行為主義在拒絕意識、心理等心靈主義時出現過兩種觀點：方法論的行為主義和形而上學的行為主義。方法論的行為主義承認心理事件或過程是真實的，但堅持認為這些事件或過程無法得到科學的研究。在他們看來，意識這個東西不管多麼真實和迷人，也無法成為科學心理學的主題，因為科學資料必須是所有研究人員能夠觀察到的公開事件。意識經驗是私下的，雖然內省描述了它，但無法使人觀察到它。因此，心理學應該研究外顯行為，拒絕內省。形而上學的行為主義提出更為徹底的主張，認為正如物理科學已經拒絕靈魂、上帝、精靈等神話一樣，心理科學也必須拒絕心理事件或過程等神話。在他們看來，雖然人們能夠運用「觀念」等概念來指證自己具有心理，但我們仍然認為「觀念」等概念並不涉及存在的任何東西。除了存在的是行為外，沒有一種心理是可以研究的。
華生本人在這一問題上的立場是含糊的。他曾典型地捍衛以方法論為基礎的行為主義，但在其晚期的著述中，卻提出形而上學的觀點。然而，有一點十分清楚，在華生看來，心理學必須是行為主義的心理學。
華生在芝加哥大學時，曾暫時接受保留意識的機能主義心理學。但是，在華生看來，機能主義並沒有整個地推翻意識、內省等心理學，而只是修改它，做了一些從內部進行瓦解的工作。《行為主義者眼中的心理學》一書，發動了對機能主義的一場革命，同時也標誌著行為主義的誕生。在這篇行為主義宣言中，華生清晰地闡釋了行為主義者的基本信念：「就行為主義者的觀點來說，心理學是自然科學的一個純客觀的實驗分支。它的理論目標在於預見和控制行為。內省既不是它的方法的主要部分，它的資料的科學價值也不依賴於這些資料是否運用意識的術語來解釋。」華生揭示了行為主義與心靈主義的根本區別：心理學的主題是行為，而不是意識；行為主義的方法是客觀的，它拒絕內省；行為不是通過意識過程來解釋和說明的。
（一）行為主義的研究性質
在研究的性質上，華生否定傳統的心理學，拒絕承認把心理學定義為「意識現象的科學」，拒絕接受神秘的內省方法。在他看來，以意識為基礎的心理學勢必「喪失其作為一門無可爭辯的自然科學在世界中的地位」。作為一名動物心理學家，華生對傳統心理學的評價是：由於動物無法被內省，因此動物研究的地盤將會越來越小，結果迫使心理學家去建構意識內容，並將這些建構出來的意識內容與心理學家自身的心理進行類比。華生的目的是把傳統的理論和方法顛倒過來。為此，華生從經驗的、哲學的和實用的三個方面批判了內省。
從經驗上看，內省無法界定它試圖回答的問題，甚至未能回答意識心理學中最基本的問題，例如，究竟有多少感覺？它們的屬性有哪些？華生指出：「我堅信，除非拋棄內省的方法，否則心理學仍將在聽覺是否具有『廣延性』——以及諸如性格那樣幾百個其他問題上有分歧。」
從哲學上看，內省不喜歡自然科學的方法。因此，不管怎麼說，它不是一種科學的方法。在自然科學裡，良好的技術能夠提供「可以複製的結果」。如果做不到這一點，「實驗的條件就會遭到抨擊」。然而，在心靈主義的心理學中，研究的是觀察者的「意識」這一私下世界。這意味著，當結果不清楚時，心理學家抨擊的是內省的觀察者，而不是實驗條件。華生的觀點是：內省心理學的結果將是自然發現不了的私人要素。這一爭論構成方法論行為主義的基礎。
從實用角度看，內省無法滿足實用的檢驗。在實驗室裡，內省要求動物心理學家找出意識的行為標準。事實上，「人們可以假定，在種系發生的等級上，不論意識出現還是不出現，絲毫也不會影響行為問題。人們設計實驗，是為了發現一個動物在某種特定的環境裡將做什麼，然後觀察它的行為。除非研究人員試圖荒唐一番，否則不會像重建動物行為那樣去重建動物的心理。在社會領域，內省心理學無助於解決人們在現實生活中面臨的問題，沒有應用的領域」。所以，華生推崇的心理學領域是應用心理學，包括教育心理學、心理藥理學、心理測驗、心理病理學，以及法律心理學和廣告心理學。這些領域是他「最感興趣的」，因為它們「很少依靠內省」。
（二）行為主義的研究對像
在研究的對象上，行為主義研究的行為是有機體用以適應環境變化的各種身體反應的組合，其細目可以分為肌肉運動或腺體分泌，因為它們證明有機體具有以不同的方式來反應其周圍環境的能力。例如，「思維」是習得的內隱的言語反應或稱「喉頭習慣」，「情緒」是內臟和腺體的變化，「記憶」是某些習慣經過無練習的一段時間以後，給予刺激或情境仍可以引起以往的反應，或使反應增加或減少。在華生看來，肌肉運動或腺體分泌可以歸結為物理或化學變化。這樣一來，有機體的全部行為，包括通常所說的心理活動，都可以用物理或化學的概念來說明。
