儒墨兩家根本上不同之處，在於兩家哲學的方法不同，在於兩家的「邏輯」不同。《墨子·耕柱》篇有一條最形容得出這種不同之處。
葉公子高問政於仲尼，曰：「善為政者若之何？」仲尼對曰：「善為政者，遠者近之，而舊者新之。」(《論語》作「近者悅，遠者來。」)
子墨子聞之曰：「葉公子高未得其問也，仲尼亦未得其所以對也。葉公子高豈不知善為政者之遠者近之而舊者新之哉？問所以為之若之何也。……」
這就是儒墨的大區別，孔子所說是一種理想的目的，墨子所要的是一個「所以為之若之何」的進行方法。孔子說的是一個「什麼」，墨子說的是一個「怎樣」，這是一個大分別。《公孟》篇又說：
子墨子問於儒者，曰：「何故為樂？」曰：「樂以為樂也。」子墨子曰：「子未我應也。今我問曰：『何故為室？』曰：『冬避寒焉，夏避署焉，室以為男女之別也。』則子告我為室之故矣。今我問曰：『何故為樂』曰：『樂以為樂也。』是猶曰：『何故為室？』曰：『室以為室也。』」
儒者說的還是一個「什麼」，墨子說的是一個「為什麼」。這又是一個大分別。
這兩種區別，皆極重要。儒家最愛提出一個極高的理想的標準，作為人生的目的，如論政治，定說「君君、臣臣、父父、子子」；或說「近者悅，遠者來」。這都是理想的目的，卻不是進行的方法。如人生哲學則高懸一個「止於至善」的目的，卻不講怎樣能使人止於至善。所說細目，如「為人君，止於仁；為人臣，止於敬；為人父，止於慈；為人子，止於孝；與國人交，止於信。」全不問為什麼為人子的要孝，為什麼為人臣的要敬；只說理想中的父子君臣朋友是該如此如此的。所以儒家的議論，總要偏向「動機」一方面。「動機」如俗話的「居心」。
孟子說的「君子之所以異於人者，以其存心也，君子以仁存心，以禮存心」。存心是行為的動機。《大學》說的誠意，也是動機。儒家只注意行為的動機，不注意行為的效果。推到了極端，便成董仲舒說的「正其誼不謀其利，明其道不計其功」。只說這事應該如此做，不問為什麼應該如此做。
墨子的方法，恰與此相反。墨子處處要問一個「為什麼」。例如造一所房子，先要問為什麼要造房子。知道了「為什麼」，方才可知道「怎樣做」。知道房子的用處是「冬避寒焉，夏避暑焉，室以為男女之別」，方才可以知道怎樣佈置構造始能避風雨寒暑，始能分別男女內外。人生的一切行為，都是如此。如今人講教育，上官下屬都說應該興教育，於是大家都去開學堂，招學生。大家都以為興教育就是辦學堂，辦學堂就是興教育，從不去問為什麼該興教育。因為不研究教育是為什麼的，所以辦學和視學的人也無從考究教育的優劣，更無從考究改良教育的方法。我去年回到內地，有人來說，我們村裡，該開一個學堂。我問他為什麼我們村裡該辦學堂呢？他說：某村某村都有學堂了，所以我們這裡也該開一個。這就是墨子說的「是猶曰：何故為室？曰：室以為室也」的理論。
墨子以為無論何種事物、制度、學說、觀念，都有一個「為什麼」。換言之，事事物物都有一個用處。知道那事物的用處，方才可以知道他的是非善惡。為什麼呢？因為事事物物既是為應用的，若不能應用，便失了那事那物的原意了，便應該改良了。例如墨子講「兼愛」，便說：
用而不可，雖我亦將非之。且焉有善而不可用者？(《兼愛》下)
這是說能應「用」的便是「善」的；「善」的能應「用」的。譬如我說這筆「好」，為什麼「好」呢？因為能中寫，所以「好」。又如我說這會場「好」，為什麼「好」呢？因為他能最合開會講演的用，所以「好」。這便是墨子的「應用主義」。
應用主義又可叫做「實利主義」。儒家說：「義也者，宜也。」宜即是「應該」。凡是應該如此做的，便是「義」。墨家說：「義，利也。」(《經上》篇。參看《非攻》下首段)便進一層說，說凡事如此做去便可有利的即是「義的」。因為如此做才有利，所以「應該」如此做。義所以為「宜」，正因其為「利」。
墨子的應用主義，所以容易被人誤會，都因為人把這「利」字「用」字解錯了。這「利」字並不是「財利」的利，這「用」也不是「財用」的用。墨子的「用」和「利」都只指人生行為而言。如今且讓他自己下應用主義的界說：
