在知識難辨真假的情況下，笛卡爾主張使用普遍懷疑的方法來清除一切稍有疑竇的東西，把所有可疑的知識排除出去，尋找不證自明無可置疑的基礎。他在《第一哲學沉思集》中這樣寫道：「由於很久以來我就感到我自從幼年時期起就把一大堆錯誤的見解當做真實的接受了過來，而從那時以後我根據一些非常靠不住的原則建立起來的東西都不能不是十分可疑、十分不可靠的，因此我認為，如果我想要在科學上建立起某種堅定可靠、經久不變的東西的話，我就非在我有生之日認真地把我歷來信以為真的一切見解統統清除出去，再從根本上重新開始不可。」（注8：《第一哲學沉思集》，第14頁。）這不是模仿那些為懷疑而懷疑並且裝作永遠猶疑不決的懷疑派，因為正相反，笛卡爾的整個計劃只是為了尋求確信的理由，「把沙子和浮土挖掉，為的是找出磐石和硬土」（注9：笛卡爾：《談談方法》，第23頁，商務印書館，2000年。）。
由此，笛卡爾提出了一個著名的哲學命題：「我思故我在」。
首先，我們一向當作真實可靠的感性知識是不可靠的。儘管感覺給予我們關於事物的許多報告，但是有時感官是會騙人的。例如同一個物體由於遠近距離不同，在感覺上就變成了不同的東西。所以，對這些騙過我們一次的東西不要完全相信，肯定是謹慎的行為。然而，儘管感官在事物遠近、大小等方面有可能欺騙我們，但是在別的方面也許沒有理由懷疑它。例如我坐在火爐旁，穿著冬袍等等，我怎麼能夠否定這雙手、這身體是我的呢？然而這同樣是可疑的。因為我是人，在睡覺的時候有可能做夢。我究竟是否坐在這裡，是清醒還是在夢幻之中是不確定的，所以也是可以懷疑的。既然如此，我們可以由此推論，一切依靠考察事物的科學如物理學、天文學、醫學等等都是可疑的，因為它們的對象是否現實存在都是不確定的。笛卡爾的懷疑是如此之徹底，他甚至認為，他心愛的數學、幾何學也是可疑的，因為人們在推理論證時經常會犯錯誤，而且創造世界的上帝亦可能是個騙子，他有意讓我們上當：我們以為2乘以2等於4，而實際上等於5。不僅如此，甚至設想上帝並不存在也是允許的。這樣一來，我們的確很容易假設，既沒有上帝，也沒有蒼天，也沒有物體，也很容易假設我們自己甚至沒有手、沒有腳，最後竟然沒有身體。總之，以往我們所確知的一切可能都是虛幻的。
但是，當我們通過這種方式懷疑一切的時候，這個懷疑本身卻表明了一條無可置疑的真理，即「我在懷疑」本身是無可置疑的。我可以懷疑一切，但是我不能懷疑「我在懷疑」。因為我對「我在懷疑」的懷疑恰恰證實了我在懷疑的真實性。在笛卡爾看來，懷疑也是一種思想。因而我們可以說，「我在思想」是一個無可置疑的事實。顯然，我在懷疑，我在思想，必然有一個在懷疑在思想的「我」存在。因為說某個東西在思維著，而它在思維時卻又不存在，這是自相矛盾的。換言之，懷疑必然有一個懷疑者在懷疑，思維必然有一個思維者在思維。因此，「我思故我在」（Cogito，ergo sum）乃是一條真實可靠、連懷疑派的任何一種最狂妄的假定都不能使之動搖的真理，我們可以毫無疑慮地把它當作形而上學的第一條原理。
「我思故我在」，這個「我」是什麼呢？
當我們懷疑一切的時候，惟有思想是無可置疑的事實。一方面當我否定所有的事物，包括我們自己的身體的存在時，我因為懷疑或思想，仍然是存在的；而另一方面如果我停止了思想，我就不存在了。所以，我發現只有一種屬性屬於我，與我不可分，這就是思想。因此，「嚴格來說我只是一個在思維的東西，也就是說，一個精神、一個理智或一個理性」（注10：《第一哲學沉思集》，第25—26頁。）。「由此我就認識到，我是一個實體，這個實體的全部本質或本性只是思想，它並不需要任何地點以便存在，也不依賴任何物質性的東西；因此這個『我』，亦即我賴以成為我的那個心靈，是與身體完全不同的，甚至比身體更容易認識，縱然身體並不存在，心靈也仍然不失其為心靈。」（注11：《西方哲學原著選讀》，上卷，第369頁。）這就是說，「我」是一個心靈實體，這個心靈實體的本質乃是「思想」。笛卡爾所說的「思想」範圍很廣，它包括一切意識活動，諸如懷疑、領會、肯定、否定、願意、不願意、想像、感覺等等。
