卡第茲之役大勝後，伊麗莎白女王在歐洲的聲望更為提高，於是她也與社會大眾一起歡喜慶祝——威尼斯人稱她為「海之女王」——但讓她最掛心的不是軍事上的榮耀，而是財政負擔，因此當小艾賽克斯伯爵返回宮中時，女王的反應並不如他預期般雀躍稱許，不斷道謝；而是小心眼地問他花了多少錢，急切地想要知道她投入的資金「換得多大一筆收益」。小艾賽克斯伯爵只好承認女王早已料到的一切，「什麼也沒有」；事實上，大多數的錢都用來支付給手下了。伊麗莎白女王勃然大怒，表示她早就知道除了她以外，每個人都賺到錢了，最後仍不情不願地付了兩千英鎊薪水給他，並要求他之後得如實歸還。
讓她生氣的還不只是金錢問題。她也相當嫉妒小艾賽克斯伯爵的成功，以及成功為他自己在宮廷人士間帶來的人氣。她因此變得相當沒有安全感，畢竟小艾賽克斯伯爵是一個個性不穩定的人，在女王的許多敵人影響之下，讓他得到這麼高的支持度，可能造成許多危險。因此女王不同意讓他發行小冊子，描述他的英勇事跡，當部分人士建議發起全國性的感恩行動時，女王堅持只有倫敦得以慶祝。她無法忍受別人稱讚他，在樞密院會中甚至刻意貶抑他的軍事策略。
但小艾賽克斯伯爵全都承受。「我的命運多舛，難得安寧！」他寫信向安東尼·貝肯表示：「這些讓我難以消化的尖酸刻薄，就當作幽默吧！告訴你，身為女王親信帶給我的麻煩比榮耀多太多了。」當女王漸漸瞭解，她的艦隊兩手空空地返航並非小艾賽克斯伯爵的錯時，她的態度漸漸軟化。在一次樞密院會議中，儘管伯利男爵反對有人提議讓小艾賽克斯伯爵從卡第茲之役中得到應得的利益，但女王嚴厲地斥責他，吼道：「親愛的財政大臣，無論你是害怕還是愛戴，你對小艾賽克斯伯爵閣下的心意，都超越了我。你是個惡棍！是個懦夫！」伯利男爵早就經歷過女王這種突如其來的爆發，而女王的態度嚇不倒他，他向小艾賽克斯伯爵透露自己的處境左右為難，「日漸衰弱」。雖然最痛恨伯利男爵的安東尼·貝肯表示「感謝神！」，但小艾賽克斯伯爵仍寫信給他以表達憐憫之情。儘管如此，他過去與塞西爾家族的恩怨情仇再度浮上檯面，變成更加難解的課題；法國大使就發現：「這件事導致宮廷內鬥嚴重；只要是財政大臣那一側的人，就是小艾賽克斯伯爵派系的敵人。」
小艾賽克斯伯爵掌握了女王與樞密院，積極參與各式各樣的國家事務。英國全體臣民諂媚地視他為傳奇英雄的翻版，只要他在，身邊就會聚集許多人簇擁著他。這個時期有一名詩人形容他為「大英帝國的榮耀，世界的珍奇遺產」。這些奉承當然讓他沖昏了頭，弗朗西斯·貝肯於是勸他，盡可能地不要踩到皇室特權的界線，並向女王表達最誠摯的忠誠。並要他放棄追求軍事成就與派系鬥爭，投身於樞密院士應盡的義務，同時請求女王指派他擔任懸宕已久的掌璽大臣一職，如此一來，他便能得到「監督國務大臣的特定權力」。但小艾賽克斯伯爵變得比過往更衝動、固執，根本聽不進這些聰明睿智的諫言。儘管他宣稱自己除了「得到女王陛下仁慈的疼愛與侍奉女王有功的好名聲」以外，別無所求，但身為大名鼎鼎的征服者，又怎可能劃地自限，甘願擔任行政職務？
