哲學產生於問題，產生於希臘人對自然感到迷惑不解從而有了探索自然的衝動，產生於希臘人試圖按照自然本身的樣子而不是按照神話傳說來看待自然的要求。
為什麼希臘人在開始哲學思考的時候，首先以自然為認識的對象？
因為當希臘人開始哲學思考的時候，他們與自然還是一體的，認識自然也就是認識自己。從心理學的角度看，人類的認識活動是「由外而內」的：他先要認識外在的對象，然後才能把自己當作對像來認識。從認識論的角度看，認識需要有對象。人必須首先對像化自身，然後才能把自己當作對像來認識。另外，從樸素直觀的立場看，人無論如何不過是自然萬物中的一種存在物，因而古人從一開始就把自己看做是自然的一部分，所以通過認識自然來認識人自己，應該是合乎情理的。希臘人之所以把自然看做是大宇宙，把人看做是小宇宙，就是源於人與自然同質同構的道理。
由此可見，哲學產生於自然對人類來說成了問題。
亞里士多德曾經說過，求知是所有人的本性，人是由於好奇或驚異（thaumazein）而開始哲學思考的。在說明他的觀點的時候，亞里士多德所舉的例子都是自然的問題：「不論現在還是最初，人都是由於好奇而開始哲學思考，開始是對身邊所不懂的東西感到奇怪，繼而逐步前進，而對更重大的事情發生疑問，例如關於月象的變化，關於太陽和星辰的變化，以及萬物的生成」（注8：亞里士多德：《形而上學》，《亞里士多德全集》第七卷，第31頁。）。一個感到疑難和好奇的人便覺得自己無知，而一個為了擺脫無知而進行哲學思考的人顯然不是以某種實用性為目的的，他為了知識而追求知識。因此，也許一切知識都比哲學更有用處，但是惟有哲學是真正自由的學問。在某種意義上說，當希臘人產生了「為什麼」的疑問的時候，產生哲學的土壤就成熟了。一般說來，神話傳說和宗教是不問為什麼的，它們從來不需要合理的回答，它們本身就是一種自圓其說的對世界和自然的解釋，我們不用問也不能問「為什麼」。哲學和科學就不同了。
那麼，希臘人最初問的「為什麼」是什麼？
當希臘人開始用理性的目光看待自然的時候，在他們的面前就出現了一個四季交替、草木枯榮的奇特景象。於是，希臘人便產生了一個奇怪的問題：為什麼存在著的東西存在，而不是歸於虛無呢？他們問的這個問題很奇怪，即使是在今天，我們絕大多數的人都不會問這樣的問題。然而問題看起來很奇怪，但卻並不意味著沒有道理。希臘人之所以有此一問，是因為古人那種非常原始樸素的觀念。我們都知道，萬物有生必有死，因而存在著的東西一定會歸於虛無。然而，四季交替，草木枯榮的自然景象卻告訴我們，萬物有生有死，但是萬物聚合而成的自然卻沒有因為萬物的生滅變化而毀滅，而是對我們表現為一種永恆的循環。這就讓希臘人奇怪了：生滅變化的東西一定會變成沒有，一切東西都沒有了，自然本身也就沒有了。既然四季交替，草木枯榮，說明在生滅變化的萬物之中，存在著某種始終不變的東西，他們稱這個東西為萬物的「本原」。
於是，哲學的第一個概念就這樣產生了。
按照亞里士多德的經典定義，所謂「本原」（arche）就是萬物從它那裡來，毀滅之後又回到它那裡去，萬物生滅變化，惟獨它不變的東西。在希臘語中，arche有多種含義，其中最主要的有兩個，一個是開端，一個是主宰，因此這個概念曾經被翻譯為「始基」：既是開始又是基礎。希臘人正是用這個概念來表達既是開端又是主宰的東西。按照希臘人的樸素觀念，任何事物，如果開端隨著發展消失不見了，這個事物也一定會消失不見的。反之，永恆存在的自然一定是循環的輪迴，非如此不能解釋自然的永恆性。這就是說，開端並不因為是開端就消失不見了，它仍然存在著，並且主宰著整個發展的過程。所以在希臘人看來，真正原始古老的開端也就是萬物的主宰，這就是宇宙萬物的本原。
