萊斯特伯爵死後，伊麗莎白女王轉而將感情寄托在小艾賽克斯伯爵身上，他很快地便晉身為女王身邊的大紅人，搬進了繼父過去在宮廷中居住的房間，無時無刻不陪伴在女王身旁。想要得到恩寵的宮廷人士，聽聞他「善待友人」的名聲後都蜂擁而至，他經常替這些友人運用他在女王面前的影響力。但女王常常拒絕他的要求，讓他因此氣憤不已，「變成一個就連稍微丟臉都感到憤世嫉俗又懦弱的偽君子」。他時常考驗伊麗莎白女王的耐心，但女王希望他能安於自己的幸運，然而他從未因此滿意，他知道女王非常需要他的陪伴，因而屢次語出威脅要離宮，回到鄉間居住，透過這樣的手段逼得女王不得不就範。
「她並非信心滿滿地否定，」他總是說，「只要懂女人心的人都知道，這就是女人柔順的象徵。」他自以為能控制女王，但事實上是小看了女王傑出的智慧與意志力。不過，正因為女王對小艾賽克斯伯爵的情感極深，因此總是能原諒他的小過錯：也因為這樣，又再度地讓他自以為能為所欲為、無法無天。
小艾賽克斯伯爵與萊斯特伯爵不同的是，他極度受到人們的歡迎，因為他總是以「和藹可親與開放的態度，敞開他的公務桌與房間，接待要求見的人」。伊麗莎白女王很快便起了嫉妒心，她希望小艾賽克斯伯爵的成功，只能仰賴她的給予；她不希望有人跟她競爭他人的感情。
小艾賽克斯伯爵過去的監護人伯利男爵，試圖想要將這個年輕人召入門下，但小艾賽克斯伯爵對於「人生與追求龐大財富之路，必須一步一步慢慢來，相當缺乏耐心」，同時他也討厭伯利男爵那逐漸成氣候的兒子羅伯特·塞西爾。他希望在最短的時間內達到令人望之生畏的權勢頂峰。
時年五十五歲的伊麗莎白女王健康情形非常好。她腿部潰瘍的情形已經痊癒，她也一如往常地活力充沛，有時早晨仍會舞上幾支雙人舞，也定期散步、騎馬與打獵。年齡漸長加上政治上的成功，讓她更加威嚴，更有風采，當人民看見她坐著金色馬車而過時，她看起來「就像個女神」。小艾賽克斯伯爵相當聰明地在某種程度上對女王言聽計從，並在公開場合中以當時最愛使用的隱喻符碼向女王表露他的愛與忠誠。「我必須承認，身為男人，比起身為臣子對君主風采的崇拜，陛下那天生的美麗更讓我著迷。」他曾這樣告訴女王。他天真地以為自己的影響力，永遠無人能及。
但很快，他就從這樣的幻想中覺醒過來，因為一五八八年十一月時，伊麗莎白女王的眼光轉向蒙裘依勳爵之子查爾斯·布朗特（Sir Charles Blount）。他是學者派的年輕人，有著「栗色頭髮、俊俏的臉蛋，個性冷靜沉著，身材修長」，他在馬上長槍比武大賽上的精湛技巧，讓他備受矚目。女王在驚羨之下，「從她專屬的純金西洋棋子中，挑選出了女王棋送給他」，他便以深紅色的緞帶，將這個女王棋繫在手臂上。見此狀而嫉妒不已的小艾賽克斯伯爵嘲諷地說：「看來所有的蠢人都會受到寵信。」被惹得怒不可遏的布朗特，表示要與他在梅利本公園中單挑，隨後在決鬥中，他一劍劃傷了小艾賽克斯伯爵的大腿，並讓他的劍離手。
檯面上，伊麗莎白女王強烈反對單挑決鬥，但她對於小艾賽克斯伯爵的霸道十分反感，當她聽見決鬥結果時，勃然大怒地說：「老天在上，若來個人挫挫他的銳氣，教導他正確的態度，也是剛好而已，否則他簡直沒有王法了。」但伊麗莎白女王堅持，若兩人不握手言和就不准回宮，於是兩人言聽計從，後來儘管布朗特較受女王寵愛，兩人竟能成為至交好友。
布朗特曾打過荷蘭戰爭，也對抗過無敵艦隊，最大的野心就是要再到各國闖闖，尋求軍事冒險的刺激，但伊麗莎白女王總不予理會，只是告訴他：「除非有神跡，否則你不准離開，別像不顧他人眼光的西得尼一樣。只有我點頭，你才能走。現在你只能待在宮中，好好看書，談談戰爭。」一五八九年，伊麗莎白女王欽點他成為四十衛士一員。
