雖然已經提出了各種理論，但性偏好障礙的病因目前尚不清楚（Krueger＆Kaplan，2001）。在生物學方面，有幾項研究檢查了內分泌異常對產生性偏好障礙的作用，但沒有記錄性偏好障礙差異的數據（Krueger＆Kaplan，2001）。同樣，神經解剖學和神經化學的研究並沒有發現特定的大腦異常（Hucker et al.，1988；O』Carroll，1989，Tarter et al.，1983）。同樣，支持遺傳學在性偏好障礙發病中的作用的數據也很少（Krueger＆Kaplan，2001）。
在心理社會理論方面，普遍持有的觀點是，那些虐待兒童的人自己也曾受虐。然而，現有數據不支持這一論點。如果對虐待的估計是正確的，那麼10個兒童中就有1個在18歲前遭受過性虐，但這些孩子絕大多數不會發展為戀童症（Murphy＆Peters，1992）。研究告訴我們，有兒童受虐史並不是發展為戀童症的充分必要條件。在一個樣本中，28%的性罪犯稱其在兒童時有過被性虐待的歷史，與非犯罪的社區樣本相比較，後者只佔到10%（Hanson＆Slater，1988）。雖然有被虐史的性罪犯所佔的比例較高，但它仍然意味著幾乎3/4的性罪犯沒有兒童期被虐史。
有人提出行為條件反射理論解釋性偏好障礙的發展，但實證數據很少。例如，如果一個人從事性偏好障礙行為並獲得性釋放，那麼從事該行為可被強化並傾向於被重複。類似地，有人假設消極的家庭環境和被破壞的家庭結構有致病作用，但這些假設主要基於少數幾個支持數據很少的孤立病例的報告（Brotto＆Klein，2007）。