《惡之花》的主題是「惡」及其與人的關係。
波德萊爾把這本書獻給泰奧菲爾·戈蒂耶，其題辭曰：「我懷著最謙卑的心情，把這些病態的花獻給嚴謹的詩人，法蘭西文學完美的魔術師，我十分親愛的、十分尊敬的教師和朋友泰奧菲爾·戈蒂耶。」他還在一分清樣上註明，「病態的花」乃是「驚人之語」。這「病態的花」一語，揭出了《惡之花》的本意：這些花可能是悅人的、誘人的，然而它們是有病的，它們藉以生存的土地有病，滋養它們的水和空氣有病，它們開放的環境有病，質言之，社會有病，人有病。這裡的「病」，指的是自然和社會對人的敵視、腐蝕、束縛和局限，是善的對立面——惡，上帝的對立面——撒旦。
曾經有人對波德萊爾把詩獻給高唱「為藝術而藝術」的戈蒂耶有微詞，認為那是一種虛偽的姿態，企圖攀附當時文壇的名人；或者把他視為唯美派的門徒、形式主義的信奉者。其實，只要看到波德萊爾將戈蒂耶冠以「完美的魔術師」之稱，這種誤解便可渙然冰釋。他在戈蒂耶身上看重的是魔術師化腐朽為神奇的本領。他在論戈蒂耶的文章中明確指出：「醜惡（l』horrible）經過藝術的表現化而為美，帶有韻律和節奏的痛苦和精神充滿了一種平靜的快樂，這是藝術的奇妙特權之一。」這種「特權」，波德萊爾不曾放棄，也不曾濫用。社會以及人的精神上的物質上的罪惡、醜惡以及病態，經過他的點化，都成了藝術上具有美感的花朵，在不同的讀者群中，引起的或是「新的震顫」，或是善的感情，或是憤怒，或是厭惡，或是羞慚，或是恐懼。惡之花！病態的花！詩人喜歡這種令人驚訝的形象組合，他要刺激他所深惡痛絕的資產者的脆弱的神經，從而傾吐胸中的鬱悶和不平，感到一種報復的快樂。他寫賣淫、腐屍、骷髏，這正是資本主義世界中普遍存在的現象，可是資產階級的讀者卻虛偽地視而不見；他寫淒涼的晚景，朦朧的醉意，迷茫的濃霧，這正是巴黎郊區習見的場景，可是有人用五光十色、燈紅酒綠的巴黎掩蓋了它；他寫自己的憂鬱、孤獨、苦悶，這正是人們面對物質文明發達而精神世界崩潰的社會現象所共有的感觸，可是人們卻不自知，不願說或不敢說。詩人描寫了醜惡，而「虛偽的讀者」大驚小怪，要像雅弗一樣給赤身醉臥的挪亞蓋上一頂遮羞的袍子；詩人剖開了自己的心扉，而「虛偽的讀者」卻幸災樂禍，慶幸自己還沒有如此地卑劣；詩人發出了警告，而「虛偽的讀者」充耳不聞，還以為自己正走在光明的坦途上。總之，波德萊爾要把一個真實的世界——精神的世界和物質的世界——呈現在資產階級的面前，而不管他們是高興還是不高興，是接受還是不接受。
《惡之花》，正如波德萊爾所願，的確是一個「爆炸性的題目」。然而，這題目並不止於富有爆炸性，它還不乏神秘性。惡和花，這題目的兩部分這間的關係除了對立性之外，還有含混性。對立性使人生出驚訝感，於是而有爆炸性，含混性使人如臨歧路，於是而有神秘性。惡之花，可以被理解為「病態的花」，已如上述；也可以被理解為惡具有一種「奇特的美」，亦如上述；還可以被理解為惡中開放的花，有「出於污泥而不染」之意。這意味著惡是固有的，先在的，然而花可以從中吸收營養和水分，並且開放，也就是說，惡不是絕對的，其中仍有善在。詩人尋求直至認出、採擷惡之花，乃是於惡中挖掘希望，或將惡視為通向光明的必由之路。波德萊爾論城市題材畫家貢斯當丹·居伊，在羅列若干醜惡的形象之後，他寫道：「使這些形象珍貴並且神聖化的，是他們產生的無數的思想，這些思想一般地說是嚴峻的、陰鬱的。但是，如果偶爾有個冒失的人試圖在G先生的這些分散得幾乎到處都是的作品中找機會來滿足一種不健康的好奇心，那我要預先好心地告訴他，他在其中找不到什麼可以激起病態想像力的東西。他只會遇到不可避免的罪孽，也就是說，隱藏在黑暗中的魔鬼的目光或在煤氣燈下閃光的梅薩琳的肩膀；他只會遇到純粹的藝術，也就是說，惡的特殊美，醜惡的美……使這些形象具有特殊美的，是它們的道德的豐富性。它們富於啟發性，不過是殘酷的、粗暴的啟發性……」波德萊爾把惡看作是兩重的、複雜的，因此才可能開出美的花，具有「特殊美」的花。
