萊斯特伯爵彷彿為所欲為般，再度帶著全新的三千兵力與一隊戰艦，於一五八七年六月二十五日重返荷蘭。帕爾瑪公爵故意使出時間戰術，一度提出和平訴求，花了幾個月的時間，進行迂迴曲折的協商。
七月二十九日，羅馬教皇與西班牙籤署了一項條約，同意由菲利普國王提名任何一位他認為適合擔任英國統治者的人選，唯一的條件是，這個人必須在英國重建天主教信仰。九月份，菲利普國王下令要帕爾瑪公爵組織一支艦隊準備入侵英國。伊麗莎白女王注意到敵國準備入侵的氣氛，將所有的希望都寄托在和平協商的結果上，因為她知道英國沒有強而有力的軍隊，僅有一支小小的海軍，根本沒有應戰的實力。
同時，英國與荷蘭盟邦之間出現了嚴重的分歧，眼見尼德蘭可能就要爆發內戰了，而萊斯特伯爵的無能就是造成現況最主要的原因，於是這一年的秋天，他向伊麗莎白女王提出自己在荷蘭毫無用處的說法。女王便在十一月十日將他召回英國。在他離開之前，還下令製造一個紀念章，上面鐫刻著他的傳奇：「我不願離開的並非人們，而是那忘恩負義的一群」。
回到英國宮廷中，他氣憤地發現，雖然女王表面上親切地歡迎他，但私下對於他無法與盟友間更進一步地團結並阻擋西班牙的推進感到相當不滿。無法面對女王的斥責，他只好退到溫斯特去，並放棄擔任了將近三十年的騎士統領頭銜，並說服女王將這個榮耀賜予他的繼子小艾賽克斯伯爵。
在萊斯特伯爵二度離開英國前往荷蘭後，年紀輕輕的小艾賽克斯伯爵與女王變得更加親近，再透過他新建立的勢力為繼父贏得優勢，畢竟繼父對他的栽培，就是為了挽回自己政治上的頹勢。也因為兩人之間的情感，因此他們從未互相敵對。伊麗莎白女王為年輕的小艾賽克斯伯爵著迷不已，總是將他帶在身邊，認為有他在身邊的生活相當有趣。他擁有伊麗莎白女王喜歡的各種男性特質，但女王相當清楚，他完全沒有政治敏銳度。整個夏天，宮廷人士都看他忙著陪女王散步、騎馬，晚上則常見兩人一起玩牌或聽音樂，直到「清晨的鳥鳴聲聲喚」。
小艾賽克斯伯爵擁有貴族血統：他的身上流著金雀花王朝的血液，同時從小也接受了萊斯特伯爵那嚴格的新教信仰。他具有騎士精神、自信滿滿且十分大方。他會寫十四行詩，執筆的信件相當時髦、擲地有聲，他在宮廷的化裝舞會中總是表現良好。他身材看來「十分修長」，擁有紅褐色的頭髮與鬍髭，還有高雅的雙手。
女性難以抵擋他的魅力、他的男子氣概與他健壯的體格，伊麗莎白女王也不例外，儘管她比他年長了三十三歲。但這個年輕人也免不了要花言巧語地稱讚女王，或假裝被女王的魅力深深吸引，伊麗莎白女王就需要這樣的注意力。傳言中，她有永生不摧的美麗，她也刻意助長這樣的傳聞，但到了這個年紀，要維持傳言中的姿態越來越困難，她只好使用假髮與化妝品來協助。但在小艾賽克斯伯爵的陪伴下，她似乎恢復了逝去的青春。但女王似乎總把他當成自己無緣擁有的兒子，而非愛人或追求者。歷史上從未有任何證據顯示女王對他有任何非分之想，但曾有人推斷，就外貌與體格而言，小艾賽克斯伯爵都讓她想起了托馬斯·西摩，在她青春正好的時期，喚醒她的性慾的那個男人。
但小艾賽克斯伯爵也有黑暗的一面。他有時相當情緒化、傲慢跋扈、莽撞無禮、難以相處，當他的脾氣上來時總是衝動不已。他不懂自律，更不懂得「隱藏情緒。總是喜怒形於色」，也總是「非常容易被激怒，又難以平復情緒」。他是一個複雜的男人，生活過得倉促，但有時又彷彿活在自己的世界般愛做白日夢，做起夢來，連自己吃飯時吃了什麼都不知道，也不在意自己的衣著是否搭配得宜。他總是邁開大步向前走，頭部則總是向前傾。他的性格與其他的宮廷人士一樣令人費神疑猜，但偶爾與人有了親密接觸後，他總會趕緊前往教堂，在神面前告解好幾個小時。儘管他喜歡宮廷華麗炫目的生活，他也喜歡在查特裡家中的安靜生活。自小，他就有神經衰弱的問題，病情嚴重時，他甚至必須臥床多日，渾身發熱、顫抖、重度憂鬱，無法理性地說話或思考。