到了十二月，小艾賽克斯伯爵與萊禮爵士發生嚴重爭吵，再度揚言要決鬥，但此事挑動了樞密院的敏感神經，於是嚴格禁止。儘管兩人嚴守秘密，但消息依然傳進伊麗莎白女王的耳中，兩人因此「麻煩大了」，但小艾賽克斯伯爵卻毫不在乎。「她非常喜歡干涉臣子們的不和」，尤其是她的幾位愛將，他向法國大使這樣表示。
一五八九年春天，小艾賽克斯伯爵寅吃卯糧的習性，讓他背負了超過兩萬三千英鎊的巨額債務。當伊麗莎白女王下令，要他隨即清償某一筆借款時，他卻提醒女王「愛與仁慈」的重要性，遠超過金錢。女王的態度和緩下來，並同意讓他抵押一處莊園，得到未來十年所有英國進口甜酒的關稅收入，如此一來等於是讓他公器私用、中飽私囊。
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這一年的春天，決心打壓西班牙的海軍實力到底，確保菲利普國王再也無法派遣無敵艦隊來威脅英國，伊麗莎白女王決定派出德瑞克爵士、約翰·諾利斯爵士與萊禮爵士，帶著一百五十艘船與兩萬名士兵，前往葡萄牙摧毀敵軍殘餘的勢力，同時英方憂心葡萄牙愛國分子可能會群起反抗，因此準備由非法覬覦葡萄牙王位的唐·安東尼奧登基。
小艾賽克斯伯爵盼能從中獲利清償債務，積極想要爭取出征的機會，但四月初，女王有感他的輕率魯莽，因而禁止他前往，小艾賽克斯伯爵公然抗命，在女王未允諾的狀況下擅自離宮，不顧一切地奔赴法爾茅斯，在四十八小時內奔馳了二百二十英里。當伊麗莎白女王得知他抗命的消息時，小艾賽克斯伯爵已經成功說服羅傑·威廉斯爵士（Sir Roger Williams）讓他加入，並出航到海上了。伊麗莎白女王非常生氣，派遣佛朗西斯·諾利斯爵士與亨斯頓勳爵搭上輕艇，在英吉利海峽逡巡緝拿小艾賽克斯伯爵，當此舉毫無所獲，女王便在給德瑞克爵士的一封信中，大大地譴責威廉斯爵士的行徑：
他的罪過如此沉重，甚至得宣判死刑。我只要你們不擇手段將他押回，嚴密地看守他，直到我給予新的命令，若你們不從，將可能招致災禍，因為國家有尊嚴，希望你們遵從。我要直截了當地命令你們，立即以安全的方式遣送（小艾賽克斯伯爵）。若你們不從，就該接受應得的痛苦，這絕不是兒戲。
女王也寫信給小艾賽克斯伯爵，抱怨他「突兀又毫無責任感地離開宮廷、擅離職守；此舉對我們的冒犯，理應不難想像。我給予你太多的善意與恩惠，信任你不會擅離職守，卻反而使你忽略、遺忘了自己的責任」。
女王的信件花了兩個月才送達，當船艦抵達里斯本時，小艾賽克斯伯爵依然在船上，德瑞克爵士發動了一場突襲，但因為葡萄牙方面無法如實起義對抗，因而失敗。接著，他們無視於伊麗莎白女王的命令，推進亞速爾群島，盼能攔截西班牙寶物艦，卻在六月底時遭遇海上強風，因而被迫退回英國。歷史上有各種不同推測，顯示有四千到一萬一千人因而死於疾患，伊麗莎白女王也大大損失了四萬九千英鎊：這次的出航完全是場災難。
伊麗莎白女王將怒氣發洩在德瑞克爵士身上，她有好一段時間，不願再讓他主掌規模如此大的探險任務，當然還有諾利斯爵士，而小艾賽克斯伯爵反而成了返國英雄，但伊麗莎白女王注意到萊禮爵士出色的表現，於是賜予他一枚獎章。她甚至原諒了小艾賽克斯伯爵與威廉斯爵士的抗命，無視小艾賽克斯伯爵剛愎自用的行為，指其為「年輕人的衝動」，因此維持了一段時間的和平。宮廷大開宴席、打獵與馬上長槍比武，而小艾賽克斯伯爵「則在女王陛下的好評之中，日復一日地壯大聲勢」。
