在伊麗莎白女王執政前期，天花異常猖獗，一五六年代初期甚至演變為大流行，彷彿要淘汰掉「老弱婦孺」一般：貝德福德伯爵夫人與數百位貴族都相繼患病。天花是種令人畏懼的疾病，除了威脅病患的生命外，病後痊癒的人外貌通常也都大受影響。托馬斯·倫道夫便形容天花的早期症狀為「頭部劇痛，胃腸不適與劇烈咳嗽」。
一五六二年十月十日，伊麗莎白女王開始感受到身體不適，當時她正在漢普頓宮中。她與當時許多人一樣，認為泡個熱水澡，然後到戶外走走就會好；但結果她反而感冒了。幾個小時內，她便因高燒只能臥病在床。
伯考特醫師（Dr.Burcot）是頗受敬重但脾氣暴躁的德國醫師，他被召入宮中醫治伊麗莎白女王。他診斷為天花，但伊麗莎白女王身上連一顆疹子都沒有，女王認為他不學無術，因而將他趕走。發疹情形被視為是天花大爆發的前兆，但卻一點也沒有，經過一天多的時間，女王高燒的情形加劇。十月十六日時，她已經病得非常嚴重了，首先是無力說話，接著更漸漸陷入無意識之中，這個狀況維持了將近二十四個小時。宮廷御醫擔心女王的末日將屆，緊急從倫敦召來了塞西爾。
隔天晚上，危機蟄伏，伊麗莎白女王恍恍惚惚地在意識邊緣彌留，英國樞密院緊急倉促地召開集會，對於繼位問題懸而未決，樞密院成員們都感到恐慌不已。若伊麗莎白女王如多數人所想般在此時離世，誰能接下英國王位呢？根據誇德拉大使的回報，接下來幾天，樞密院與顧問們進行緊急磋商，政界意見分歧：激進派的新教人士賞識凱瑟琳·格雷小姐，溫和派的新教團體則支持與女王血源甚遠的亨丁頓伯爵。剩下的人則希望由大法官來裁決。沒有任何人提及蘇格蘭女王瑪麗·斯圖亞特的名字。但畢竟政界並沒有任何共識，也暗示著未來將出現分歧與厄運。
就在英國皇室準備著手進行女王追思儀式的同時，亨斯頓勳爵說服了頑強抵抗的伯考特醫師——有人說他說服的籌碼是一把尖銳的短刃——再度為女王進行治療。他依據阿拉伯人最先採用，也是英國中世紀醫師加德斯登的約翰（John of Gaddesden）建議的治療方法，將女王包裹在紅色法蘭絨中，再讓她睡在火爐旁的草褥上，接著服下一劑醫師的特效藥。兩小時後，伊麗莎白女王奇跡般地恢復意識，甚至能開口說話。
宮廷顧問們憂心忡忡地聚集在她的病榻旁。此時她已經意識到自己病重，「死神緊緊地扼住了我，使我動彈不得，」隨後她向國會代表表示，接著，她最憂心的部分，就轉移到死後該如何維持政府運作。瀕死之際，她只能將一切寄托在她最相信的人身上，她下令宮廷顧問們指派羅伯特·達德利作英國護國公，每年可得兩萬英鎊的豐厚薪資。她也要求讓達德利的貼身隨從，就連睡眠時間都在達德利房中的坦沃斯（Tamworth），得到每年五百英鎊的退休金。過去直到現在，許多人都認為，女王此舉是為了封口，坦沃斯可能就是兩人每次幽會時的看門狗，然而伊麗莎白女王認為能扭轉定論，宣稱「儘管她一直深愛著羅伯特·達德利，但有神作為見證，兩人之間絕無見不得人的舉動」。她當時顯然認定自己即將面對最終審判，針對此事肯定不會說謊。
儘管宮廷顧問們對於她的命令感到憤怒，「但他們答應了她的任何要求」，因為她大限將至，沒有人想要與她爭論，讓她感到為難，但誇德拉大使表示：「她的願望不可能成真」。指定達德利為護國公只會引起政壇的權力鬥爭。
不久之後，伯考特醫師帶著一些藥來到伊麗莎白女王的寢宮，就在此時，伊麗莎白女王一邊呻吟著，一邊發現第一波天花發疹出現在手上。
「天降瘟疫！」伯考特醫師告訴充滿威嚴的病患。「哪一個比較好？手上長了疹子，還是要長在臉上，或甚至長在致命的心窩？」他告訴焦慮不已的宮廷顧問們，出疹是個好現象，代表最糟的狀況已經過去了。膿包很快會幹燥，接著形成痂皮然後褪去。