子墨子曰：「言足以遷行者常之，不足以遷行者勿常。不足以遷行而常之，是盪口也。」(《貴義》篇)
子墨子曰：「言足以復行者常之，不足以舉行者勿常。不足以舉行而常之，是盪口也。」(《耕柱》篇)
這兩條同一意思，遷字和舉字同意。《說文》說：「遷，登也。」《詩經》有「遷於喬木」，《易》有「君子以見善則遷」，皆是「升高」「進步」之意，和「舉」字「抬高」的意思正相同(後人不解「舉」字之義，故把「舉行」兩字連續，作一個動詞解。於是又誤改上一「舉」字為「復」字)。六個「行」字，都該讀去聲，是名詞，不是動詞。六個「常」字，都與「尚」字通用(俞樾解《老子》「道可道非常道」一章說如此)。「常」是「尊尚」的意思。這兩章的意思，是說無論什麼理論，什麼學說，須要能改良人生的行為，始可推尚。若不能增進人生的行為，便不值得推尚了。
墨子又說：
今瞽者曰：「鉅者，白也(俞雲，鉅當作豈。豈者皚之假字)。黔者，黑也。」雖明目者無以易之。兼白黑，使瞽取焉，不能知也。故我曰：「瞽不知白黑」者，非以其名也，以其取也。
今天下之君子之名仁也，雖禹湯無以易之。兼仁與不仁，而使天下之君子取焉，不能知也。故我曰：「天下之君子不知仁」者，非以其名也，亦以其取也。(《貴義》篇)
這話說得何等痛快？大凡天下人沒有不會說幾句仁義道德的話的，正如瞎子雖不曾見過白黑，也會說白黑的界說。須是到了實際上應用的時候，才知道口頭的界說是沒有用的。高談仁義道德的人，也是如此。甚至有許多道學先生一味高談王霸義利之辨，卻實在不能認得韭菜和麥的分別。有時分別義利，辨人毫芒，及事到臨頭，不是隨波逐流，便是手足無措。所以墨子說單知道幾個好聽的名詞，或幾句虛空的界說，算不得真「知識」。真「知識」在於能把這些觀念來應用。
這就是墨子哲學的根本方法。後來王陽明的「知行合一」說，與此說多相似之點。陽明說：「未有知而不行者。知而不行，只是未知。」很像上文所說「故我曰天下之君子不知仁者，非以其名也，亦以其取也」之意。但陽明與墨子有絕不同之處。陽明偏向「良知」一方面，故說：「爾那一點良知，是爾自家的準則。爾意念著處，他是便知是，非便知非。」墨子卻不然，他的是非的「準則」，不是心內的良知，乃是心外的實用。簡單說來，墨子是主張「義外」說的，陽明是主張「義內」說的(義外義內說，見《孟子·告子》篇)。陽明的「知行合一」說，只是要人實行良知所命令。墨子的「知行合一」說，只是要把所知的能否實行，來定所知的真假，把所知的能否應用來定所知的價值。這是兩人的根本區別。
墨子的根本方法，應用之處甚多，說得最暢快的，莫如《非攻》上篇。我且把這一篇妙文，抄來做我的「墨子哲學方法論」的結論罷。
今有一人，入人園圃，竊其桃李，眾聞則非之，上為政者得則罰之。此何也？以虧人自利也。至攘人犬豕雞豚者，其不義又甚入人園圃竊桃李。是何故也？以虧人愈多，其不仁茲甚，罪益厚。至入人欄廄，取人牛馬者，其不仁義又甚攘人犬豕雞豚。此何故也？以其虧人愈多。苟虧人愈多，其不仁茲甚，罪益厚。至殺不辜人也。扡其衣裘，取戈劍者，其不義又甚入人欄廄取人馬牛。此何故也？以其虧人愈多，苟虧人愈多，其不仁茲甚矣，罪益厚。當此天下之君子皆知而非之，謂之「不義」。今至大為「不義」攻國，則弗知非從而譽之，謂之「義」。此可謂知義與不義之別乎？殺一人，謂之不義，必有一死罪矣；若以此說往，殺十人，十重不義，必有十死罪矣；殺百人，百重不義，必有百死罪矣。當此，天下之君子皆知而非之，謂之「不義」。今至大為不義攻國，則弗知非，從而譽之，謂之「義」。情不知其不義也，故書其言以遺後世。若知其不義也，夫奚說書其不義以遺後世哉？今有人於此，少見黑曰黑，多見黑曰白，則以此人不知白黑之辯矣。少嘗苦曰苦，多嘗苦曰甘，則必以此人為不知甘苦之辯矣。今小為非則知而非之，大為非攻國，則不知非，從而譽之，謂之義。此可謂知義與不義之辯乎？是以知天下之君子辨義與不義之，亂也。