公元五世紀的西羅馬帝國由於蠻族的入侵而進入衰落期。奧古斯丁逝世後，哲學迅速地衰落了。然而，就是這樣一個時期，卻大致決定了歐洲未來的發展方向：英吉利的入侵將不列顛變成了英格蘭，法蘭克的入侵使高盧變成了法蘭西，汪達爾的入侵讓西班牙變成了他們的名字，愛爾蘭人改信了基督教。此外，羅馬帝國中央集權的官僚政治被日耳曼王國繼承，而羅馬本身卻陷入危機之中，僅在教會裡才感受得到中央集權的威信。
在那個時期，哥特人是入侵羅馬帝國的最重要部分。起初，哥特人被東羅馬打敗，只好把目標轉向意大利。在戴克裡先時代，他們成了羅馬的僱傭兵，學會了一般蠻族原本不會的戰略戰術。公元410年，哥特人洗劫了羅馬城，公元476年徹底消滅了西羅馬。
在那個時期，入侵羅馬帝國的還有阿提拉率領的匈奴人。公元451年，匈奴人入侵高盧，被哥特人和羅馬人聯手打敗，此後他們轉攻意大利。不過，在阿提拉進軍羅馬之前，阿提拉突然死去了，之後匈奴人便一蹶不振了。
在此期間，教會內部發生了一場有關道成肉身的紛爭，主角是亞歷山大大主教區利羅和君士坦丁堡大主教聶斯脫裡。這場紛爭的結果是區利羅被尊為聖徒，而聶斯脫裡卻被斥為異端。區利羅是個狂熱分子，擁護神人一體論，身為大主教他曾數次煽動起屠殺猶太人的運動。區利羅之所以有很大的名聲，主要是因為他曾對一位名叫希帕提婭的貴婦人施加私刑。希帕提婭犯的罪過，僅僅是醉心於新柏拉圖哲學和研究數學。
聶斯脫裡認為，在基督裡有人位和神位。因此，他反對稱童貞少女為「神的母親」，他認為童貞少女只是基督的人位母親，而基督的神位（上帝）沒有母親。大體說來，蘇伊士河以東的教會贊同聶斯脫裡的主張，蘇伊士河以西的教會贊同區利羅的主張。雙方決定，在公元431年召開以弗所宗教會議解決分歧。然而，率先到會場的西方主教們反鎖了大門，將東方的主教們堵在門外。隨後，在區利羅的主持下，他們快速通過了擁護區利羅的決議。這就是聶斯脫裡被斥為異端的過程。然而，聶斯脫裡不但沒有放棄自己的主張，反而形成了在敘利亞和整個東方聲勢很大的聶斯脫裡教派。
區利羅逝世後，以弗所宗教會議陷入了與聶斯脫裡相反的另一個被稱為一性論的異端，主張基督只有一個本性。但他們的主張遭到了教皇利奧的反對。公元451年，在卡勒西頓召開了以教皇利奧牽頭的萬國基督教會議。這次會議確立了基督道成肉身的正統教義，明確詛咒一性論，確認基督存在於人性和神性的雙重本性之中。
哥特人征服意大利的行為並不代表羅馬文明的終止。在狄奧多里克統治時代，意大利和羅馬一樣，享有和平、民主和短暫的宗教自由。此外，狄奧多里克還任命執政官，延續羅馬法律和元老院制度。
公元523年，查士丁尼皇帝宣佈禁止阿里烏斯教派。作為阿利烏斯教徒的狄奧多里克為此極為惱怒。他認為，他的大臣也參與了這場陰謀。於是，他們監禁並處決了元老院議員波伊提烏。
在整個中世紀，波伊提烏受到了人們的傳誦和讚揚。他在獄中寫就的著作《哲學的慰藉》是一部純柏拉圖主義的書。雖然《哲學的慰藉》一書不能證明他是不是基督徒，但卻能證明他的異教哲學遠比基督教神學影響大。波伊提烏聲稱只有蘇格拉底、柏拉圖和亞里士多德才是真正的哲學家，他還聲稱，他追隨上帝是聽從了畢達哥拉斯的命令。在倫理觀念方面，波伊提烏有很多與斯多葛派吻合的地方。波伊提烏說，不完善就是缺陷，也代表著存在一種完善的原形。
《哲學的慰藉》一書中絲毫沒有迷信和病態的跡象，也沒有過分強求遙不可及的事物的傾向，呈現的是一種只有純哲學才有的寧靜，這種寧靜出自被判死刑的波伊提烏之手是令人讚歎的。
正在教授哲學的波伊提烏古。羅馬晚期的政治家、哲學家、作家，曾任東哥特王國的執政官。其哲學糅合了基督教神學、柏拉圖主義、新柏拉圖主義、亞里士多德等學說
儘管狄奧多里克處死了波伊提烏，但他們始終是朋友。波伊提烏曾經受命為狄奧多里克改革幣制，加上他淵博的學識和對公益的熱忱，他足以成為當代絕無僅有的人物，即使在其他任何一個時代，他都稱得上是一個偉大的人物。
狄奧多里克在下令處死波伊提烏的第二年也死了，一年後查士丁尼即位。在查士丁尼漫長的統治生涯中，他做了許多壞事，也做了一些好事。作為一個極其虔誠的人，查士丁尼在即位後不久就關閉了異教領導下的哲學學校。公元532年，查士丁尼建造了聖索菲亞大教堂，這是一件更值得稱讚的功績。
為了收復西羅馬帝國的故土，查士丁尼於公元535年進軍意大利，在最初取得了勝利，此後哥特人捲土重來，雙方互有勝負，這場戰爭因此持續了18年之久。在此期間，羅馬和意大利遭受的洗劫已經遠遠超過了蠻族入侵的時期。
起初，查士丁尼的軍隊受到人們的熱烈歡迎，可是當人們發覺了拜占庭行政的腐敗和賦稅的沉重以後，他們竟然希望哥特人能打回來，趕走查士丁尼的軍隊。不過，由於查士丁尼信奉正統教義，因此自始至終都得到了羅馬教會的堅決支持。
公元568年，意大利遭到倫巴底人的侵犯。這場戰爭斷斷續續地持續了200年之久，在這個漫長的戰爭中，拜占庭逐漸失去了整個意大利。不過，至少拜占庭一直在名義上統治著羅馬，教皇對東羅馬帝國的皇帝也算恭敬。然而，隨著倫巴底人的不斷深入，在意大利的領土上，東羅馬帝國的皇帝們連名義上的權威也失去了。就在這個時期，意大利文明也毀滅了。