從那之後，樞密院與多數臣民皆深深地鬆了一口氣，伊麗莎白女王的健康情形大有進展——托馬斯·倫道夫留下她僅臥床六天的記錄——但死神之手曾那麼接近，心懷感激的臣子們甚至發行硬幣來紀念女王康復。對女王的生命與死神擦肩而過，「盲目的怒火與激烈的憎恨」如排山倒海而來，這樣的氣氛在和平穩定的政府與王位延續的不確定間一觸即發，甚至有引發內戰之勢。恐懼讓樞密院成員與國會議員們決心迫使女王盡早結婚，為國家生下一個繼承人，不再猶豫，也不要再有冗長無結果的追求關係與外交協商。
在她纏綿病榻期間，伊麗莎白女王堅持只讓她最寵愛的侍女貼近身邊，沒有人比她的好友，亨利·西得尼爵士的妻子與達德利的妹妹瑪莉·西得尼小姐更全心全意地照顧她。女王身上天花留下的麻子最終褪去時，瑪莉·西得尼小姐卻得了天花，而且留下十分醜陋的疤痕，以至於她從此未再於宮廷內現身。瑪莉·西得尼小姐生病期間亨利·西得尼爵士都在國外，後來他寫下：「當我前往紐海芬時，我留下她孑然一身，她是個美麗的淑女，至少在我眼中是最美的，當我總算回國，我發現天花侮辱了她的美貌，這都是因為她不斷地照顧女王陛下。而現在她只能被孤獨囚禁。」
伊麗莎白女王為瑪莉·西得尼小姐的悲劇感到遺憾不已，於是與她仍維持友好關係，她偶爾會在肯特郡的彭斯赫斯特莊園私下與她見面，這是西得尼家族鄉間的住所。女王也會在非常罕見的情形下，說動瑪莉·西得尼小姐前往皇宮，瑪莉·西得尼小姐會一直躲在房裡，而女王則放下所有皇室的慣例與禮儀，到她房裡找她。
至於差點成為英國統治者的達德利，在十月二十日這天，伊麗莎白女王才剛賜予他每年一千英鎊的退休金，同時終於將他拔擢為樞密院成員；為了維持和平，女王也將同樣的榮耀賜給他的對手諾福克公爵。儘管兩人之間的敵對關係一如往常地緊張，但現在在公開場合上，兩人都表現出「親密的樣子」。至於達德利，為了證明自己是個忠誠又勤奮的樞密院士，他終其一生都比他人還要勤於參與院會。
到了十月二十五日，伊麗莎白女王總算恢復處理日常政務，然而對於國會將對她提出的部分要求，她也瞭然於心：國內的氣氛與樞密院的態度，讓她無法忽視大眾的呼聲。因此她只好設法推遲國會開會的時間，但他的顧問們一點兒也不想忍受她的拖延政策。十一月時，她與之前曾追求她的阿倫德爾伯爵亨利·菲查倫發生了火爆衝突，她也因此憤怒淚流，他堅持己見，並堅持王位繼承權一事攸關全國利益，因此貴族們有權干涉。當月稍晚，伊麗莎白女王需要國會通過一筆預算，因此在毫無選擇的情形下只好召開國會。
* * *
當伊麗莎白女王第二任的國會於一五六二年一月十二日召開時，國會議員們早已決心就此解決英國王位繼承的棘手問題。在國會開議的儀式中，聖保羅大教堂司祭長亞利山德·諾瓦（Alexander Nowell，Dean of St.Paul』s），在達德利的命令下首先提及此事，指控女王不婚。
「就如瑪麗女王的婚姻對英格蘭造成的災難一般，現在伊麗莎白女王的婚姻問題，也造成一樣大的災難。若您的父母也有相同的想法，何來有您？」他這樣問女王，「嗚呼！我等從何而來？」此後，伊麗莎白女王對他再也沒好氣。
但上下議院的議員們卻一面倒地支持諾瓦，並且隨即決定上下議院聯手，要以委婉語氣的請願書上呈給女王陛下，呼籲她盡快成婚，或指定繼位者，「讓宮廷顧問們將擔驚受怕，或讓臣民感受到無盡的歡喜」。塞西爾非公開地支持這份請願書——「這個問題太過深入，是我無法觸及的範圍」，他記錄下這樣的心情，「但神給了一個恰到好處的時機！」