笛卡爾強調，「我思故我在」並不是推論，而是一個直觀到的真理。表面看來，這個命題似乎有一個假定的大前提「一切思維者都存在著」，因而是一個三段論的推論：
「一切思維者都存在著」，
「我在思想」，
「所以我存在」。
在笛卡爾看來，恰恰相反，「一切思維者都存在著」這個所謂的大前提，其實是「我思故我在」的結果。換言之，在確定「我思故我在」之前，我們還不知道「一切思維者都存在著」。
實際上，在笛卡爾之前奧古斯丁已經提出了類似的思想，但是這並不能動搖笛卡爾以其「我思」而開近代哲學之先河的創始人的地位。笛卡爾的「我思」具有劃時代的重要意義，為近代哲學奠定了反思性、主體性原則和理性主義等基本特徵，因而標誌著近代哲學的開端。正因為如此，黑格爾對笛卡爾讚譽有加：「他是一個徹底從頭做起、帶頭重建哲學的基礎的英雄人物，哲學在奔波了一千多年之後，現在才回到這個基礎上面。」（注12：黑格爾：《哲學史講演錄》，第四卷，第63頁。）
笛卡爾堅持認為「我思故我在」是形而上學的第一原理，於是有人將他的思想看做是唯我論的唯心主義，這顯然是一種誤解。笛卡爾並不是說，萬事萬物都依賴於「我」而存在，而是說我們惟一能夠確定的是「我」的存在。仔細想一想就會發現，在知識真假難辨的情況下，笛卡爾的懷疑方法或許是惟一可行的出路。因為任何武斷的判定都難逃懷疑的法網，我們所能做的就是把可疑的知識一一排除出去，看一看還剩下什麼。換言之，任何肯定性的知識在此都失去了作用，我們只能依靠否定性的方法，而否定的最終結果只有一個，那就是否定性本身。所以，笛卡爾通過懷疑方法尋求不證自明、無可置疑的知識的過程，也就是將知識的內容排除出去，最後發現知識的形式亦即認識主體的過程。
實際上，笛卡爾的問題不在於此，而在於他把一個認識論的命題「非法地」轉換成了一個本體論的命題。正如康德所說，將我思看做思想實體犯了一個邏輯錯誤，它等於把判斷中的「實際主語」和下判斷的「邏輯主語」混為一談了。認識論意義上的主體只能看做是認識的形式條件，它是我的一切判斷的「邏輯主語」，而對本體論意義上的主體的確證則需要認識能力和經驗材料這兩方面的支持。換言之，它必須能夠成為一個判斷中被下判斷的「實際主語」，然而「我思」是不可能滿足這些條件的。所以，我們雖然可以將「我思」或認識主體看做是認識的基本條件，但是卻不可能認識它「是什麼」。
說到這裡，我們有必要說一說「我思故我在」的翻譯問題。
「我思故我在」在拉丁語中是cogito，ergo sum，英語譯作I think，therefore I am。漢語翻譯把西語中的系動詞翻譯為「存在」，乃有「我在」之意，這就涉及到了近年來學術界爭論不休的一個重要問題，即Being的翻譯問題。我們在討論巴門尼德和亞里士多德的時候，都討論過Being的問題。簡言之，我們通常所說的「存在」這個概念，與印歐語系的系詞基本結構有關。希臘語的系動詞不定式是einai（to be），我們譯作「存在」（Being）的概念源自它的中性現在分詞to to。不過，這個在語句中充當系詞不定式einai原本也是實質動詞，有「起作用」的意思。當我們把cogito，ergo sum譯作「我思故我在」的時候，很容易把「我在」理解為「在場」或者「活著」、「沒有死」的意思。結果，「我思故我在」的意思就變成了：只有當我思想的時候，我才存在，如果我停止了思想，我就不存在了。問題是，當我們不思想的時候，我們在哪裡？cogito，ergo sum這個命題如果直譯，應該是：「我思想，所以我是」，其中的「是」作「起作用」比較恰當。當「我」思想的時候，「我」是起作用的，而當「我」不思想的時候，「我」就沒有作用，所以思想是「我」的本性。（注13：參見笛卡爾：《談談方法》，第27頁，王太慶先生的註釋。）當然，我們比較傾向於約定俗成，還是譯作「我思故我在」，不過需要提醒大家的是不要望文生義，引起不必要的誤解。