總是以自我為本位的小艾賽克斯伯爵擁有極大野心；總是想成為劍客中的佼佼者、宮廷中威風凜凜的年輕豪俠，但為了享受豪奢的生活，他需要很多錢，但在這方面卻總是匱乏。因此他的生活總是寅吃卯糧，他的財務狀況總是在破產邊緣，也因此包括女王等人在財務狀況許可下總是盡可能地幫他渡過難關。
年紀輕輕的小艾賽克斯伯爵，彷彿有用之不竭的精力，也想要在軍事領域上有所作為。菲利普·西得尼死前將劍傳給了他，因此他自視為菲利普·西得尼的傳人，同時他對自己也相當有信心，認為自己有領導才能，能激發人們奉獻的精神。他在這方面的確有相當程度的天分，但他有時行事太過輕率，也過於自負。「沒有任何人比他還要更渴望榮耀，」康登記錄下這些現象，「也沒有人比他更不在乎榮耀以外的一切。」
有一個人相當妒忌小艾賽克斯伯爵的崛起，這個人就是萊禮爵士。他原認為自己能取代萊斯特伯爵，成為女王跟前的第一大紅人，但江山代有才人出，他的光芒早已相形失色。萊禮爵士彷彿著了魔般地妒忌著，更暗自決心要顛覆小艾賽克斯伯爵顯赫的地位。但當小艾賽克斯伯爵獲得進入女王寢室，與女王交談的殊榮時，負責在門外過濾訪客的萊禮爵士，只能將憤怒與怨恨埋在心裡。
只要可以，他絕不會放過痛擊對手的機會。小艾賽克斯伯爵的姐姐桃樂絲小姐在與人私奔之後，就被禁止入宮了。但這年的七月份，伊麗莎白女王出巡，走訪華威伯爵的豪宅諾斯堂時，華威小姐認為伊麗莎白女王的怒氣已滅，便邀請桃樂絲小姐與小艾賽克斯伯爵為賓客。萊禮爵士含沙射影地向女王告狀，表示小艾賽克斯伯爵將姐姐帶進諾斯堂，因為他認為自己對女王不敬也沒有關係。伊麗莎白女王大為光火，因此下令要桃樂絲小姐待在房裡，一直到女王離開後才得露面。
又羞又窘的小艾賽克斯伯爵，早就猜到是誰在背後搞鬼。於是晚餐後，當他與女王和華威小姐坐在一起時，萊禮爵士正在門外偷聽，小艾賽克斯伯爵為姐姐喊冤，並指伊麗莎白女王未經思考的作為「只是要取悅那奸詐的萊禮爵士，我就知道她會在世人面前羞辱我」——這是他事後在信件中對友人的抱怨。
結果這激怒了伊麗莎白女王，她直率地表明「自己無法忍受任何人批評萊禮爵士，同時表示我沒有任何理由輕視萊禮爵士。她的一席話讓我甚感紛亂，但我依然盡可能地向女王傳達他的所作所為與真面目」。
小艾賽克斯伯爵問她：「我的女主公竟然敬畏這樣一個男人，我該如何是好？」並以「悲痛暴躁的態度，盡可能地詆毀他」，希望能讓萊禮爵士聽到他的話。但這一席言論只是更進一步地激怒伊麗莎白女王，讓她怒火中燒，讓她毫不莊重地與小艾賽克斯伯爵吵了起來，甚至攻擊他母親萊斯特小姐的道德問題。這對情緒不穩定的小艾賽克斯伯爵來說，簡直難以招架，他怒吼著說自己無法坐視家族蒙羞，並堅持在深夜裡要把姐姐送走。至於他自己，他告訴女王陛下：「我到了哪裡都無法開心，我的情感被狠狠踐踏，如萊禮爵士這樣的小人卻大受敬重，我絕不想待在這樣的人身邊。」伊麗莎白女王並未回應，只是轉過身去，繼續與華威小姐聊天。
女王的忽視讓他憤怒極了，小艾賽克斯伯爵隨即離開那個房間，並安排姐姐立即離開，並隨即前往馬蓋特準備去荷蘭，在那裡，他能將受傷的情緒發洩在戰場上。「與其憂慮一生，不如光榮而死。」他宣稱。