此時，菲利普國王正為卡第茲之役的挫敗氣得跳腳，於是宣佈要以「暴力手段」對英國展開報復，並下令增建船隻，盼能派出比一五八八年的無敵艦隊更龐大的海軍隊伍。
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連續三年，英國夏天都出現暴雨，導致農作物歉收與「饑荒」。食物價格高居不下，地方上出現不滿的聲音，甚至出現暴動。伊麗莎白女王下令要政府制定出緊急措施，提供食物給窮人，但這一年的冬天有許多人餓死街頭。政府宣佈週三與週五是飢餓日，要有錢人斷食，再將省下來的錢捐出來紓解當地饑荒。
遭到軍隊解雇的士兵與水手們，讓地方上的勞力市場擴張，剛好碰上貿易量大幅下滑，地方上的治安法官不斷反映許多地區都出現無業遊民組成的暴力集團。
此時約翰·哈林頓爵士再度失寵，這不只是因為他花心，還因為他寫了一本書，名為《大埃阿斯的形變》（The Metamorphosis of Ajax），這本書名一語雙關地點出他的全新發明——馬桶，又稱為「廁所」。他知道女王對於氣味非常敏感，於是他送給女王這本書，推薦女王將他的新發明安裝在裡奇蒙德宮。伊麗莎白女王因此而惱火，除了這本書在糞便學上描繪得太過詳細外，這本書用有點風趣又帶有誹謗意味的文字，點了幾位公眾人物的名，其中包括女王至今依然難以忘卻的萊斯特伯爵，也是箇中原因。女王拒絕賜予哈林頓爵士書本的發行權，但哈林頓爵士卻公然反抗她，一年內甚至出了三版，導致他再度被女王趕出宮去。
哈林頓爵士加入了愛爾蘭戰爭，並從愛爾蘭寫信給女王，請求女王的諒解。他的表親告訴他：「女王有意將你拉拔為親信，但她認定你會用她來寫諷刺短詩，進而影響整個宮廷。有人聽到她說：『這個搞不清楚狀況的小詩人，我的教子，若能恢復清醒，遠離女人、戲謔與愚蠢的念頭，才有資格回到格林尼治來。』」
預料到西班牙可能於是年夏天入侵，小艾賽克斯伯爵於一五九七年初向女王施壓，讓他再度外出征戰。儘管女王的態度開放，但對於該採取什麼樣的進攻策略與誰該擔任指揮官，都無法下定決心。
二月份時，小艾賽克斯伯爵稱自己生病，伊麗莎白女王趕忙前往他的病榻前。此舉治療效果奇佳，但接著又因為女王堅持要他與萊禮爵士一同指揮艦隊，他的病情又怪異地再度加重，兩星期以來，他一直躺在自己的房裡，伊麗莎白女王顯得十分激動，兩人發生爭執的宮廷傳聞不脛而走。女王宣佈「我要故意與他唱反調，挫挫他的銳氣」時，證實了這件傳聞。女王表示哈林頓爵士那固執難搞的個性，必定是遺傳自他的母親。
當女王再度拒絕指派他的朋友羅伯·西得尼爵士，登上五港同盟戰艦，反而將這個榮耀賜予他的仇敵科巴姆勳爵（Lord Cobham）時，小艾賽克斯伯爵更感光火。貝肯建議小艾賽克斯伯爵策略性地退出宮廷運作，因此他「迅速痊癒」，並表示要前往威爾士的領地。此舉讓女王派人去召喚他，「一切再度歸於平靜」，伊麗莎白女王總算同意，讓他成為「女王的陸軍與海軍」中將與准將，並封他為軍械統領。女王堅信不需要太多的花費，他一定能成就與卡第茲之役相同的勝利。
