在中世紀的歐洲，教會的權力達到了無以復加的地步。教會不僅是精神領域的統治中心，而且也要成為政治的中心，它的勢力滲入到了社會生活的每一個角落。然而，隨著教會的世俗化，它也陷入了自上而下的腐敗之中，引起了人們普遍的不滿。席捲歐洲的人文主義運動雖然觸動了教會的權威，但尚不能從根本上動搖它。當人們對於教會自行改革感到失望時，宗教改革在人文主義的影響下勢不可擋地爆發了。16世紀，最初在德國，接著在瑞士、英國、法國以及北歐諸國，掀起了一場聲勢浩大、震撼教廷的宗教改革運動，並且最終脫離了羅馬教會，自行成立了新教，經過長時間的鬥爭還取得了合法的地位。在一定的意義上，我們可以把宗教改革看做是人文主義在宗教神學領域的延伸，而且其影響甚至比人文主義更大更深遠。
英國科學史家丹皮爾說：「宗教改革家有三個主要目標。第一，整頓由於有人濫用羅馬會議，由於許多僧侶們生活放蕩而遭到破壞的教律。第二，按照先前遭到鎮壓的某些運動的方針改革教義，並返回原始的質樸狀態。第三，放鬆教義的控制，准許個人在一定程度上可以自由地根據聖經做出自己的判斷。」（注6：〔英〕丹皮爾：《科學史》，第169頁，北京，商務印書館，1979年。）宗教改革直接的要求是消解教會的權威，變奢侈教會為廉潔教會，而從哲學上看，其內在的要求則是由外在的權威返回個人的內心信仰。
基督教訴諸個人內心信仰的要求由來已久，實際上這原本就是基督教的根本精神，但是外在的偶像崇拜卻逐漸流行起來，因為信徒們希望有實實在在的東西證明上帝在世間的存在。而教會為了追求排場大興土木，大搞豪華奢侈的宗教儀式，也因其世俗化而背離了基督教的根本精神。曾經有一段時間人們瘋狂地收集「聖物」，其中有聖徒的屍體、耶穌被釘上十字架後流下來的汗珠、童貞女聖瑪利亞的乳汁，甚至有人收集有上帝創造亞當時剩下來的泥塊，五花八門，無奇不有。然而，基督教畢竟是一種精神宗教，就其本質而言它必然會擺脫外在的東西而復歸內心的信仰，而在黑格爾看來，這個由外在的東西返歸內心信仰的過程早就開始了。當年十字軍在宗教狂熱的驅使下去拯救聖墓，當他們終於攻佔了耶路撒冷之後，便試圖打開聖墓，期望證明上帝在世間的存在，證明永恆而神聖的東西與有限的東西的結合。然而令他們大失所望的是，聖墓中空空如也。所以，基督教世界既奪回了聖地，又失去了聖地。但是黑格爾說，「它實際上是沒有被欺；它帶回來的結果是否定的一種：這就是說，它追求的世間生存只能夠從主觀的意識中尋求，不能從任何外在的對象中尋求；這裡所說的那種確定的形式，表達著『世俗的東西』和『永恆的東西』的結合，就是個人的『精神的東西』，自己認識的獨立。人類世界便是這樣獲得了這種確信，知道人類必須在他自身內尋求那種屬於神性的世間生存，主觀性因此取得了絕對的認可，而在自己本身獲得了對於神明的關係的決定。」（注7：黑格爾：《歷史哲學》，第440—441頁，北京，三聯書店，1956年。）一句話，上帝並不在你之外，上帝就在你的內心之中。自覺地意識到這一點，正是宗教改革的功勞。於是，基督教世界當年在一個人的石墓裡遍尋不到的東西，路德的宗教改革找到了，「他認為世間生存是在一切感官的和外在的東西的『絕對觀念性』的深處——是在『精神』和『心』之中——那顆心，它先前因為教會提出了最無聊和膚淺的手段，來滿足最內在和深刻的欲求，受到了無從說起的創傷，它現在把絕對的真理關係被歪曲的地方，發覺得纖毫畢露，並且設法把這種歪曲徹底摧毀。路德簡單的理論就是說，上帝的世間生存就是無限的主觀性，也就是真實的精神性，就是基督並不顯現在一種外在的形式裡，而是根本屬於精神的，只有同上帝和解後才能夠得到——是在信仰和享受裡」（注8：《歷史哲學》，第461—462頁。）。黑格爾的分析雖然不無牽強附會之嫌，但是他以思辨方式所概括的宗教改革精神無疑是有意義的。
在這一改革的浪潮中，以路德和加爾文的宗教改革最具代表性。
