明崇禎十七年(1644年)三月，李自成攻陷北京，陪都南京府部官員開始商議由誰來監理國家政事。五月十五日，督師風陽總兵馬士英聯合江北四總兵劉澤清、劉良佐、黃得功和高傑擁立朱由崧稱帝南京，是為南明政權或稱弘光政權。
當時，南明諸將以鎮守荊楚的左良玉實力最強。南明弘光二年(1645年)，左良玉以「清君側」的名義，發兵沿江東下九江，南明內戰開打。在清軍南侵，左良玉又順江內犯的形勢下，弘光帝召對群臣商討對策。刑部侍郎姚思孝、御史喬可聘、成友謙說：「左良玉稍緩，北尤急，乞無撤江北兵馬，固守淮、揚，控扼穎、壽。」弘光帝雖荒淫昏庸，卻也講出一句明白話：「左良玉應該不是真想反叛，還是以兵堅守淮揚抵擋清兵。」而馬士英聞言喝道：「北兵至，猶可議和。左良玉至，我君臣死無葬身之地。寧可君臣同死於清，不可死於左良玉手。」他隨後命令「有議守淮者斬」。
朝議之後，馬士英下令明軍皆從江淮沿線回撤，死保南京不被左軍攻破。江淮門戶空虛，任由清軍躍馬直前。不久，左良玉病死軍中，但是清軍已經突破虛弱的長江防線，兵臨南京城下。朱由崧逃往蕪湖，後被擒殺。馬士英奔浙江而去，京城文武官員數百名，軍士23萬開門投降。不久之後，左良玉的兒子左夢庚也率軍降清，南明的第一個王朝就此覆滅了。
在上述博弈中，馬士英的選擇有四：先攘外打清朝；先安內打左良玉；聯合左良玉打清朝；聯合清朝打左良玉。
在這四種策略中，先搞外，那麼就首先會受到清朝的攻擊。而此時另一對手左良玉就有兩種選擇，攻打馬士英或者按兵不動。選擇攻打馬士英的現實收益值最大，因為很容易就可以把馬士英給打敗；如果等到馬士英或者是清朝打敗了對方，那麼左良玉再去打的話，就有可能要冒很大的風險了，收益值很有可能就為負了。因此，按兵不動是左良玉的劣勢策略。按照博弈論的理性人的假設，左良玉肯定會選擇優勢策略，也就是打馬士英。那麼，馬士英就會兩面受敵，很容易給打敗，所以先攘外就成了馬士英的劣勢策略。
而如果馬士英先打左良玉，安定內部，那麼清朝就又獲得了主動權，它去打馬士英的話又變得很容易了。但清朝是馬士英和左良玉共同的敵人，它打馬士英時就必然要打左良玉，所以此時是馬士英和左良玉雙方都同時受損，收益值都得負，但比兩面受敵要好得多。
如果聯合左良玉打清朝，馬士英和左良玉雙方都獲益，收益值都為正，合作是雙方的優勢策略。如果聯合清朝打左良玉，馬士英得正，左良玉就為負了，因為左良玉被打敗的風險增加，這是馬士英的嚴格優勢策略。但是，這種策略對左良玉也成立，結果就是馬士英和左良玉都採取這種嚴格優勢策略，雙方客觀上都跟清朝聯合，結果雙方都受到損失。
個人理性與群體理性的矛盾，在這裡暴露無遺。
囚徒困境博弈的一個前提是博弈參與雙方都是完全理性的。理性的概念來源於經濟學中的理性人假設。所謂理性人，也就是一個只要求效用，也就是自身的利益最大化的人。效用是一個心理學上的詞語，它描述的是一個人從某事、某種活動或某種商品的消費中所獲得的自身的滿足程度，而博弈論就是指導人們實現效用最大化的手段。
傳統經濟學的鼻祖亞當‧斯密在其傳世經典《國民財富的性質和原因的研究》中這樣描述市場機制：「當個人在追求他自己的私利時，市場的看不見的手會導致最佳經濟後果。」這就是說，每個人的自利行為在「看不見的手」的指引下，追求自身利益最大化的同時也促進了社會公共利益的增長。也即自利會帶來互利。
這種以個體利益最大為目標的理性被稱為「個體理性」，而有完美的分析判斷能力和不會犯選擇行為的錯誤被稱為「完全理性」。完全理性包括追求最大利益的理性意識、分析推理能力、識別判斷能力、記憶能力和準確行為能力等多方面的完美表現，其中任何一方面不完美就不屬於完全理性。
傳統經濟學秉承了亞當‧斯密的思想，認為：人的經濟行為的根本動機是自利，每個人都有權追求自己的利益，沒有私利社會就不會進步，社會的財富是建立在對每個人自利權利的保護上的。因此經濟學不必擔心人們參與競爭的動力，只需關注如何讓每個求利者能夠自由參與盡可能展開公平競爭的市場機制。只要市場機制公正，自然會增進社會福利。
然而，囚徒困境模型動搖了傳統經濟學的理論基礎，帶來經濟學的重大革命。模型中的囚徒是完全理性的，因而也是完全自利的，因此絕對不會出現一個囚徒選擇「坦白」，而另一個囚徒選擇「抵賴」的局面；也不會出現同時「抵賴」的結果。這後兩種結果的無法實現，恰恰說明個人理性不能通過市場導致社會福利的最優。每一個參與者可以相信市場所提供的一切條件，但無法確信其他參與者是否能與自己一樣遵守市場規則。
囚徒困境揭示了個體理性的選擇與群體理性選擇之間的矛盾，從個體利益出發的行為往往不能實現團體的最大利益；同時也揭示了市場理性本身的內在矛盾，從個體理性出發的行為最終也不一定能真正實現個體的最大利益，甚至會得到相當差的結果。
從囚徒困境及其變形模型中，我們可以證明：在人們相互交往的過程中，每個行為主體的利己主義決策結果，可能是有效率的，也可能是無效率的，但多次重複這種決策肯定是低效率的。
趨利避害是社會人的本能，大至國家興亡，小至兄弟分家，都無法避開這種本能。「兄弟鬩於牆」與「外御其侮」矛盾，是所有聯盟參加者所面臨的共同困境。從個人理性的角度來說，因利而合、因利而分直到因利而鬥，都是不難理解的。