這次塞西爾家族也支持他的行動，小艾賽克斯伯爵拋棄了過去所有的妒忌，四月份時，邀請他們與萊禮爵士到艾賽克斯宅邸共進晚餐，餐間他們達成了共識，形成了以共同利益為基礎的友好關係。六月初，小艾賽克斯伯爵與塞西爾家族說服女王重新接納萊禮爵士。女王將華德萊禮爵士召喚到跟前，告訴他可能會恢復他皇家衛隊隊長一職，「讓他能一如往常地大膽踏入女王寢宮」。那天晚間，女王親切地邀請他一起出外騎馬，但他始終無法恢復女王往昔對他的寵信。
到了六月底，小艾賽克斯伯爵歡天喜地地離開了女王，起程前往海邊監督出航的最後準備工作。就在他要出發前的兩星期，兩人交換了情感滿溢的書信，不斷地互道珍重再見，小艾賽克斯伯爵稱她為「最親愛、最受人敬重的君主」，並告訴她：「言語也無法形容我的真心意，但我要向您高貴親愛的心懇求。我用盡心力只為了得到最高的仁慈與女王賜予的快樂。我對女王陛下的牽掛，比任何臣子對君主來得更多。」女王於是致贈禮物給他，為小艾賽克斯伯爵專屬的客艙打造了一幅女王繪像，並告訴他，若事情發展不如預期，他就該「記得只要盡了全力，就不用害怕被責怪，我們也不會嚴格地抨擊你」。小艾賽克斯伯爵感謝女王「恩賜一封信件，讓他感受到最神聖的靈氣」。
接著探子開始回報，西班牙船艦已經幾乎準備好可以出航，但英國天候狀況極差，連續四年的夏天都受到大雨與洪水的襲擊。七月十日英國艦隊正式出海後，英國南部一場強風狂吹了四天，英國艦隊被迫返港避難。看到遭強風破壞的宮殿，又聽見他人誤傳小艾賽克斯伯爵溺死的消息，導致她在見到小艾賽克斯伯爵以後鬆了一口氣，甚至掉下歡喜的眼淚。羅伯特·塞西爾於是寫信告訴他：「女王陛下現在希望我們大家都愛你，她每天晚上都一直讚許你，彷彿你是個天使。」
羅伯特·塞西爾也告訴小艾賽克斯伯爵，伊麗莎白女王如何與一位放肆無禮的波蘭大使應對，這位大使在人員眾多的謁見室中，以違反所有外交禮節的態度，用拉丁文對女王說了一長串威脅的話，「那種嘴臉是我這一生都沒見過的」。伊麗莎白女王憤而從王位上倏地起身，用完美、即席的拉丁文控訴他傲慢無禮的行為，這段演說簡直能成為英國鄉野傳奇，傳頌好幾個世紀。女王咬牙切齒地說，若他的主子同意他說的這些話，那他顯然是個新手國王，且他繼承王位的方式定是透過近來興起的選舉，而非血統。
「至於你，雖然我猜想你應該看了很多書來鞏固你的論點，但我猜你並沒有閱讀那些教你如何與君主及貴族交流的章節吧！」若他沒有外交豁免權，女王肯定以「其他的方法」來對付他。
女王接著轉向其他宮廷人士大喊：「該死的畜生，各位！今天我被迫使用我生疏已久的拉丁文。」但在場的全體人員爆出了敬佩的掌聲，當伊麗莎白女王向羅伯特·塞西爾表示她希望小艾賽克斯伯爵在場，聽著這場精彩的攻防時，羅伯特·塞西爾承諾會特地寫信告訴他。小艾賽克斯伯爵聞此消息，回復：「在我眼中，女王陛下完全符合古代人眼中真正的英雄該有的條件，那就是如黃金般珍貴的心與如黃銅般堅強的身體。」