馬丁·路德（Martin Luther，1483—1546）是德國人，1501年進入愛爾福特大學攻讀法律，獲碩士學位後突然遁入修道院研習神學。1507年，路德升任神父，1512年獲神學博士學位，1515年任維滕貝格大學神學教授。1517年，他反對教皇以修建聖彼得大教堂為名在德國兜售贖罪券，在維滕貝格教堂大門上張貼了著名的《九十五條論綱》，由此揭開了宗教改革的序幕。教皇利用種種手段企圖壓制路德以及由路德在德國引發的反抗行為，而路德則在德國各階層民眾以及世俗諸侯的支持下，毅然與教廷決裂，繼續發表了《致德意志基督教貴族公開書》、《教會的巴比倫之囚》、《論基督徒的自由》等論著。此外，路德還把聖經翻譯成德語，不僅打擊了天主教會的宗教壟斷，而且對德語做出了傑出的貢獻。德國農民戰爭爆發後，路德轉而支持封建主鎮壓農民起義。
靈魂如何獲救的問題是基督教的中心教義，也是路德宗教改革的核心問題。聖經中說：「義人必因信而得生」（注9：《新約·羅馬人書》，1，17。）。路德據此認為，獲救只憑人的信仰，與善功、教會的中介作用沒有關係。在《基督徒的自由》一文中，路德全面、系統地闡述了他的「因信稱義」學說。
路德認為，人具有雙重的本性，一是心靈的本性，一是肉體的本性。就前者而言，人被叫做屬靈的、內心的、新的人，是自由的。就後者而言，人被叫做屬血肉的、外在的、舊的人，是受束縛的。人不可能靠外在的事功或苦修使靈魂得到拯救，「對於生命，對於釋罪，對於基督徒的自由，有一樣東西，並且只有一樣東西是必需的，那就是上帝的最神聖的話，基督的福音」（注10：周輔成編：《西方倫理學名著選輯》上卷，第441頁，商務印書館，1964年。）。因此，只有信仰才是獲救的必要條件。
不過，路德並非絕對否認事功。他指出：「我們憑信仰基督所要除去的，並非是『事功』，而是對於『事功』的迷信。是那種想憑『事功』獲得釋罪的愚蠢想法。」（注11：《西方倫理學名著選輯》，上卷，第475頁。）因為人同時也是外在的人，「肉體的意欲，努力要侍奉並追求它自己的滿足，這是有信仰的靈魂所不能、也不願容忍的」（注12：《西方倫理學名著選輯》，上卷，第458頁。）。人必須通過事功來控制自己的行為，揚善避惡。但是，這只是信仰的結果罷了，就像好樹結好果一樣。因此，事功只需做到足以抑制情慾的程度就夠了，童身、守貧等禁慾主義的戒律都是不必要的。1530年聖誕節，路德為他的小兒子寫了一首馬槽歌，其中唱道：誰若不愛美酒、女人和歌，他就終身是個大傻瓜。顯示了一個新教徒令人耳目一新的朝氣蓬勃的世俗生活。
中世紀教會力圖壟斷拯救靈魂的權力。它提出上帝不與有罪之人交往，人要獲救必須借助教士的中介作用。教皇是上帝在人間的代理人，掌管著拯救靈魂的大權。教會甚至禁止一般基督徒閱讀聖經，惟有教皇才有解釋聖經的權力。它把以教皇為首的教界人士稱為「屬靈等級」，他們高於一般信徒組成的「世俗等級」。路德則認為，人與人之間的區別只在於信仰。只要受洗入教，心存信仰，人人都可以成為祭司，都屬於「屬靈等級」，都可享有與教皇、主教同等的權力。只有體現在基督身上的上帝的權威才是真正的權威，因此，只有記載基督言行的聖經才是永無謬誤的。人人都有權閱讀和解釋聖經，並在其中與上帝交流。只是因為我們不能夠都來作執事並當眾宣教，才有了專職的人來主持聖禮和傳道，他們是「執事、僕人和管家」，沒有高於其他教徒的特權。
路德掀起的宗教改革通過讓·加爾文（Jean Carvin，1509—1564）又得到了進一步的深化。
加爾文出生於法國的一個律師家庭。早年就學於巴黎，受到馬丁·路德影響。由於法國政府對新教徒進行迫害，加爾文於1535年逃往瑞士巴塞爾，1536年發表其主要神學著作《基督教原理》，同年抵達日內瓦，參與該自由市的政權建設，不久成為該政權的實際領導。1538年因該市下層市民騷動而遭驅逐。1540年，該市上層市民再度得勢並請加爾文返回日內瓦。從此，加爾文定居日內瓦，並在那裡建立新教教會，取消主教制，代之以資產階級共和式的長老制，並與日內瓦城市政權結成政教合一的體制。與路德一樣，加爾文也宣稱教徒「因信得救」。但他主要是重新推出奧古斯丁的「先定」說，發揮了路德思想的宿命論方面。