兩份請願書的用字遣詞皆謙卑，以伊麗莎白女王臥病期間對臣子們造成的恐慌為題，提醒她若未立繼承人便離世將可能造成問題：
恐怖的內戰、他國統治者的無情干涉，國內還可能有各派系野心勃勃的臣子叛亂暴動，貴族世家慘遭毒手，生靈塗炭，城鎮遭到燒殺擄掠，人民擁有的一切包括生命與財產都會受到影響，公民權利遭到剝奪，叛國與各種災禍將接踵而至。
臣等憂心國內異教派系，那異議不斷且心懷不軌的天主教徒。自諾曼人征服英國後，大英帝國就不曾出現後繼無以為定的景況。請女王陛下三思，若得後代子孫，將可帶來安穩、確定與愉快的生活，也足以消弭各種阻礙與疑慮。
伊麗莎白女王總是認定，她的婚姻大事和英國王位繼承問題與臣子們無關，是她的私人問題，但她無法失去國會的支持，因此只好訴諸模糊焦點與拖延戰術。在一月二十八日的晚膳過後，女王在懷特霍爾宮迴廊中接見了下議院代表。下議院議長單膝下跪呈上了下議院請願書，女王「以感謝的心情」接下請願書，接著發表了「一場完美的演說」，在演說中，女王允諾議長與議員們，自己對繼位人選問題的關心與外界一致，尤其自大病初癒以來更甚之。並借由透露自己自病癒以來，繼位問題便縈繞心頭不去，贏得臣子的憐憫。「我最重視的不只是自己的安危，當然還有你們。」
她告訴臣子們自己非常努力，扛起難忍的重大責任。臣子們要求她指定一位繼位者，但在經過審慎商議之前，她無法著手進行如此重要的問題，於是她寧願考慮選擇正確的接班人。若她的選擇引發內戰，臣子們都有失去性命的危險，「但我卻更可能賠上性命與靈魂，」她說自己的任何行為都得為神負責。
為接班一事請願並非臣子們的職責，女王如此勸說，但她能辨明出自愛與忠誠的人與那些挑撥離間的人之間的差異。她不想聽到臣子們談論她的身後事，畢竟她知道，自己一直都是個生死有命的凡人。她答應臣子們會多方採納意見，給臣子們一個交代。
「因此我向諸位保證，」她以此作結，「在我死後，你們將可能經歷許多繼任者，但再也不會有向我如此天生自然的國母了。」
兩天後，她又接見了帶著上議院請願書的代表，請願書中同樣敦促女王盡快成婚：「只要您願意大婚，找一位適合與之成婚的人選，盡快成婚。」就算她選了羅伯特·達德利，他們也認為，選他總比不結婚好。若她拒絕婚姻，他們便只能請求她指定繼位者，「畢竟統治者一死，法律隨之衰敗」。上議院的議員們都希望能盡快阻絕瑪麗·斯圖亞特的野心：「身為天生的英國人」，他們並不希望「在異邦統治者下俯首稱臣」，而瑪麗·斯圖亞特「是個陌生人，依據英國法律，並沒有接任英國王位之權」。曾經歷都鐸王朝四個統治者的拉爾夫·賽德勒爵士（Sir Ralph Sadler）就表示，若瑪麗·斯圖亞特統治英國，「就連路上的石板都會起而抗之」。
女王臉上明顯表現出不悅，並告訴上議院代表，她已經答應過下議院代表，而且她已經發現「許多窮忙的人，腦袋中不斷運轉著不切實際的想法與無謂的判斷」，但她期盼在如此重大的議題上，上議院有比強迫她更好的想法。要她結婚並非不可：「臣子們在她臉上看到的紋路並非皺紋，而是天花的遺毒，儘管她年紀大了點，神依然能如同聖依撒伯爾般，賜予她一個後裔，而議員們對於自己的提議最好深思熟慮，因為若她宣佈了接班人，英格蘭可能面臨流血命運。」
一開始，上下兩院被她展現的感激之情與雄辯的話術所蒙蔽，並沒有發現這是伊麗莎白女王再度拖延的詭計；他們深深相信，女王定會逐步解決婚姻與繼位問題，但事實上，她所說的話根本沒有任何效力。隨之而來的，是國會停止討論繼位問題，一直到二月十二日，下議院逐漸失去耐性，再度寫信給女王，提醒女王上下議院都在等待她的答案。但伊麗莎白女王只是在爭取時間，直到國會投票通過她的補助案。