到了八月，在強風中受損的船艦修復了，英國海軍艦隊再度出航前往西班牙，但又再度遇上強風，因此始終無法抵達無敵艦隊的大本營費羅爾。伊麗莎白女王告訴小艾賽克斯伯爵，他可以去搜羅一些西班牙寶物，但一直到他成功摧毀菲利普國王的艦隊後，他才告訴女王他接下來要遠行，去追尋西印度群島的寶物船。這完全不是女王派他出航的目的，女王冷冷地回道：「當我看到超越了正常狀態的東風令人欽佩的傑作，我就清楚地看見自己做了多麼愚蠢的決定。」同時，女王也警告他：「以月神之名，你可別大膽得再度越線，踐踏我們的寬容。你已帶給我巨大的痛苦，超過了我原本的預期。」她想要的，只是小艾賽克斯伯爵「平安返航」。
小艾賽克斯伯爵卻無視女王的警告，執意前往亞速爾群島。他在九月十五日抵達時，西班牙艦隊已經幾乎近在眼前，但他四處尋找他們的蹤跡時，他自己的船隊開始四散。萊禮爵士帶領的一支船隊停靠在法亞爾島，於是他擅自下令洗劫了一個小鎮，得手大量的財寶。小艾賽克斯伯爵因相形見絀而氣憤難平，於是指控萊禮爵士無視他的命令，因此在渴望榮耀與財富的想法之下，完全沒有考慮到自己手下的軍官，攻擊了法亞爾島。他甚至深切地考慮一位船長的建議，差點對萊禮爵士發起軍法審判並處決他。「就算他是我的朋友，我也不惜這麼做。」他狠狠地說。但有人勸服了萊禮爵士，讓他開口道歉，這件事就到此為止，但他的名望也受到了影響。
此時，小艾賽克斯伯爵衝動地決定要拿下聖米格島。但在決定全體艦隊轉向時，他損失了三小時的時間，因此錯過了一艘寶物船，讓它平安無事地載著三百五十萬英鎊的銀塊離開。若英國能挾持這艘船，菲利普國王肯定只能尋求和平之途，但小艾賽克斯伯爵卻錯失良機，在毫無選擇的情形下，只好再度空手回家。
一聽說小艾賽克斯伯爵的船艦正在偏遠的亞速爾群島，菲利普國王趕緊下令他的無敵艦隊出航，十月十三日時，小艾賽克斯伯爵正在返家的途中。一百四十艘大帆船正離開費羅爾，準備大舉入侵法爾茅斯，期盼能攔截並摧毀已無抵抗之力的英國戰艦。接著他們要佔領法爾茅斯，長驅直入倫敦。英國南部陷入警報之中，並準備好抵禦敵軍來襲，但到了十月底時正式傳來消息，指西班牙艦隊在費內·史特勒近海遭到暴風雨的襲擊，因而破損不堪、漂流四散。
這場天災讓早已病入膏肓的菲利普國王失望至極。他已經破產，人民對這些毫無建樹的戰爭相當質疑，此時的他也不得不面對，他所謂的「對英國的企圖」，可能永遠也不會實現了。
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十月二十六日，小艾賽克斯伯爵總算抵達普利茅斯，聽聞「西班牙船艦接近英國海岸」的消息讓他緊張不已；有些人在利札德海岸看見大帆船的蹤影。他趕緊重整旗鼓，出海禦敵，但他很快就發現危機過去了。當他回到宮中面對伊麗莎白女王時，「海島探險」失敗的消息早已臭名遠播，除了一路上挾持的幾艘商船外，他沒有什麼能獻給女王的禮物。更嚴重的是，因為他的愚蠢而讓英國面臨差點遭到敵人入侵的險境，伊麗莎白女王因此對他十分冷淡。
「我絕不允許英國海軍離開英吉利海峽。」她這樣告訴伯利男爵，她指責小艾賽克斯伯爵「讓敵人有餘力與膽量來侵略我們」。伊麗莎白女王生氣的原因，還包括儘管小艾賽克斯伯爵並未負起責任，但他的人氣依然不減。多數的人認為他只是運氣不佳，或是認為萊禮爵士才是海上探險任務失敗的主因。看來英國的英雄，永遠不可能是個無能之人。