華生的行為主義心理學的出發點是「可以觀察的事實，也即人類和動物都同樣使自身適應其環境的事實」。心理學應該研究適應的行為，而非意識的內容。行為主義研究的行為可以分解成單元，那就是刺激—反應（S—R）。心理學作為一門行為的科學，必須研究那些能夠用刺激和反應的術語客觀地加以描述的動作、習慣的形成、習慣的集合等。所有的人類行為和動物行為都能用這些術語而不是心靈主義的術語來描述。通過行為的客觀研究，行為主義者既能預測已知刺激引起的反應，也能預測引起這種反應的先前刺激。因此，隨著把行為降低到刺激—反應水平，人類與動物的行為就能得到有效地理解、預測和控制。「在心理學體系中，完全可以證實這一點：知道了反應就可以預測刺激，知道了刺激就可以預測反應。」有鑒於此，心理學必須拋棄一切關於意識的考慮，並被界定為行為的科學，不再使用意識、心理陳述、心靈、內省證實、表象等術語，它可以根據刺激和反應，根據習慣形成和習慣整合等來進行表述。
行為主義是從整個有機體的全部行為這一整體觀點上來研究刺激—反應的行為單元的。一個刺激可能是比較簡單的東西，如作用於視網膜的光波，也可能是環境中的一個物體或整個情境。作為單元的各種特殊刺激可以組合成一個整體，即「刺激情境」（stimulus situation）;同理，一種反應可能是簡單的和低級的，也可能是相當複雜的。在這種場合，就用「動作」（manual）一詞來表示。作為單元的各種個別反應可以組合成一個動作的反應群。例如，反應動作包括攝取食物、寫作、打棒球、蓋房子這樣一些事情。如果把這些動作再分解的話，則它們最後還是歸結為肌肉反應或腺體反應。反應分為兩類：習得的或非習得的，外顯的或內隱的。對行為主義來說，重要的是區別先天的反應和習得的反應，並發現適用於後者的學習規律。
（三）行為主義的研究方法
在研究的方法上，行為主義的研究方法是摒棄內省，採用客觀觀察法、測驗法、條件反射法和言語報告法。
華生反對內省，不相信內省的精確性。他曾問道，如果連經過最嚴格訓練的內省主義者對他們所觀察的東西也不能取得一致的意見，那麼心理學又如何前進呢？行為主義者不能容忍在其實驗室中有任何不能客觀觀察的東西，希望研究有形的東西，反對內省主義者主張報告有機體內所發生的事情，因為這些事情是不能通過客觀的觀察予以證實的。在華生看來，客觀的觀察和測驗是行為研究的必要基礎。觀察和測驗的結果應作為行為的樣本，而不是對心理品質的度量。觀察和測驗並非度量智力或人格，而是度量被試對測驗的刺激情境所作的反應，此外什麼也不是。
條件反射法是行為主義正式創始後兩年才被採納的。華生在其後來的著述中，曾因為條件作用的方法而感激巴甫洛夫。華生使用「刺激替代」（stimulus substitution）的術語來描述條件作用。他說，當一種反應同一個並非原來引起它的刺激聯繫或聯結時，那麼這個反應就成為有條件的。華生掌握了這一方法，獲得了一種完全客觀的分析行為的方法，從而把行為分解為最基本的單元：刺激—反應的聯結。他主張可以把所有的行為分解為這些元素，這就為在實驗室內研究人的複雜行為提供了一種方法。
在華生的行為主義研究方法中，言語報告法是最引起爭議的一種方法。華生一方面反對內省，另一方面又不能不利用只有內省才能提供的一些素材。於是，他把內省從前門趕出去，又以「言語報告」的名義把它從後門請了進來。雖然華生認為他不能排除也使用內省的心理物理學的所有工作，從而主張言語反應終究是能夠客觀地加以觀察的，但他畢竟把言語的兩種作用混淆了。言語固然和動作一樣是對客觀刺激的反應，但言語也可用來陳述自己的心理，這種陳述其實就是內省。事實上，華生也看到了這種矛盾，曾聲稱言語報告是一種「不精確的方法」，它不能令人滿意地替代更為客觀的觀察法。因此，他希望把言語報告的使用限制在這樣一些情境，即完全準確和能夠加以證實的情境，例如觀察音調的差異。至於不能證實的言語報告，例如無意象的思維（unimage thinking）或有關情感狀態的描述是要排除的。
這種把注意力全部集中於客觀方法的使用，意味著改變了心理學實驗室中人類被試的性質和作用。在傳統的意識心理學方法中，被試既是觀察者，又是被觀察者；他觀察他自己的意識經驗。而在華生的行為主義方法中，被試不再進行觀察，而是實驗者觀察的對象；真正的觀察者（實驗者）設置實驗的條件，並觀察被試如何對這些條件作出反應。這樣，人類被試的地位下降了，他不再觀察，而僅僅去行動，因而變成了觀察的對象。