那麼，宇宙萬物的本原是什麼？當希臘人開始哲學思考的時候，世界和自然還沒有被劃分為本質與現象兩個方面，自然就是自然，自然是一個整體。雖然如此，區別還是有的，否則就不是哲學了。這個區別就是自然對我們表現出來的「結果」，與造成這些結果的「原因」。哲學家不同於神學家的地方就在於，他們不是以想像和幻想的方式，而是以理性認識的方式看待自然的，因而他們試圖以自然的東西說明自然，這就形成了希臘哲學的早期形態，即「自然哲學」，也被稱之為「宇宙論」或「宇宙生成論」。所以，在哲學的第一個問題，即「本原」的問題中，其實包含著兩個問題：一個是本原是什麼的問題，一個生成的原因問題，亦即使自然萬物運動變化的動力問題。對希臘人來說，哲學的工作就是發現自然中最古老的開端，亦即時間上在先的東西。人們曾經嘗試過不同的解釋：本原是水，本原是火，本原是氣……希臘人認為，自然是由水、火、土、氣四種元素組成的，哲學家的工作就是確定究竟哪一個是時間上在先的本原。
第一個提出並且試圖回答本原問題的哲學家，是米利都學派的泰勒斯。
顯然，哲學由日常生活中誕生，但是又不同於日常生活。哲學家所說的水、火、土、氣，既是自然元素，又不完全是自然元素，而是哲學的概念。以哲學始祖泰勒斯為例。泰勒斯（Thales）是希臘七賢之一，希臘最早的哲學學派伊奧尼亞地區米利都學派的創始人，由於年代久遠，生卒不詳。當時希臘人對古人有一種推算年齡的術語，叫做「盛年」（akme），這個概念的原義是最高點、極盛期、開花的時期。在希臘人看來，一個人通常在40歲時應該出成果了，就像我們所說的「三十而立」。泰勒斯的盛年被定在公元前585年，因為據說他預言了這一年的日食。從柏拉圖和亞里士多德的時代開始，人們就尊稱泰勒斯為哲學的始祖，有兩件傳聞逸事表明他的確當之無愧。
一件事是有一天泰勒斯兩眼向上專注於觀察天象，不留神掉到了溝裡，一位色雷斯女僕便嘲笑他連眼前的事都看不清楚，還想瞭解天上的事。另一件事是泰勒斯為了證明哲學家之所以貧窮並不是因為哲學無用，他根據自己的天文氣象知識預感橄欖會大豐收，於是買下了所有的搾油作坊，結果獲得了很大的利潤。把這兩件事聯繫在一起看，很有意思。從古至今的哲學家中有許多都是科學家，他們的智力水平超乎常人，他們都關注知識，但所關注的不是知識的實用性而是知識本身，他們尋求破解的不是具體事物的個別原因，而是所有事物的一般的共同原因。所以，他們骨子裡是哲學家而不是科學家，也不是神學家。一說到眼前的事情，哲學家們往往顯得笨拙迂腐，但要是一說起抽像思辨玄妙奧秘的事，他們便會滔滔不絕，那是他們的強項。如此說來，泰勒斯作為有記載以來第一個因為觀察天象而掉進溝裡的人，只此一項就可以被尊為哲學的始祖。