「我思故我在」這個命題看起來簡單，實際上蘊含著深刻豐富的哲學意義。
第一，通過懷疑尋找無可置疑的基點，可能是惟一可行的策略。這相當於通過否定的方式尋求肯定的結論。笛卡爾完成了《第一哲學沉思集》之後，將稿子送給當時知名的專家學者包括神學家提意見。關於從懷疑通達無可置疑的基點的方法，有人不以為然，例如霍布斯。他認為，我玩耍，我遊戲，我散步，都可以證明我存在，而這證明我不是思想實體，而是物質性的實體。霍布斯恐怕沒有理解笛卡爾的深意：我們現在尋找的是知識的不證自明無可置疑的基點，正如笛卡爾所說的，我在火爐旁看書這件事完全可能發生在夢境之中，因而不是無可置疑的。同樣，究竟「我散步」或是「我玩耍」發生在現實之中還是發生在夢境之中，也是無法確定的。由此可見，任何肯定性的判斷都會面臨笛卡爾的質疑，而笛卡爾解決問題的辦法是通過否定性的方式排除一切知識內容，最終確定否定性本身，而這個否定性本身就是「懷疑」本身。
的確，我們不妨試一試，有沒有一種肯定性的知識可以保證其自身是無可置疑的？這顯然是不可能的。我們再想一想，有什麼比懷疑更好的辦法，能夠使我們確立自我意識？顯然沒有。因為自我或自我意識只有通過與其他事物相區別才是可能的，換句話說，我們只能通過與其他事物的區別才能意識到我自己。
第二，「我思故我在」在通過普遍的懷疑而最終確定的惟一不證自明無可置疑的第一原理：我們可以懷疑一切，天地萬物，包括我的身體，甚至還有上帝，是否存在，都是可疑的，但惟有我思是無可置疑的。笛卡爾由此確立了理性的地位。康德後來將笛卡爾的原則解釋為「我思必須伴隨著我的一切表象」，一切知識都是我的知識。這並不是說「我思」是惟一的和最高的原則，而是說「我思」是知識首先要確定的邏輯前提。
第三，笛卡爾通過懷疑方法確立我思的過程，亦即通過否定性的方式，排除知識內容，最終剩下抽像一般的認識主體的過程，也就是確立主體性的過程。我們之所以稱笛卡爾為近代哲學的創始人，就是因為笛卡爾的這個命題體現了近代哲學主體性的原則。
古代哲學雖然崇尚知識，但是由於種種限制，認識論並不發達，許多問題還沒有提到議事日程上來，例如主體性的問題。在某種意義上說，知識的進步與認識論的發展密切相關，而認識論的發展與主體性原則的確立密不可分。只有確立主體性原則，對主體本身有所自覺，並且進行深入的研究，才有可能使人類知識有大規模的進步和發展。
笛卡爾的「我思故我在」確立了主體性原則，開創了近代哲學，但也埋下了「禍根」，這就是他的二元論立場。實際上，二元論植根於笛卡爾的原則之中：笛卡爾是通過將思維內容（客體）與思維形式（「我思」主體）區分開的方式來確立主體性原則的，這樣一來就使他難免陷入二元論的困境。在他看來，心靈與物體是兩個互相獨立、沒有關係的實體。心靈的屬性是「思想」，物體的屬性是「廣延」。心靈沒有廣延，是不可分的；物體不能思想，是無限可分的。笛卡爾雖然確立了主體性的原則，但是也造成了心靈與物體、心靈與身體之間的關係問題。如果思想是思想，物體（身體）是物體（身體），它們是兩個相互獨立的「實體」，怎麼可能實現兩者的一致性？！
所以對笛卡爾來說，僅僅確定了「我思」還不夠，我們還必須證明上帝的存在，再由上帝的存在，證明物理世界的存在。有意思的是，我們本來是通過懷疑一切的方式確定「我思」的，現在卻需要從「我思」出發，回過頭去消除所有的懷疑。這就像我們從筐裡把蘋果一個一個揀出來檢查好壞，現在需要的是再把它們一個一個地再放回去。
關於笛卡爾形而上學的另外兩條原理：上帝存在和物質世界存在，我們在下一講再做詳細討論，先讓我們看一看笛卡爾給近代哲學帶來了怎樣的二元論難題。