波德萊爾對於惡的這種雙重的、甚至可以說是辨證的態度，使他筆下的惡呈現出異常複雜的面貌，也傳達出異常豐富的信息。
惡的化身是魔王撒旦，而魔王撒旦是上帝的敵人。《惡之花》通過對形形色色的惡的描繪和挖掘，揭露出撒旦對詩人的處境和命運的控制和影響，在揭露中表達了詩人對失去的天堂和離去的上帝的複雜矛盾的感情。因失去了天堂，詩人不得不在地獄中倘徉，化污泥為黃金，採擷惡之花，用美的追求來緩解生的痛苦，因上帝離去了，詩人不得不與撒旦為伍，對上帝的不滿變成對反叛的天使的讚頌，對上帝的懷抱的嚮往變成了對惡的鞭撻。惡之花就是病態的花，在肌體 （人的肉體和社會的機體）為病，在倫理（人的靈魂和社會的精神）則為惡，病惡詞雖殊而意相同。惡之花又是特殊的美，它蘊含著豐富的思想，給讀者以深刻的啟發，它那奇特甚至怪異的色香激發著讀者的想像，使之實現對於現實的超越。惡之花，既是詩人的精神之花，也是社會的現實之花。阿斯裡諾指出：「《惡之花》嗎？它寫的是：憂鬱，無可奈何的傷感，反抗精神，罪孽，淫蕩，虛偽，怯懦。」當然，《惡之花》中涉及到的社會和人的醜惡病態的東西遠不止這些，但令人感興趣的是，阿斯裡諾沒有忽略「反抗精神」。在傳統的觀念中，「反抗精神」意味著「在精神上犯上作亂」。精神上造反，這實際上代表了波德萊爾對待惡的根本態度，不啻是「惡之花」中的一朵最鮮艷耀眼的花。
我們可以這樣認為，波德萊爾所說的「惡的意識」的含義是：人的存在本身就是一種惡，人 （首先是詩人）要對這種惡有清醒的、冷靜的自覺和認識。波德萊爾曾經在《論〈危險的關係〉》一文中說：「自知的惡不像不自知的惡那樣可憎，而且更接近於消除。」他在散文詩《偽幣》中也寫道：「惡人永不得寬恕，然而自知作惡尚有可貴之處。」因此，波德萊爾要求的是，在惡中生活，但不被惡所吞噬，要用一種批判的眼光正視惡，認識惡，解剖惡，提煉惡之花，從中尋覓擺脫惡的控制和途徑。
在傳說中，惡化身為形形色色的妖魔鬼怪，加害於人，例如有化作美女腐蝕男人的淫鬼，有頑皮淘氣愛搞惡作劇的小妖精。波德萊爾承襲了一部分這樣的觀念，他的詩中有這樣的詞句：
是綠色的淫鬼和粉色的妖精，
用小瓶向你灑下愛情和恐怖？
—— 《病繆斯》
一群魔鬼歡歡喜喜，
在窗簾褶皺裡遊蕩。
—— 《殉道者》
但那些陰險的魔鬼也在四周
醒來，彷彿商人一樣昏腦昏頭，
飛跑去敲叩人家的屋簷、門窗。
—— 《薄暮冥冥》
或不自主地跳，如可憐的鈴鐺，
有一個無情的魔鬼吊在裡頭！
—— 《小老太婆》
這些形象都是從傳說中汲取的，立刻會「使人想到一切奉獻給惡的東西都肯定是長角的」，但是，波德萊爾沒有就此止步，他從中體驗到和認識到的惡更側重於人在精神上所受到的折磨和戕害，遠非通常意義上的恐怖，因而具有更深刻，更普遍的哲學含義。
波德萊爾認為惡控制和支配著人的行動，使之失去辨別的能力甚至願望：
是魔鬼牽著使我們活動的線！
……
—— 《告讀者》
這彷彿是說，人在世界上只是一具沒有生命、沒有意志、不能自主的木偶。然而不，他不是沒有生命，只是萎靡不振；他不是沒有意志，只是不夠堅強；他不是不能自主，只是這種願望不夠熱烈。他不能識別、也不能戰勝善於變化的魔鬼：