米利都學派有三位代表：泰勒斯、泰勒斯的學生阿那克西曼德（Anaximander，盛年約在公元前570年）和阿那克西曼德的學生阿那克西美尼（Anaximenes，盛年約在公元前546年）。實際上泰勒斯只留下了兩句話，而且還是「據說」。一句話是「大地浮在水上」，一句話「宇宙充滿了靈魂」。羅素對於一個初次學習哲學的人讀到泰勒斯的話時可能出現的情形做了生動的描述：人們都把哲學看做是高深莫測的神聖殿堂，然而當他們讀到泰勒斯的這兩句話時，不免有些洩氣，這兩句話實在是毫無深刻含義可言。順便說一句，讀哲學史最好不看羅素的《西方哲學史》。一般說來，大哲學家寫的哲學史往往受其哲學立場的限制，有太多的偏見，黑格爾算是個例外。因為黑格爾非常自覺地從哲學史而不是他自己的哲學出發來理解和論述哲學史的，這就使他成為了哲學史這門學科的創始人。
如果從字面上理解泰勒斯的這兩句話，那麼的確如此。然而我們必須記住，我們不能按照通常的方式來理解泰勒斯的這兩句話。所謂「大地浮在水上」的意思是說水是萬物的本原，雖然我們沒有充分的證據認為泰勒斯已經使用本原這個概念了，一般說來，泰勒斯的學生阿那克西曼德被認為是第一個使用本原概念的哲學家。那麼，泰勒斯為什麼用「水」而不是其他自然元素表示本原呢？亞里士多德有一些猜測，例如水是生成、生長的生命元素，水神是諸神中最古老的神等等。我們知道，在世界各大文明中不僅水神都是最古老的神，而且都有大洪水的傳說。當泰勒斯開始哲學思考的時候，他不可能完全擺脫宗教神話的影響，而且在某種意義上說，希臘神話也是哲學誕生的溫床。按照希臘人的觀念，人間的戰爭是諸神爭吵的結果，而諸神包括宙斯也不得不服從命運的支配。這就是說，在人間戰爭與諸神爭吵之間肯定存在著某種必然性的關係，但這種關係又不是直接的，不是肉眼能夠看得見的，所以在宗教神話中這種必然性被歸結為沒有道理可講的命運。於是在命運面前，宗教神話停步不前了，哲學家則開始了思考，他要尋求的是能夠說得清道得明，而且合乎道理的原因。因此，泰勒斯所說的水，並不是日常生活中我們喝的水，而是一個哲學概念。我們說過，當希臘人最初開始哲學思考的時候，他們還沒有一般性的普遍概念可用，只能使用日常生活中的感性事物來表示某種普遍一般的東西。對泰勒斯來說，水是一種自然元素而不是超自然的東西，而水的流動性、易變性、可塑性和生命原則等等，正是化生萬物的本原應該具有的基本特徵。
泰勒斯的另一句話是「宇宙充滿了靈魂」，因為在他看來，靈魂是一種活動的能力。這就涉及到了自然哲學或宇宙論的另一個問題：萬物週而復始，循環不已，究竟是由什麼推動的？後來阿那克西美尼認為本原是「氣」，實際上相當於把泰勒斯的這兩個命題合而為一了：在希臘人那裡，靈魂（psuche）的原義是「呼氣」、「呼吸」。本原是氣，是生命，或者靈魂，本原是活生生的有生命的，因而本原自身就包含著生成的動力。
泰勒斯用「水」來表示本原，體現了自然哲學家們的一個樸素的觀念：本原是無定形的（apeiron），阿那克西曼德就稱本原為「無定形」（apeiron）。我們說過，過去將apeiron譯作「無限」實際上把這個概念「現代化」了。在希臘語中，apeiron是「沒有」或「無」（a）「界限」、「規定」（peiras）的意思。萬物從一個東西即本原產生出來，生滅變化之後又回歸本原，因而自然原本是混沌（chaos），而後才分化萬物，而本原變化萬物但終歸還要回歸自身，所以本原是一切，但又什麼都不是，這就是「無定形」的含義。
在這一派哲學家中，赫拉克利特的思想最具有代表性。
赫拉克利特（Heracleitos，盛年約在公元前504—公元前501）出生於米利都以北的另一座商業城邦愛非斯，在當時就有「晦澀哲學家」之稱。赫拉克利特是他那個時代遺留殘篇最多的哲學家，有一百三十多條，他在哲學史上的重要地位以及對後世的影響，由此可見一斑。