但伊麗莎白女王已經猜到，他可能會幹傻事，便派出亨斯頓勳爵之子羅伯特·凱利（Robert Carey）將他追回；最後他在桑德維奇追上了小艾賽克斯伯爵，說服他返回諾斯堂，並與女王和解；但他仍不斷抱怨女王陛下「對他的態度不夠和善」——在接下來的幾年中，還會常常聽到他的抱怨。
這件事為兩人未來的關係設定了模式，易變又易怒：性格剛烈的兩人很容易爆發衝突，口不擇言，接著冷戰；但相較之下，伊麗莎白女王更需要小艾賽克斯伯爵的存在，最後只好讓步。小艾賽克斯伯爵對女王相當有感情，他知道自己凌駕於女王之上，不斷地得寸進尺。他絕不讓任何女人控制他，甚至包括女王陛下；事實上小艾賽克斯伯爵鄙視女王擁有的王權到了極點，也厭惡自己必須卑躬屈膝的事實，他認為像他這樣的男人，除了體能外，智能也比女性更加優越。他也許會奉承女王，裝作愛慕女王許久的追求者，但他常以斥責的話來懲罰女王，同時毫不掩飾地表示，自己痛恨女王在兩人的關係中佔上風。他顯然認為女王是個愛管閒事、令人煩躁又過時的老女人。令人最驚訝的是，女王屢次原諒他的放肆。甚至有人瞎猜，認為女王讓小艾賽克斯伯爵在背後發號施令，但面對他不應得的政治勢力，或他可能會不知羞恥剝削自肥的利益時，女王的立場又變得相當嚴謹。然而當小艾賽克斯伯爵深信，這些權位給錯了人，與老派的、聰穎的人所說的不同時，他就能脅迫女王聽從他的意見。伊麗莎白女王深知這一點，也早有準備。
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十二月二十一日，伊麗莎白女王指派霍華德勳爵查爾斯（Charles，Lord Howard）為中將、海軍大臣兼英國海軍指揮官，並下令要海軍全員戒備。此時，菲利普國王可能很快就要派出他的無敵艦隊前來；十一月份時，伊麗莎白女王便聽說了他的計劃：西班牙大型帆船的無敵艦隊，準備痛擊英國海軍，為帕爾瑪公爵先殺出一條血路，讓他盡快由荷蘭派遣一支精兵進入英國境內。推翻伊麗莎白女王、掌握英國政權後，菲利普國王就會來到英國，為女兒取得英國王位並重建天主教信仰。
根據霍林斯·赫德所記，在一五八八年年關將至之時，英國許多民眾想起，部分佔星家與預言家曾預測，英國這段時間會有「非比尋常又異常的意外」發生，因此引起極大的恐慌。但伊麗莎白女王擁有自己專屬的占星預言家，則較為樂觀。
實際上，伊麗莎白女王與她的政府已經開始準備迎戰。海港與各地都加強邊防，建造了七艘新船，舊船也進行翻修工作。王國各地高處都架起了烽火台，以在敵軍入侵的第一時間通報。同時招募水手與軍人，並向民間徵用武器與倉庫。儘管如此，面對敵人入侵，英國仍未有足夠的準備，當她發現菲利普國王的艦隊也並未完全準備好，可能到來年夏天都不見得有能力出擊時，從不願浪費金錢的伊麗莎白女王，下令遣散英國艦隊。
縱然伊麗莎白女王有過人的勇氣，但她仍不樂見兩國開戰：她天性不喜歡軍事上的榮耀，對於戰爭可能帶來的財政與生命損傷，她感到相當吃驚。若能透過外交手段解決的問題，她一定會選擇這樣的途徑，當然，一直到無敵艦隊真的出港以前，她一定會持續追求和平解決的方法。
因為女王仍然相當氣憤，因此並未邀請萊斯特伯爵赴宮中過聖誕節，到了一月，萊斯特伯爵依然沒有收到女王的音訊時，他只好寫信哀求女王「用陛下那仁慈寬厚的眼睛，看看可憐又苦命的我」。而當萊斯特伯爵知道，當巴克赫斯特勳爵（Lord Buckhurst）提出要他為荷蘭戰爭執行不力一事面對質詢，但伊麗莎白女王卻拒絕時，又感到相當欣喜。