然而伊麗莎白女王對他的好意，只是更加深了他的不滿，讓他開始秘密與詹姆士六世通信。而他的姐姐潘妮洛普·瑞奇（Penelope Rich）則向蘇格蘭王表示，小艾賽克斯伯爵「感到非常厭煩，認為自己彷彿過著奴隸般的生活」，希望能看見王權輪替，但詹姆士六世卻不為所動。
七月份時傳來消息，為了報復他殺了吉斯公爵，一位瘋狂的修道士暗殺了法王亨利三世。因為亨利三世膝下無子，又是瓦洛王朝的最後一個傳人，因此便由他那信仰新教的妹夫納瓦拉的亨利（Henry of Navarre）繼位，成了法王亨利四世（Henry IV），也開啟了波旁王朝的歷史。
西班牙的菲利普國王馬上巧立一位天主教的繼位者，企圖奪取法國王位，但伊麗莎白女王嗅到此舉背後的危機，堅決支持新王亨利四世。她於十月份派遣一支由魏勒比勳爵（Lord Willoughby）帶領的精兵前往諾曼底，並連續五年金援這支部隊，破壞西班牙的反對力量，並協助亨利四世穩坐王位。
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在不堪長期過勞之下，弗朗西斯·沃爾辛厄姆爵士於一五九零年四月六日逝世，死時為了服侍女王幾乎瀕臨破產，只得瞞過債主在一個夜裡下葬，以免他們扣押他的棺材。他對伊麗莎白女王一向忠心，傳聞中，他在歐洲各地部署了五十五位探子，保護女王不受天主教敵人惡意侵犯。英國多數人對他的離去感到相當哀傷，但「對我們來說是好消息」，西班牙菲利普國王曾這麼說。
伊麗莎白女王並未指定任何人與沃爾辛厄姆爵士共同管理英國情報網，也沒有馬上找人替代他。接下來六年的時間，國務大臣一職就由羅伯特·塞西爾一肩挑起，而女王也相當信任他的能力。伯利男爵培養他的兒子做接班人，對於兒子進步快速也感到相當滿意。
出生於一五六三年的羅伯特·塞西爾，據傳在嬰兒時期被一位粗心的保姆摔到地上，因此讓背部畸形、身材矮小、發育不良。羅柏·儂頓就形容：「針對他個人的部分，老天爺待他相當苛刻，但若要說到臉龐，那可是他最值得驕傲的部分。」伊麗莎白女王暱稱他為她的「小矮人」或她的「小精靈」。「因為是女王起的小名，因此我並不討厭。」羅伯特·塞西爾表示，事實上他對於自己身體的殘缺非常敏感，因此痛恨這個名字，但他的對手常殘酷地以此來開玩笑。
因為學習力敏銳，他在前往劍橋就學前便已接受導師的調教，之後更前往法國與尼德蘭進行外交任務，一五八四年被選為英國國會議員。他反應很快，也有極佳的專注力。他除了是一個十分機靈的政治人物外，也擁有相當的行政才能，且面對吃重的工作也有無限的能力，許多人總是說常常看見他「滿手拿著文件，滿腦想著事情」。「打從娘胎就是個宮廷奇才」，他擁有絕佳的演說才能、討人喜歡的舉止與詼諧的幽默感。他並不缺乏狡猾與機靈，但與伯利男爵相較之下，更缺乏原則。儘管女王對待他，並不如對他父親那般親近，但女王仍是全然地信任他。
此時的情勢來看，伊麗莎白女王透過拔擢伯利男爵的兒子與萊斯特伯爵的繼子，彷彿想要讓宮廷的氣氛回到她年少之時，然而儘管羅伯特·塞西爾非常願意與小艾賽克斯伯爵分享榮耀，但後者知道自己缺乏與宮廷人士的親近互動，因此非常嫉妒羅伯特·塞西爾的政治地位，並決心破壞他的聲望。他並不認為自己無法獲得宮廷人士青睞並且成為主要的政治參事；也不明白伊麗莎白女王為何從不將「國內事務的權威」加諸同一人身上。
小艾賽克斯伯爵堅持將塞西爾視為敵人，在宮廷中形成派系之爭，成為伊麗莎白女王執政晚期的重大現象，因此也製造許多糾紛、賄賂與機會主義者。小艾賽克斯伯爵與許多宮廷中的追隨者都渴求軍事上的榮耀，更希望持續與西班牙對戰到底，至於以羅伯特·塞西爾與伯利男爵為中心的派系，則以和平與穩定為主要訴求。從一五九年以後，小艾賽克斯伯爵開始在宮廷與國內各處推行貴族統治的概念。只要在宮廷中不受羅伯特·塞西爾青睞，或是贊成與西班牙持續對戰的人，紛紛走向這條道路，積極地擁戴他。他也得到倫敦清教徒的支持。羅伯特·塞西爾則緊緊地抓住了宮廷官職與政治機會。在國會方面，他的父親主宰上議院，而他則成為上議院領袖。
