存在並不需要別的事物的一種事物。」（注6：笛卡爾：《哲學原理》，第20頁。）所以，真正符合這個實體定義的只有上帝，因為只有上帝是絕對獨立的存在。因此，當我們說上帝、心靈和物體是三個實體的時候，並不是在同一意義上說的。從來源上講，心靈與物體都依賴於上帝，不過它們僅只依賴於上帝。而就本性而言，心靈之為心靈，物體之為物體，是依賴於自身而存在的，所以從相對的意義上說，它們也可以叫做實體。
毫無疑問，只一個「我思故我在」的命題就足以使笛卡爾不朽了，他是近代哲學當之無愧的創始人。但是對於近代哲學來說，笛卡爾可算是功過參半。他以「我思」確立了主體性的地位，同時也帶來了二元論的難題，而且現在這個樣子還不可能實現他的理想，以幾何學方法建立科學的哲學體系：「我思」是形而上學的第一原理，但卻不是知識的有效保證，那還需要上帝的幫助。雖然笛卡爾提出了使用幾何學方法建立哲學體系的設想，但是真正使這個設想付諸於現實的則是斯賓諾莎。