此時，國會已然將焦點轉向其他議題，如通過法案保護一五五九年的聖公會法案。這些法案從各種面向延伸了英王最高權威，並對向羅馬教皇致敬與反對英國國教的人士予以懲罰。到了二月，宗教會議通過恢復亨利八世訂定的聖公會三十九條信條（取代愛德華六世的四十二條信條），將英國國教的基本教義奉為圭臬：最後在一五七一年由英國國會通過。
是年四月十日，英國國會進行了休會典禮，得到了補助後的女王出席了休會典禮，並給了國璽大臣尼可拉斯·貝肯爵士一封親筆信，裡面是她針對上下議院的請願回復的答案。因臣子們冒失的舉動而憤怒不已，伊麗莎白女王先前擬了兩份手稿，裡面表示上下議院上呈給她的是「兩大冊文章」，但後來她怒氣漸消，於是改掉了這些文字。最後她的親筆信是這樣的：
既然我已起誓並做出決定，若在座有人質疑我不想透過政治交易去過婚姻生活的決心（例如我的獨身主義），就請他們停止這樣的異議，你們必須相信那是錯誤的想法。那是我認為對喜歡獨處的女人最好的選擇，但我心裡也忖度這定不符他國貴族的標準。但若我改變自己的喜好迎合諸位，我就不可能有這樣的心思了。我僅盼此生能在寧靜中「安然逝去」，若無法得到諸位一絲的保證，就算我身後也是無法安寧。
就是這樣了。英國國會就在伊麗莎白女王形容為「沒有回答的答案」中休會了，這對議員們精心起草的請願書來說，是十分不滿意的答案。
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拒絕了瑪麗·斯圖亞特成為伊麗莎白女王的接班人，英國上議院議員們，等於是暗中支持凱瑟琳·格雷小姐作為下一任英國女王。她支持者眾多。凱瑟琳小姐與赫特福德郡勳爵自一五六一年八月起便一直在倫敦塔中，但他們並沒有受到任何不好的對待。凱瑟琳小姐的牢房中懸吊著華美的簾幕與繡帷，她生活舒適，房裡甚至還有土耳其地毯，她可以睡在堅固的床上，使用柔軟的羽毛床墊。她的每一餐都是在牢房中由人伺候，而且她還養了一隻寵物狗做伴。這一切的安排，女王全都知情，而且也都經過女王同意，但女王不知道看守凱瑟琳小姐的獄卒為了憐憫她和她的丈夫，讓這對年輕的戀人時時見面，甚至在夜裡還同睡在那張羽毛床上。
一五六二年秋天凱瑟琳小姐再度懷孕，在一五六三年二月生下了第二個兒子托馬斯。這件事當然逃不過伊麗莎白女王的法眼，女王怒火中燒，於是下令無論如何，不准凱瑟琳·格雷小姐和赫特福德郡勳爵再見面。兩人從此再也無緣相見，凱瑟琳小姐則將生命中的黃金年代，都用來為失去的愛哭泣。
赫特福德郡勳爵則被送交皇室法庭審理，他因「恣意摘取伊麗莎白皇室的處子血脈」被判有罪，甚至「一犯再犯」而加重其刑。他被判賠一萬五千英鎊，後下調為三千英鎊。至於愛德華·華納爵士（Sir Edward Warner），倫敦塔那位讓這對小情人不時見面的好心副官，則遭到瞭解雇。
夏日時分，倫敦塔中出現了黑死病疫情，女王將這對年輕夫婦送往鄉間，並派人嚴加看守，分別軟禁在不同處。至此事態已然明瞭，伊麗莎白女王顯然是將凱瑟琳·格雷小姐視為王位繼承人，然是年稍後，傳言凱瑟琳·格雷小姐密謀讓兩子合法化，消息一出，女王再度將姨甥女關回倫敦塔中，唯恐她成為叛亂者的目標。兩人血緣相近，凱瑟琳小姐又育有兩子，對伊麗莎白女王的王權造成非常大的威脅。此後凱瑟琳小姐便一直被囚禁在倫敦塔中，只能偶爾離開，短暫地在守衛陪同下返回薩福克郡，到克菲爾德宅邸副官的家中。赫特福德郡勳爵屢次可憐地要求能與她見面，卻總是遭到斷然拒絕。