小艾賽克斯伯爵相當氣憤：他無法理解女王為何對他如此嚴苛。「在神的允許之下，我們根本不算失敗。」他記錄下這樣的字句。「我們希望女王陛下能理解我們痛苦的日子、膽戰心驚的夜晚、惡劣的飲食條件，以及許多無法與結果相提並論的危險。」「那些安坐溫暖家中的人，怎能評論我們？」他完全沒有解釋自己的失敗，只是離開了宮廷回到溫斯特暗自哭泣，而女王也寫信給他。在沮喪之中，他回信給女王：
您讓我變成了一個陌生人。我寧願讓自己病重的身體與受創的心靈，尋找一個安靜的角落休息，也不願在您的身邊，卻只能與您距離遙遠。對我來說，寫下這些您不在乎、不想知道的事情，相當愚蠢。我的心一如往常，現在卻被刻薄的世道擊得體無完膚，過去只有美好能征服我的心。週日晚間，我正躺在床上，我想，我會在這裡將自己埋藏幾天。女王陛下的僕人，帶著受傷的心，儘管受到刻薄對待仍不改初衷的R.小艾賽克斯。
小艾賽克斯伯爵的缺席，也像過去一樣改變了女王的心。在與牛津伯爵深入地聊過小艾賽克斯伯爵的事情後，女王陛下寫信給他，詢問他的健康情形。接著她又寫了一封信，暗指原諒他的時機已經到了。
小艾賽克斯伯爵於是回信：
最親愛的女主公，您的仁慈與頻繁的來信，保全了一個病重得半死的男人，讓他再度重生。自從我第一次快樂地瞭解了愛的真諦後，便從未一天或任何一小時擺脫希望與妒忌的輪迴。若女王陛下能以體貼的心，支持懷著公正之愛的我，讓我遠離下一次的嚴苛責罵，我就很開心了。因此，懷抱著希冀，盼女王陛下成為您心目中最好的君主，我俯身親吻您美麗的手。
這一字一句打動了女王的心，伊麗莎白女王邀請小艾賽克斯伯爵於登基紀念日的慶祝大典返回宮中。但他卻不願意，因為聽說女王為感謝霍華德勳爵在對抗無敵艦隊與卡第茲之役中的貢獻而賜給他諾丁漢伯爵封號，小艾賽克斯伯爵的心中再度生出不滿情緒，儘管他是海軍大臣，但在宮廷中僅擁有騎士統領級別地位的他，依然比不上諾丁漢伯爵。妒忌不已的小艾賽克斯伯爵認為，卡第茲之役是他一個人的功勞，因此他向女王表示自己生了重病，無法離開溫斯特。這件事讓女王情緒極差，導致全宮廷都在祈禱小艾賽克斯伯爵趕緊回來，伯利男爵與得到新封號的霍華德勳爵都寫信要他快回，但僅是徒勞。
女王登基紀念日從此被稱為女王日，這一天就在小艾賽克斯伯爵缺席的情形下到來又過去。伯利男爵又寫了一封信給他，提醒小艾賽克斯伯爵，這是伊麗莎白女王登基四十週年的紀念日，霍華德勳爵也寫了一封信，裡面充滿了友情的力量。目前為止，小艾賽克斯伯爵自我放逐的念頭也開始動搖，於是回了信，表示若女王陛下願意邀請他回宮，他便願意回宮。但伊麗莎白女王已經受夠了，表示：「他的職權所在，包括他必須身在宮中；君主不需與臣子爭辯。」
