儒學結構無論表層或深層，在近代遇到的嚴重挑戰，如前所述，主要來自西方文化的衝擊。由於西方文化本身是與日常生活方式的改變（科技、現代工商業、小家庭、獨立的個體等等）具體聯結在一起，不但原有的儒學表層結構、綱常倫理、道德觀念沒法適應，而且嚴重侵蝕、瓦解著人們心中原有的深層結構。這一侵蝕、瓦解可以有不知不覺的形態（如趣味的變異、習慣的遷徙），也可以有自覺的激劇衝突的形態（如個體與家庭、權利與義務中的情—理的衝突和苦痛）。從而，所謂儒學命運便不但取決於表層結構能否對應近代西方科學、民主等挑戰，更取決於深層結構上現代西方以其深刻的個人主義、悲觀主義、反理性主義（如弗洛伊德學說、海德格爾哲學、基督教等等）迥然不同的精神、傳統和情理結構對華夏本土的文化心理發出了質詢、征討和否定。它們所否定的不只是表層結構的儒學學說，不只是那些倫常政教體制，而更是積澱在深層結構中以「儒」為主的「一個世界」觀的華夏傳統。用一句時髦的話，這是對中國「民族性」、「國民性」的挑戰。
從而，以「一個世界」為根基，以「樂感文化」、「實用理性」為特色的華夏文化心理結構，那種種重感性存在、重人際關係、重整體秩序等情感取向、思維趨勢，在今後是將走向逐漸泯滅、廢棄，還是保存和開展呢？這便是問題所在。當然會生發出各種不同的看法和意見，會產生各種不同的傾向和潮流。
西方文化對中國的挑戰，嚴格來說，可說始自十九世紀末的甲午、戊戌年間。以前西方的船堅炮利只轟破了中國的大門，從表層到深層，儒學地位和傳統並未受到影響。中日戰爭的失敗（1895年）才是真正的轉折點。儒學表層問題日益突出，三綱五倫受到懷疑。這時出現了三種思想傾向：張之洞的保守主義、譚嗣同的激進主義和康有為的自由主義。它們可說開二十世紀各派思想的先河。我在《再說西體中用》一文中對此已加論說，這裡不擬重複。簡單說來，如從結構方面看，保守主義的特點在於固守儒學雙層結構；激進主義的特點在於衝擊表層（五四運動否定「吃人禮教」是典型模式，「文革」也算一例）。兩者都忽視了深層問題。保守主義不認識不但表層結構在現代西方文明的優勢衝擊下將全面崩潰，而且深層結構也將隨現代生活方式的輸入而逐漸變遷，「保守」是守不住的。「正人心，端風俗」，正如今天的「學雷鋒，倡奉獻」，或倡導道德形而上學一樣，是不會有真正效果的。激進主義雖激烈衝擊表層，全盤否定儒學，卻未注意其自身即有儒學深層在起作用。胡適、魯迅雖激烈反儒，但他們的立身處世、待人接物，以及他們激烈反儒的本身，即有儒學深層作用在，並且還正好暴露了這一深層心理的優長與弱點：其優長方面即以「一個世界」為根基，雖高喊個體的自由與獨立，實際卻仍然愛家愛國，為國為民；弱點的方面即雖高喊理性精神、科學態度，卻仍然是「激情有餘，理性不足」，傳統的情理結構並未改變或分化。
從這裡也可以約略看到，儒學深層結構中可以繼承發揚的，是這種為國為民、積極入世的情理結構，但只能把它納入我所謂的「宗教性道德」（私德）之中，以引領個體的行為活動，而必須與共同遵循的「社會性道德」（公德）相區別。後者是以現代理性精神、契約原則為基礎的。這就是說，要注意區分理性與情感、公共道德與個人修養，雖照顧情理交融的傳統，但決不使其淹沒一切，氾濫無歸。與此同時，讓現代生活的理性體系和價值規範作為風俗習慣在日常生活中逐漸沉積，以改變原有積澱，為轉換性地創造新時代的深層結構而努力。這也就是我所主張的「自由主義」：以宣傳現代觀念為根本，以建立未來的人性為鵠的，通過教育，來逐漸既保存又改換傳統的情理深層結構。