我們的意志是塊純淨的黃金，
卻被這位大化學家化作輕煙。
—— 《告讀者》
因此，人在惡的面前是無能為力的，他既不能逃避其誘惑，更不能抵抗其誘惑，甚至也不能察覺其誘惑。可憐的人啊，他完全是被動的。對此，波德萊爾自己有至深至切的感受：
魔鬼不停地在我的身邊蠢動，
像摸不著的空氣在周圍蕩漾；
我把它吞下，胸膛裡陣陣灼痛，
還充滿了永恆的、罪惡的慾望。
—— 《毀滅》
波德萊爾所以有這種切膚的感受，是因為他認為惡與生俱來，就在人的心中。他讚揚拜倫，因為拜倫的詩「放射出輝煌的、耀眼的光芒，照亮了人心中潛伏著的地獄」。因此，人的快樂，尤其是愛情的快樂，就成了惡的最肥沃的土壤。他在日記中曾寫守這樣的話：「愛情之唯一的、最高的快感就在於確信使對方痛苦。男人和女人生來就知道，一切快感都在痛苦之中。」相愛的人如此，就更不用說世間的各種色相了。
波德萊爾相信基督教的原罪說，認為人生而有罪，他的本性已經了墮落，他唯有頑強地與自己的本性作鬥爭，才有希望獲得拯救。在這種情況下，自然，即一切順乎本性的、未經人的努力改變過的東西，無論是自然界還是社會，無論是物質的還是精神的，對他來說，都是惡活動的領域或者結果。他說：「惡不勞而成，是天然的，前定的；善則是某種藝術的產物。」這裡的 「藝術」包含有「人工」、「人為」的意思。這種觀念來自古希臘的柏拉圖，但也與我國兩千多年前的荀子的觀點驚人地一致。《荀子·性惡》曰：「今之人性惡，必將待師法然後正，得禮儀然後治。」又曰：「然則人之性惡明矣，其善者偽也。」這裡的「偽」即「人為」之「為」。兩相比照，何其相似。由此可知，人性惡乃是古今中外相續相傳亦相通的一種觀念。然而，惡也並非一種絕對的消極，在波德萊爾看來，惡具有一種淨化的作用，是通向善的橋樑。他在《祝福》一詩中寫道：
感謝您，我的上帝，是您把痛苦
當作了聖藥療治我們的不潔，
當作了最精美最純粹的甘露，
讓強者準備享受神聖的快樂！
正如岱奧多·德·邦維爾所說：「痛苦！無論是他的，還是別人的，他都愛、都崇拜；他不掩蓋，也不否認，他把痛苦當作上帝給予我們贖罪的途徑來歌頌讚美。」實際上，波德萊爾「歌頌讚美」的，並不是惡本身，而是惡之花，是從惡中挖掘出來的美。所謂「惡之花」，就是「惡的意識」的藝術表現，從倫理學的角度看，就是高爾基所說的：「生活在惡之中，愛的卻是善。」
惡的問題是一個古老的命題，波德萊爾顯然不是最早談論惡的人，但他是最早明確地宣稱可以從惡中發掘出美的人。在作品中以惡為主題，描繪醜惡的形象，這並不是波德萊爾的專利，甚至也不是波德萊爾的特點。在他作為詩人活動的年代裡，就文學作品描寫死屍、墳墓等醜惡恐怖的形象來說，他要算是比較克制拘謹的一位，因為他關心善惡的問題。他否認美與善的一致性，唯美主義者也否認美與善的一致性，但是，後者的出發點是根本否認善惡的概念，而波德萊爾則是在善惡的觀念之上建立起他的惡之花園的。
因為波德萊爾把善惡之間的衝突作為他的詩歌創作的出發點，所以他表現出一種強烈的反抗性。他從不逃避現實，而是試圖用反抗來批判現實。整個一部《惡之花》就是一部戰鬥的記錄，只不過他是一個失敗者罷了，然而他並不是一個認輸的失敗者，他始終懷著失敗了再干的精神和勇氣。
總之，《惡之花》的基本思想是「惡的意識」，也就是說，詩人對惡的存在及其表現有一種清醒的認識和冷靜的態度，他不是被惡吞噬，在惡中打滾，高唱起惡的頌歌，而是用一種批判的眼光正視惡，認識惡，解剖惡，從中發掘出美。波德萊爾不甘心沉淪，不願與惡為伍，他在惡的包圍中嚮往著善和美。