戰爭恐將成真，伊麗莎白女王因而召回萊斯特伯爵，在一五五八年的前幾個月中，儘管健康情形每況愈下，他仍一絲不苟地出席了樞密院會。萊斯特伯爵展現更甚於他人的態度，警告伊麗莎白女王，外交途徑不足矣：她應該更進一步地加強軍事實力。
到了四月，伊麗莎白女王下令額外翻修十二艘船，她的政府並負責著手開始針對女王的部隊進行密集訓練。德瑞克爵士傾向直接航向西班牙，破壞菲利普國王的船隻，但伊麗莎白女王擔心，在這最需要船隻的時期，她可能會因而遭到報復，使得船隻被破壞或遭竊，因此並不同意這麼做。同時，女王表示，若真的在海上發生衝突，也一定要在英國近海一帶進行，這樣才能讓海軍牢牢記得自己為何而戰。
伊麗莎白女王依然希望，兩國不需要走到戰爭這步田地。四月份時，她派遣前駐巴黎使節瓦倫泰·戴爾（Dr.Valentine Dale）與帕爾瑪公爵見面，希望求和。五月三十日，兩國代表見面討論和談相關事宜，就在同一天，西班牙無敵艦隊的一百三十艘船艦，搭載著三萬精兵，在麥地那·西都尼亞公爵（Duke of Medina Sidonia）的帶領下從里斯本出發前往英國。此時，英國艦隊已經進入備戰狀態，在普利茅斯待命。
在西班牙的船艦上，帶著數千份羅馬教皇對此戰役祝福的詔令，除了重申伊麗莎白女王遭到逐出教會外，甚至呼籲她的臣子們背棄她。這些詔令將在西班牙軍隊入侵後，在英國境內大肆散佈。但到了六月底時，當伊麗莎白女王的臣子們知道詔令存在的消息後，更進一步地展現出對女王的忠貞。
六月初，樞機主教威廉·亞倫發行了一份手冊，惡狠狠地攻訐了伊麗莎白女王，這本手冊名為《給英國貴族與平民的警告》。在手冊中，他將亨利八世形容為「伊麗莎白女王那讓世人信以為真的父親」，而伊麗莎白女王則是「近親相奸生下的雜種，生來就招致災禍，是無恥的妓女」。這樣的誹謗中傷，讓伊麗莎白女王感到氣憤又難過，因此她指示戴爾大使，以女王之名向帕爾瑪公爵鄭重提出抗議。但帕爾瑪公爵卻表示，自己還未看過亞倫發行的手冊，對於教皇的新詔令也一無所知。對於主公與伊麗莎白女王間交惡，他甚感遺憾，但身為軍人，他必須聽從命令。一直到七月八日，伊麗莎白女王仍不斷寫信給帕爾瑪公爵，詢問「有沒有邁向和平更合理的方法」，若有，她會毫不猶豫地接受。
「以我對耶穌基督的愛為誓，女王陛下，」海軍大臣信中寫道，「請您清醒，看看身旁那些可憎的陰謀，這都是為了對付女王陛下與陛下的王國，請您如其他威嚴的君主般，集合兵力捍衛自己。若女王陛下願意照做，就不需恐懼。若您不願聽信，大難就在眼前。」
七月十七日，伊麗莎白女王正式結束和談。
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西班牙艦隊的進程受到暴風雨的破壞，但到了七月十九日，西班牙人口中「所向披靡」的無敵艦隊，出現在利札德海岸，這是英國人第一次親眼所見。傳言中，德瑞克爵士當時正在普利茅斯玩英式橄欖球，但他堅持在前往禦敵之前，還有時間打完這場比賽。
當英國境內的烽火台燃起烽煙時，伊麗莎白女王於七月二十二日晚間，在裡奇蒙德宮接獲消息。接下來幾天，英國樞密院則必須在緊急時期召開每日會議。羅伯特·塞西爾對於女王沉著冷靜的反應，感到相當訝異：「看到女王陛下不慍不怒，展現出寬容的情操，許多人大感安慰。」她以相當激勵人心的話，向「矢言絕不輕饒這些他國入侵者，以慰英國民眾」的萊斯特伯爵做出保證。伊麗莎白女王冷靜的反應，主要是因為非常清楚她已經做了萬全的準備，讓英國有充分的實力擊退外侮，而英國皇家海軍擁有較小、較輕、較快的船隻，「在海面行進時吃水少又平穩」，引用霍華德勳爵查爾斯的說法，就是「所有基督教國家君主麾下最強盛的一支海軍」。