伊麗莎白女王面對她那一代的友人與參事們紛紛離世，也只能調整心態，適應當前較為年輕、較不協調的一代，這些年輕人的思想與品味與她差異甚大，對於長者的態度也越來越輕蔑。女王也得忙於維持宮廷的平和，維持初出茅廬的新派系間的平衡，對一位垂垂老矣的女性來說，這可是相當吃重的工作。
這一年的夏天，在英國所有的城市中，伊麗莎白女王出巡來到了畢鄉修道院，由羅素小姐的女兒們負責接待女王，再前往米契漢、薩裡等地，負責招待女王一行人的則是朱力斯·西薩爵士（Sir Julius Caesar），他獻給女王「一件銀絲織成的華服，上面用刺繡裝飾得極其華麗，一件鑲著純金的黑色網狀披風，一頂白色塔夫綢制的帽子，上面綴有許多花朵，以及鑲有紅寶石與鑽石的全副黃金珠寶。女王陛下於九月十三日晚膳過後才心滿意足地離開」。
事實上，這段時間對伊麗莎白女王來說相當哀傷。一五九年，死神帶走了華威伯爵安布洛斯·達德利、過去曾負責看守瑪麗·斯圖亞特的獄卒士魯斯柏立伯爵與時年已八十二歲的布蘭琪·派瑞小姐（Blanche Parry，她是女王寢宮的首席女僕，打從伊麗莎白出生之日起便服侍著伊麗莎白）。
秋天時，伊麗莎白女王發現，小艾賽克斯伯爵於四月份秘密與沃爾辛厄姆爵士的女兒兼繼承人法蘭絲（Frances）結婚，她同時也是菲利普·西得尼爵士的遺孀。伊麗莎白女王認為法蘭絲身無嫁妝，也毫無美麗可言，根本配不上小艾賽克斯伯爵，因此大發雷霆，整整生氣了兩周，才在他人的勸說下，接受小艾賽克斯伯爵只是做了他這個身份地位的男人應該做的事，那就是結婚生子。小艾賽克斯伯爵自己則使盡渾身解數，希望能獲得女王的諒解，時間一久，女王緊繃的情緒也漸漸放鬆。
到了十一月十七日的女王登基紀念日，穿著一身黑的小艾賽克斯伯爵以葬禮的步伐走進懷特霍爾宮的騎士比武場，象徵自己的恥辱；但在場觀看的人很快就發現，女王早就原諒他了。儘管如此，女王卻始終不同意將法蘭絲視為他的妻子。兩天後，他表現傑出，在參賽者之中脫穎而出。
英女王加冕典禮護衛官亨利·李爵士最後一次在幕後指導登基日馬上比武大會，為了紀念這一天，他安排了一場護火貞女的盛裝遊行，音樂則由約翰·道蘭德負責。紀念日過後，亨利·李爵士便與妻子——臭名遠播的安妮·伐瓦梭爾退休，回到牛津郡的迪奇裡公園。
就在這個時期，女王的教子約翰·哈林頓爵士愚蠢地在女王的侍女之間，流傳他下流的翻譯之作，亞力奧斯托（Ariosto）的第二十八本詩作《憤怒奧蘭多》（Orlando Furioso），伊麗莎白女王下令清查是什麼樣的書引起這麼大的歡笑聲，但當她親自閱讀時卻陷入震驚之中，並宣佈這本書的內容不適合年輕女孩閱讀。這位「淫穢的詩人」遭到嚴重的譴責，女王也規定他在翻譯完亞力奧斯托的所有作品之前，不准踏入宮廷一步——這麼巨大的工作量，幾乎佔據了他一整年中最美好的時光。
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到了一五九一年，小艾賽克斯伯爵受到已故國璽大臣尼可拉斯·貝肯爵士之子弗朗西斯·貝肯（Francis Bacon）越來越多的影響，他的哥哥安東尼（Anthony Bacon）過去十年來一直擔任沃爾辛厄姆爵士在法國的探子，因此與亨利四世結為至交。他們的母親則是伯利男爵的姐妹，但身為財務大臣的伯利男爵沒什麼時間照顧外甥，且認為這兩個外甥蓄意要破壞他兒子的政治前途，因此一直拒絕將這兩個孩子納入門下。這件事嚴重地撕裂了家族情感，弗朗西斯·貝肯因而尋求外人支持，當然也就不令人意外了。