女王拒絕繼續討論此事，表示自己公務繁忙，還要應付法國大使。亨利四世希望能讓法國、西班牙與英國達成基本的和平，因此派了特使馬利西的安德烈·修洛特-加龍省（Andre Hurault，Sieur de Maisse）來試探伊麗莎白女王的態度。但據傳菲利普國王打算於來年春天再派遣無敵艦隊來襲，因此伊麗莎白女王完全沒有打算要和談。雖然後來證實無敵艦隊的傳聞只是空穴來風，但女王仍保持表面的禮貌：先是為自己仍穿著睡衣[1]道歉，並表示因為臉上生了瘡而感到尷尬不已；她給了修洛特-加龍省特使一張凳子，並同意讓他覲見女王時全程戴著帽子。但她顯得有點心不在焉：「每次說話時總是不斷起身，對我說的話表現出不耐煩的樣子；她甚至抱怨壁爐的火焰讓她眼睛很酸，但事實上壁爐不只離她有六七尺遠，且前方正擋著一道厚重的簾子，但女王仍下令要人先把壁爐熄了。」她向修洛特-加龍省特使表示寧願站著接見他，接著故意補上一句，自己常常故意讓討人厭的特使站久一點，刺激他們。「她一起身我就起立了，」修洛特-加龍省特使的記錄中顯示，「她又坐下時，我也大方坐下。」
在另一次的會面中，伊麗莎白女王忽然指控菲利普國王十五次企圖謀害她。
「這個男人多麼愛我啊！」她笑出了聲，接著又歎了一口氣，表示很可惜兩人的宗教觀迥異。結果受害的是英國人民，而她對人民的愛，就如同他們對她的愛一般。若要她犧牲任何一點彼此的愛，她還寧願去死，但女王自認人生已經跨進棺材一半，因此也為民眾的未來擔憂。女王接著看到修洛特-加龍省特使拉長了臉，她又笑了。
「不！不！我想我還不會那麼快死！我還沒那麼老，馬利西的安德烈·修洛特-加龍省特使，沒像你想得那麼老。」女王想要討得一些讚美，因此表示很遺憾，特使見過這麼多偉大的君主，卻得要來看她這個愚蠢的老太婆。對於自己的舞蹈技巧與各種成就，她也顯得不屑一顧，「她因此給了我很多稱讚她的機會」。當他恰到好處地讚美女王的決策力與深謀遠慮的能力時，女王說「她對於世界上許多事情有基本的認知是很自然的，許多人都說她年輕……當有人稱讚她的美貌時，她表示雖然三十年前有這樣的傳言，但自己從來都不漂亮。不過她總是盡可能地提及自己的美麗」。
伊麗莎白女王的衣櫥讓修洛特-加龍省特使震驚不已。他意外發現女王擁有三千多件衣服。十二月十五日，她第二次覲見女王時，女王身穿意大利式銀色紗質服裝，邊緣還有寬版金色蕾絲裝飾。「袖口的V型開口剪裁還有紅色塔夫綢裝飾」，胸前的開口則露出了白色錦緞短外衣，裡面再穿著侍女的無袖寬鬆內衣，但它們全都開衩到腰部，「完全露出了她的胸線」，當然也暴露了「不少皺紋」。因尷尬而慌亂不安的修洛特-加龍省特使，在兩個小時的覲見對談行程中，完全不知道眼睛該看哪。每次只要看著伊麗莎白女王，他都覺得自己超出了禮儀的規範。更糟糕的是，女王一邊講話「會彷彿覺得太熱般，一邊用手拉開胸前的上衣」，結果修洛特-加龍省特使便能一路從她的上腹看到肚臍去。她也戴著「大紅色的假髮」，「兩束波浪大卷垂至她的肩膀」；假髮上更裝飾著珍珠、紅寶石與珍珠花冠。修洛特-加龍省特使認為，她只是要以殘存無幾的風韻來蠱惑他。「儘管她認為這樣能維護她的尊嚴」但「她的臉部看來十分蒼老：臉形又長又瘦，牙齒泛黃又不整齊，甚至缺了很多牙，因此她說話時常常含糊不清」。但「要看到身心都保養得這麼好、如此體力充沛的老婦人，還真是不容易」。