由女王親自執筆的代禱詞，在各教堂中大聲宣讀。宮廷中反而出現前所未有的平靜，因為在伊麗莎白女王的命令下，各派系之間的口角與仇恨都暫時拋在一邊。英國各地的子民們，帶著期待與憂慮的心情靜靜等待著。
沿著英國南岸前進，威嚴的無敵艦隊正朝向荷蘭前進，準備護送帕爾瑪公爵的軍隊前往英國。英國海軍則在普利茅斯嚴陣以待，多達一百五十艘戰艦，桅桿上皆飄揚著都鐸王朝白綠相間的旗幟。霍華德勳爵查爾斯中將擔任指揮並由海戰經驗十足的弗朗西斯·德瑞克爵士輔佐；查爾斯中將知道自己能成為軍事首領，是因為自己的地位，而非海戰成就，於是勇敢地宣佈，自己將「讓賢給更有經驗的人」。因此德瑞克爵士對霍華德勳爵展現出「忠誠又寬厚」的態度，於是「消除了對這個不確定的合作關係的疑慮」。
查爾斯中將的主艦是過去被稱為萊禮方舟的皇家方舟，前一年才由萊禮家族出售給女王。霍華德勳爵得到女王的授權，得以全權依照他的判斷與敵方交戰。但相反，菲利普國王卻寫下了相當瑣碎的——有些甚至是不合理的——指示，要麥地那·西都尼亞公爵參照。
七月十九日的夜裡，霍華德勳爵正式展開追擊無敵艦隊的任務。七月二十一日星期日，在普利茅斯附近的埃迪斯通，兩軍短兵相接，卻沒有任何決定性，兩天後又在多塞特郡外圍的波特蘭發生了更嚴重的一次衝突，這次造成多艘西班牙大型帆船嚴重受損，另外還有兩艘沉船，七月二十五日在威特島擱淺。英國皇家艦隊在無敵艦隊往東邁進的路上，屢次對其迎頭痛擊，恰好避免皇家海軍在遠離英國領海後，無敵艦隊船隻可能準備進行的突襲。
同時英國中部諸郡仍持續徵兵，而萊斯特伯爵則被欽點成為皇家軍團連隊總司令與海軍中尉，開始著手在泰晤士河口的蒂爾伯裡堡組織四千員精兵，鎮守在倫敦東方以對抗帕爾瑪公爵的進逼。他已經在河面上部署，阻擋船隻長驅直入。
伊麗莎白女王大膽地提出要求，表示自己想要到英國南部主掌徵兵事宜，並在帕爾瑪公爵踏上英國領土的那一刻與他對壘，女王這樣的突發奇想，嚇壞了參事們。為了轉移她的注意力，七月二十七日，萊斯特伯爵邀請她參觀蒂爾伯裡堡，對皇室軍隊「喊話」，並強調「親愛女王，你與所有基督教國家君主相同，擁有如此良好、忠誠、精良的手下」；他認為女王的安危就是神的恩賜，「女王就是這世界上，我們最高尚神聖的擁有，想起了女王，任何人都會感動不已」。
同一天，西班牙無敵艦隊在距離敦刻爾克不遠的加萊港下錨，此時帕爾瑪公爵正帶領一萬六千名精兵，等著跨越英吉利海峽。在附近的海域上，荷蘭艦隊不停巡防以抵抗西班牙無敵艦隊。
英國皇家艦隊跟著無敵艦隊的腳步來到了加萊港，在七月二十八日的夜間，下令由五艘「地獄火焰」，也就是載滿了木頭與瀝青的火燒船，直接衝撞巡防中的無敵艦隊帆船。結果西班牙海軍彷彿陷入地獄，強風助長火勢，導致恐慌與混亂，打散了西班牙無敵艦隊，破解了他們的新月陣隊形，且使他們在強風的阻擋下四處潰散。這樣也代表體積較小的英國艦隊，在衝突中有更公平較量的立基。這次奇襲的結果，西班牙方面的士氣大受打擊。
七月二十九日，在法國格拉夫林，麥地那·西都尼亞公爵英勇地重組了他的船隊，這個方法並不算失敗，接著兩軍就要進行最後的攻防。但英國皇家艦隊仗著數量較大，取得相當的優勢，大獲全勝。西班牙失去了十一艘船與兩千名士兵，英國卻只有五十五人陣亡。兩軍戰到彈盡糧絕後才結束了這場戰役。