弗朗西斯·貝肯當時是個三十歲的律師，也是個博學多聞的國會議員，當時他就已經發行了歷史、哲學與法律論述著作。「他的身材普通，未老臉上就已烙上歲月的痕跡；但風度翩翩恰如其分。」這是十七世紀歷史學家阿瑟·魏爾森（Arthur Wilson）對他的形容。這位後來晉身成為大法官的弗朗西斯·貝肯，資質遠勝羅伯特·塞西爾與小艾賽克斯伯爵，但女王始終不欣賞他，也從不賦予他應得的重責大任。事實上，弗朗西斯·貝肯與哥哥安東尼都是同性戀，這也有可能是造成女王對他們反感的原因之一。
弗朗西斯·貝肯很快便建立與小艾賽克斯伯爵的情誼，他很快就發現，只要獲得這個新朋友的青睞，他就可以對抗羅伯特·塞西爾。高傲又工於心計的弗朗西斯·貝肯接著便看出可以利用小艾賽克斯伯爵「傑出的完美與美德」，以此來達成政治上的聲望，同時挫挫羅伯特·塞西爾的銳氣。但宮廷人士很快就注意到，儘管伊麗莎白女王願意在合理範圍內，給予小艾賽克斯伯爵任何想要的東西，卻不樂見他過度擴張自己的派系，因此來到他身邊盼能得到些許利益的人，總是敗興而歸。人人都知道，女王害怕他會招來一大群追隨者。
詭計多端的弗朗西斯·貝肯，很快就看出了端倪，於是寫信給小艾賽克斯伯爵，獻上誠摯的建議，試圖讓他瞭解自己在女王眼中的地位：「天生不願被管束的人；享有非以崇高作為得來的地位；卻十分受到愛戴；傾向軍事行動——我想對世界上任何君主來說，再沒有什麼比這種形象的人更加危險，更不要說對女性，甚至女王陛下帶來的憂慮。」於是他呼籲小艾賽克斯伯爵放棄軍事上的野心，才能讓女王放心，並透過和平的手段達成目的。這樣的建議相當明智合禮，但剛愎自用的小艾賽克斯伯爵拒絕了。
對於自身日見增長的人氣，他也並未做任何事情來平息伊麗莎白女王的妒意。女王不僅嫉妒他與其他人交好，更見不得他注意其他的女性。一次女王抓到他正在調戲女王的兩位侍女，凱瑟琳·布裡姬（Katherine Bridges）與伊麗莎白·羅素（Elizabeth Russell），便以相當厭惡的態度對他大吼大叫，甚至賞了情婦布裡姬（她後來真的變成小艾賽克斯伯爵的情婦）一巴掌，並將這兩個女孩趕出宮整整三天。但小艾賽克斯伯爵個性也同樣善妒：只要女王對他在宮廷中的對手微笑，他就會發怒、生氣很久。
五月份，伊麗莎白女王來到特歐伯茲，接受伯利男爵一家的招待長達十天，塞西爾家族籌劃了一齣戲，暗示女王應正式賜予在此行中接受女王冊封為騎士的羅伯特·塞西爾國務大臣之職。女王並未看出他們的暗示，但三個月後便招攬羅伯特·塞西爾進入寢宮中服務。約在這段時間，已經長期受到痛風困擾，且年已七十歲的伯利男爵，請求女王准他退休。伊麗莎白女王只是開玩笑地問他，是否想成為隱士，接著以他是「英國福祉的棟樑」為理由拒絕他離開。
夏季中，皇家衛隊隊長萊禮爵士宣誓保護女王旗下的侍女，並獲得進入的一把鑰匙，他秘密地誘惑（但也有可能是被其誘惑）年紀最長的首席侍女伊麗莎白·貝絲·瑟洛克摩頓（Elizabeth Bess Throckmorton），她是尼可拉斯·瑟洛摩頓爵士的女兒。七月份她便與萊禮爵士珠胎暗結，但她與萊禮爵士的其他情婦不一樣：她開始堅持要與萊禮爵士結婚，但任誰都看得出來，女王一定會認為她配不上他。這一年秋天，萊禮爵士與貝絲·瑟洛克摩頓秘密地結婚了。貝絲繼續待在宮中，照樣執行每天的工作，盡可能地隱瞞自己有了身孕的事實。