加爾文把宇宙中的一切都歸之於上帝的永不更改的「先定」。上帝也預先安排好了對人的拯救。誰將得到拯救，誰將被遺棄，取決於上帝預先的揀選。這是上帝的恩典，是無條件的，秘而不宣的，並且不以人的善惡功罪為轉移。況且「除非人受到神的恩典的幫助，而且是受到那賜給那在再生中的選民的特殊的神的恩典的幫助，否則，人就沒有做善功的自由意志」（注13：《西方倫理學名著選輯》，上卷，第499頁。）。由此，加爾文也像路德那樣，否定了羅馬教會的救贖理論，認為善功對人的來世生活沒有什麼影響，並不能使靈魂得到拯救，它只不過是教會用以牟利、勒索錢財的手段罷了。教皇、主教們並不能代表上帝，聖經才是信仰的惟一權威，人人都可以通過閱讀和信仰聖經而直接與神相通。總之，個人的功德和教會的存在都不能改變上帝的先定。不過，雖然人們無法得知自己是否是上帝的選民，塵世的行為也不能改變上帝的「先定」，但人們也不應當放棄現世的努力，而是應當堅信自己是上帝的選民，積極求取事業上的成功。因為上帝對其揀選的選民，必然給予充分的支持。而個人只要在事業上取得成功，就是實現了上帝所賦予的先定使命，也就是死後靈魂可以得救的可靠證明。「加爾文的信條適合當時資產階級中最勇敢的人的要求，他的先定學說，就是下面這一事實在宗教上的反映：在商業競爭的世界中，成功或失敗不取決於個人的活動和才智，而取決於不受他支配的情況。起決定作用的不是一個人的意志或行動，而是未知的至高的經濟力量的擺佈。」（注14：《馬克思恩格斯選集》，第三卷，第391頁。）
無論是路德的「因信稱義」學說，還是加爾文的「先定」學說，都從原始基督教和奧古斯丁的宗教理論汲取了豐富的思想內容，並在「復興」古代神學的形式下，注入了時代的新內容。在理論上，他們不僅否定了教皇和羅馬教會的至上權威，而且甚至否定了教會存在的必要。他們啟迪人們的思考，肯定人們的世俗生活，肯定個人的權力、地位，爭取個人的解放。可見，宗教改革與人文主義思潮是同一個時代精神在不同領域裡的表現，甚至可以說，宗教改革是在人文主義的影響下發生的，是人文主義精神在宗教神學領域裡的延伸。但從對天主教統治的瓦解和摧毀來說，宗教改革的作用卻是人文主義所無法比擬的。這一點，從羅馬教廷對待宗教改革和人文主義的不同態度就可以看得出來。宗教改革的矛頭直接指向教會，因而它從一開始就遭到以羅馬教會為首的天主教勢力的反對、迫害和鎮壓。宗教改革的精神是新時代世俗精神的折光。雖然宗教改革並沒有自己獨立的哲學形態，但它對後世的社會發展和哲學發展所產生的影響卻是不可低估的。許多史家甚至把路德、加爾文所代表的新教精神視為近代資產階級進取精神的源泉。
不僅如此，宗教改革訴諸個人的內心信仰，在某種意義上為近代哲學之主體性的覺醒準備了條件。正如黑格爾所說，「按照這個信仰，人與上帝發生了關係，在這種關係中，人必須作為這個人出現、生存著：即是說，他的虔誠和他的得救的希望以及一切諸如此類的東西都要求他的心，他的靈魂在場。」（注15：黑格爾：《哲學史講演錄》，第三卷，第378頁。）於是，永恆的東西或真理與有限的東西即個人的存在在「主觀性」基礎上得到了「和解」，因而宗教改革的根本內容就是：「人類靠自己是注定要變成自由的」（注16：黑格爾：《歷史哲學》，第464頁。）。
當然，宗教改革畢竟只是在信仰範圍之內進行的改革。他們的宗教哲學思想依然有著神學的深刻印記，是新教神學的理論基礎。路德、加爾文的宗教改革在本質上具有濃厚的反理性反科學色彩，甚至就連他們所標榜的宗教信仰自由，最終也被對異端的殘酷鎮壓所淹沒。哥白尼的日心說曾遭到路德的惡毒咒罵，而著名的西班牙人文主義者塞爾維特，在正要發現血液循環的時候，雖然逃離了羅馬天主教會的監獄，卻最終慘死在加爾文教的火刑架上。馬克思曾經深刻地揭示了路德宗教改革的本質：「路德戰勝了信神的奴役制，只是因為他用信仰的奴役制代替了它。他破除了對權威的信仰，卻恢復了信仰的權威。他把僧侶變成了俗人，卻又把俗人變成了僧侶。他把人從外在宗教解放出來，但又把宗教變成了人的內在世界。他把肉體從鎖鏈中解放出來，但又給人的心靈套上了鎖鏈。」（注17：《馬克思恩格斯全集》，第1卷，第461頁。）