赫拉克利特宣稱：「這個萬物自同的宇宙，既不是任何神，也不是任何人所創造的，它過去是、現在是、將來也是一團永恆的活生生的火，按照一定的分寸燃燒，按照一定分寸熄滅。」（注9：《古希臘哲學》，第37—38頁。）人們通常說赫拉克利特以火為宇宙萬物的本原，或許說他以火來體現本原的流變性更為恰當。因為在希臘人的水、火、土、氣四大元素中，火是最特殊的，它本身不是什麼，而是其他元素的燃燒。所以，火這個概念與「無定形」一樣，突出的是運動變化的永恆性。另外，雖然一切皆流，無物常住，一切都在變化，惟有變是不變的，但是變化也不是無跡可尋的，變化亦有一定的尺度，這個規範萬物運動變化的尺度就是邏各斯。
在赫拉克利特哲學中，最富特色和深意的重要概念就是這個「邏各斯」。
「邏各斯」（logos）在古希臘語中本是一個源於動詞lego（說）的普通名詞，基本含義是言說、話語，據此而派生出道理、理由、理性、考慮、比例、規則等許多其他的含義。漢語由於難以找到與之相應的概念，因而通常音譯為「邏各斯」，有時亦以老子的「道」譯之。在赫拉克利特那裡，邏各斯的含義很多，主要指萬物必須依據和遵守的尺度或比例、普遍原則或必然性，相當於我們所說的「規律」。早期希臘自然哲學從樸素的辯證法出發，斷定自然萬物均處在運動變化之中。然而，如果一切都處在運動變化之中，知識就沒有立足的依據。因此，赫拉克利特以邏各斯作為運動變化的尺度，亦即我們所說的規律，使知識有了確定性。邏各斯是西方哲學的一個重要概念，「邏輯」（logic）就是從它衍生出來的。《新約·約翰福音》一開篇就說「泰初有道」，「道」即邏各斯，所以又有「聖言」之說。
赫拉克利特哲學最顯著的特色是樸素的辯證法，黑格爾稱之為辯證法的奠基人，並且不無誇張地說：「沒有一個赫拉克利特的命題，我沒有納入我的邏輯學中。」（注10：黑格爾：《哲學史講演錄》，第一卷，第295頁，三聯書店，1956年。）赫拉克利特有關辯證法的殘篇很多，例如：「相反的力量造成和諧，就像弓與琴一樣」、「生與死、醒與睡、少與老是同一的」、「向上的路和向下的路是同一條」、「人不能兩次踏入同一條河流」、「我們踏入又不踏入同一條河流，我們存在又不存在」等等。（注11：參見《古希臘哲學》，第40—43頁。）當然，這些辯證法思想畢竟是樸素的、直觀的和單純論斷性的，而且具有相對主義的因素，這就為他的弟子克拉底魯對其思想的片面發揮留下了餘地，據說克拉底魯宣稱「人一次也不能踏入同一條河流」。另外，就「人不能兩次踏入同一條河流」這一命題而論，赫拉克利特似乎主要關注的是河流的變化，然而實際上踏入流動的河流的人也一樣處在運動變化之中，而這正是後來智者的思路。
然而，當哲學家們用「無定形」的本原來解釋自然萬物的流動和變化的時候，知識的問題卻越來越突出了。赫拉克利特認識到自然慣於隱藏自己，他對於人們能否認識邏各斯沒有把握。由於當時的哲學家都是通過經驗觀察來認識自然解釋自然的，而且「無定形」的「混沌」更是認識的障礙，所以當哲學家們爭論究竟什麼是無定形的本原時，另一些哲學家則認為本原必須是「有定形」的，即有規定性的，他們崇尚的是秩序，即cosmos。cosmos作為天體的秩序，或有秩序的天體，後來演變成了「宇宙」這個概念。這一派哲學家以畢達哥拉斯學派和愛利亞學派為代表，正是他們哲學家扭轉了哲學的方向，奠定了西方哲學的基礎。