嗣聖元年（684年），武則天廢中宗，並清除唐室元老，打算自立為帝。這年九月，徐敬業在揚州起兵反對，駱賓王知道之後，馬上投奔徐敬業，成為他的僚屬。於是，在徐敬業的命令下，駱賓王寫了著名的《討武氏檄》。（即《代徐敬業傳檄天下文》）這篇文章傳到長安之後，據說武則天看到「入門見嫉，蛾眉不肯讓人；掩袖工讒，狐媚偏能惑主」的句子時，只是微微一笑，這種揭人隱私的文字，在武則天看來無異於潑婦罵街，是完全可以置之不理的。但是當讀到「一抔之土未干，六尺之孤安在」時，武則天改容詢問侍臣：「這是何人所作？」左右回答是駱賓王所作，武則天於是對宰相說：「你經常說現在野無遺賢，可是為什麼遺漏了這個人？」
這個故事頗有些類似於曹操賞識陳琳的故事。官渡之戰時，陳琳為袁紹起草罵曹操的檄文，語言犀利尖刻，讓曹阿瞞大為惱火。袁紹被擊敗之後，陳琳被曹操俘虜，曹操問：「你為什麼這樣辱罵我？」陳琳回答：「當時是箭在弦上，不得不發啊！」曹操大笑，原諒了陳琳。
駱賓王的運氣顯然沒有陳琳那麼好，徐敬業起兵剛剛兩個月，十一月，義軍與朝廷軍隊在揚州城下阿溪決戰，全軍覆沒。當晚，徐敬業與部下準備連夜奔赴潤州，逃往高麗，部下王那相反叛，將徐敬業等二十五人殺死，將頭顱獻給朝廷，駱賓王也在其中。（《資治通鑒》）可是，《朝野僉載》卻說駱賓王是投江而死，《新唐書》本傳則乾脆說他「亡命不知所之」。《本事詩》更是有鼻子有眼地說：當時義軍失敗，徐敬業和駱賓王逃亡。官軍主帥害怕失去匪首不好向朝廷交差，於是抓了兩個長相和他們相似的人殺了，把首級獻給朝廷。後來雖然知道他們的下落，但害怕被追究欺君之罪，於是也不敢抓捕他們。徐敬業在衡山出家，九十多歲才去世。駱賓王也出家，遍游名山，後來去了靈隱寺。《本事詩》還記載了一個宋之問在靈隱寺得到駱賓王幫助寫出《靈隱寺》詩的故事。（參看《最要命的懲罰》）但是這個故事多半是虛構的，因為宋之問和駱賓王曾經是熟識的好友，駱賓王曾經寫過《在江南贈宋五之問》《在兗州餞宋五》贈給宋之問，因此，他們如果在靈隱寺相見，宋之問不可能不認識他。
也許，人們編造出這個故事，一來是出於對宋之問的鄙視，二來也是出於善良和同情，用這個虛構的故事聊以表達對駱賓王這個天才的隕落的遺憾。其實，這種故事並無存在的必要。因為詩人的生命與常人是不一樣的，他們將自己的情感和智慧融進了自己的作品裡，因此，他們的魂魄也就一直留在了這些美麗的詩句中。當後人翻開這些書頁，隨著這些詩句歡笑、喜悅、悲哀、哭泣的時候，詩人的影子就在詩句背後，注視著這些借助詩句的力量，與自己心靈相通的陌生人，詩人便在詩句中復活，在誦讀聲中復活。於是，詩人不死，或者說已經無關生死，因為，他們生存的那個世界有一個名字，叫永恆。