凱瑟琳·格雷小姐一五六八年在克菲爾德宅中死於肺結核。女王出資為她在索爾茲伯裡大教堂舉辦喪禮，從此對赫特福德郡勳爵不再抱著怨恨，並讓他離開了倫敦塔。赫特福德郡勳爵之後至少再婚兩次，而且非常長壽。至於他與凱瑟琳小姐所出的兩個兒子，後來都由塞西爾負起教養之責，甚至與自己的孩子一同養育了一段時間。
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一五六三年二月，瑪麗·斯圖亞特也鬧出了醜聞，自從返回蘇格蘭後，她對法國便起了思鄉情懷，她僱用了一位年輕的法國人作為秘書，皮埃爾·德·沙特拉爾（Pierre de Chastelard）。瑪麗·斯圖亞特非常不智地展現了對這段畸戀的熱愛，這個小伙子隨即展開行動響應女主公的熱情，蘇格蘭貴族們早已妒忌他的影響力，後又在瑪麗·斯圖亞特的床上發現了他，這嚴重地影響了她的名譽。皮埃爾·德·沙特拉爾隨即遭到逮捕，於二月二十二日被處以極刑。
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伊麗莎白女王從天花病情中康復後，華威公爵安布洛斯·達德利帶領的精兵終於出發前往法國，成功奪下了紐海芬。然而在一五六三年三月，胡格諾教派領袖落網，加上吉斯公爵遭到謀殺後，凱瑟琳·梅迪奇總算結束了這次宗教衝突。這批英國精兵顯然成了冗員，但伊麗莎白女王依然撥款給他們，希望可以順利奪回加萊港，並要求他們繼續待在法國直到達成任務。只是法國恢復平靜後，天主教與新教便聯手轉向對抗英國入侵者，致使紐海芬遭到封鎖。英國的這支精兵中，竟然又出現嚴重黑死病疫情，嚴重削弱戰力。過了幾個月，圍城態勢不減，眼看奪回加萊港的希望更是渺茫。
就在此時，蘇格蘭女王瑪麗·斯圖亞特卻固執地要支持她那「親愛的姐妹、溫柔的表姑與朋友」，她抗拒了吉斯派系拉攏她的所有誘惑。十一月二日這一天，瑪麗·斯圖亞特寫信給伊麗莎白女王，表達對聽聞表姑康復感到鬆了一口氣，同時表示：「你那美麗的臉龐將依然完美無瑕。」瑪麗·斯圖亞特依然積極想見伊麗莎白女王，甚至更渴望表姑將她立為英國王位繼承人。伊麗莎白女王也執筆寫了一封文情並茂的信，表達對吉斯公爵之死的遺憾，在英國國會休會到四月後，伊麗莎白女王下令羈押約翰·黑爾斯（John Hales），這名律師寫了一本冊子嘲弄瑪麗·斯圖亞特對英國王位的覬覦，公開支持凱瑟琳·格雷小姐，並將冊子廣為流傳。伊麗莎白女王也暫時解除尼可拉斯·貝肯爵士的聖職。
蘇格蘭大使威廉·梅特蘭依然努力在為瑪麗·斯圖亞特爭取成為預立繼承人一事，然而伊麗莎白女王再清楚不過王位繼承權是棘手的問題。王位繼承權不是她能用來冊封他人的禮物，這是攸關英國法紀的權利，而且就如同我們所見，競爭者間誰呼聲最高也時有爭議。若要英國國會接受蘇格蘭女王瑪麗·斯圖亞特為伊麗莎白女王的繼承人，首先瑪麗·斯圖亞特就必須先表現出關心英國利益的態度，但她的婚姻關係到目前為止對此毫無幫助。伊麗莎白女王不住地向塞西爾抱怨，針對瑪麗·斯圖亞特與英國王位繼承權的問題，她彷彿「身在迷宮中」，根本不知道該選哪條路好，但塞西爾也無法安撫她。伊麗莎白女王非常清楚，瑪麗·斯圖亞特的天主教傾向，致使塞西爾完全無法信任她，然而塞西爾曾警告過她，若將這個表親完全從繼承權上除名，最後兩國只能走向戰爭這條路。塞西爾最不受歡迎的建議，就是要伊麗莎白女王盡快成婚。