我思實體與物體實體之間的關係問題，在人身上，表現為心靈與身體之間的關係問題，簡稱「心身關係」問題。
心身關係問題是笛卡爾哲學的核心問題之一，當笛卡爾將心靈和物體（身體）看做是兩種絕對對立的實體之後，他就面臨著一個怎樣說明兩者的溝通和聯繫的難題。這既是一個本體論的問題，也是一個認識論的問題。
當笛卡爾通過普遍懷疑的方式確立「我思」的存在時，他堅決主張心身二元論，即兩者是相互獨立、互不相干的實體。但是，這種二元論無法解釋心身之間顯而易見的相互關係，也無法說明心靈對身體的認識問題。因此，笛卡爾逐漸放棄了徹底的心身二元論，開始在兩者之間尋找聯繫。他認識到，我們實際上是靈魂與肉體的聯合體，兩者雖然不同，但是卻聯繫得如此密切，當外界事物通過運動而影響我們的感官，使我們的身體發熱或疼痛時，我的心靈就產生了避開的念頭。反之，當我想抬起手的時候，手就抬起來了。這是兩個完全不同的過程，但是卻如此協調一致，就好像在它們之間有一道橋樑連接著它們。於是，笛卡爾仔細研究了人體解剖學和生理學，試圖找出運動是怎樣從這一方傳達到那一方的。最後，他找到了大腦中間我們一般稱之為松果腺的腺體，認為它就是心靈與身體這兩個運動過程的交換台，就是這個交換台把心靈的「語言」轉換成為身體的「語言」，把身體的「語言」轉換成為心靈的「語言」。這就是笛卡爾的「心身交感論」。雖然現代醫學已經否定了笛卡爾的松果腺原理，但是他試圖擺脫二元論困境的努力卻是有意義的。這個難題不僅始終困擾著笛卡爾，而且給他的後繼者們帶來了無窮的煩惱。
在笛卡爾之後，哲學家們在心身關係問題上提出了許多解決方案，其中有代表性的有「偶因論」（occasionalism）、「副現象論」（epiphenomenalism）、「心身同時發生」或「兩面論」（the dual aspect theory）和「先定和諧」（pre established harmony）等。
笛卡爾曾經長期旅居荷蘭，在荷蘭形成了一個笛卡爾學派，以格林克斯為代表，還有法國的馬勒布朗士，他們主張「偶因論」。這種觀點認為，心靈不能影響身體，身體也不能影響心靈，兩者之所以協調一致，只有一個原因，那就是上帝。換言之，心靈不是身體活動的原因，身體也不是心靈活動的原因，一方對另一方來說，不過是機緣湊巧（occasion）而已，真正的原因是上帝。所謂「副現象論」是關於心身關係的一種庸俗唯物主義的解釋，這種觀點認為真實存在著的只是生理活動，心理活動不過是生理活動的「影子」，也就是「副現象」。斯賓諾莎試圖貫徹一元論的原則，他把心身關係理解為同一個實體的兩個方面。至於萊布尼茨則主張先定和諧的觀點，他認為心靈與身體之所以協調一致，不是因為上帝隨時隨地的調整，而是因為上帝在創世時就已經預先規定好了的和諧關係。直到今天，心身關係仍然是心靈哲學的研究對象。
我們可以毫不誇張地說，使笛卡爾成為近代哲學的創始人的，就是「我思故我在」這個哲學命題，它奠定了近代哲學主體性、自我意識和理性主義的基本原則。不過，笛卡爾也為近代哲學留下了一道二元論的難題，而這個難題在此框架之內實際上是不可能得到解決的。
笛卡爾是通過將思維內容（客體）與思維形式（主體）區分開的方式來確立主體性原則的，但他要謀求的卻又是兩者的統一性和一致性。在他看來，心靈與物體是兩個互相獨立、沒有關係的實體。心靈的屬性是「思想」，物體的屬性是「廣延」。心靈沒有廣延，是不可分的；物體不能思想，是無限可分的。結果，笛卡爾雖然確立了主體性的原則，但是也造成了心靈與物體、心靈與身體之間的關係問題，整個近代哲學始終為這個對認識來說是致命的難題所困擾。因為這樣確立起來的主體性是以主體與客體之區別為其前提的，因而當哲學家們由此出發去證明思維與存在的同一性的時候，那是注定不可能解決問題的。我們將看到，不僅唯理論而且經驗論最終都無法跨越這個障礙：唯理論者笛卡爾只好請出上帝來幫忙協調「我思」與物體之間的一致性；經驗論者洛克則為經驗所限，亦陷入了「心外有物」與「心中只有觀念」的矛盾，使得經驗論最終在休謨那裡走向了不可知論。
參考書目
1.笛卡爾：《第一哲學沉思集》，商務印書館，1986年。
2.笛卡爾：《談談方法》，商務印書館，2000年。
3.羅狄，劉易斯：《笛卡爾和理性主義》，商務印書館，1997年。
4.馮俊：《笛卡爾第一哲學研究》，中國人民大學出版社，1989年。
5.皮埃爾·弗雷德裡斯：《勒內·笛卡爾先生在他的時代》，商務印書館，1997年。