有一些關於GID的病因理論，但大多數都幾乎沒有實證數據的支持。在生物方面，一些激素的數據對這種障礙的形成提供了耐人尋味但非特異性的生物學證據。心理學理論則研究家庭的影響，尤其是親子關係。
1.生物學理論
神經解剖學的研究已確定了男女大腦的差異（Michel et al.，2001）。一項研究發現，男性易性症者的大腦尺寸和形狀與女性異性戀的大腦類似而不同於男性異性戀（Zhou et al.，1995）。但為什麼男性易性症者的大腦結構不同，這一原因目前尚不清楚，但可能是產前激素不平衡造成的。雖然這些研究結果是耐人尋味的，它們需要被多次驗證後才可以得出確切的結論。
可能造成GID的一種激素環境是先天性腎上腺皮質增生症（congenital adrenal hyperplasia,CAH）。患有CAH的男孩和女孩都缺少製造激素皮質醇和醛固酮所必要的酶，因此，身體產生過多的雄性激素，造成兩性過早和不恰當的男性性發育。患有CAH的女孩在出生時外陰性別不明，這種情況多出現於男性身上。隨著她們的成長，這些女孩逐漸發育出男性第二性徵如聲音低沉、出現面部毛髮。男孩早在兩三歲時即進入青春期。
除了身體上的差異，患有CAH的女孩比未患CAH的女孩更多地表現出跨性別角色的行為（Berenbaum et al.，2000；Cohen Bendahan et al.，2005；Zucker，2004）。她們確實隨著年齡增長變得更加女子氣，但一些患有CAH的成年女性（特別是症狀嚴重的）比未出現激素失調的女性對異性更少產生興趣而且女子氣更少（Hines et al.，2004；Long et al.，2004）。我們仍然不知道，CAH或任何其他激素不平衡是否會導致GID的出現。我們只知道這種情況會影響產前激素水平、身體性徵的發育和性別行為。理解CAH可以幫助我們理解女孩而不是男孩的GID發展。
2.心理學理論
精神分析學家假定，父母的拒絕可能對GID的發病起到一定的作用。例如，如果父母想要一個女孩，但他們卻生了個男孩（Sharma，2007），他們可能會拒絕這個兒子。這種拒絕可能會導致男孩使自己的行為方式像一個女孩，以此來取悅父母。儘管父母強化孩子的男子氣或女子氣行為會使這些行為出現頻率增加，但似乎單純強化並不影響性別認同。一個眾所周知的案例（Green＆Money，1969）表明，生物因素比環境因素的影響力更強。
約翰和他的弟弟是同卵雙生子，在他們的割禮儀式上，醫生不小心割掉了約翰的陰莖。通過和醫生的多次協商，約翰的父母同意將他作為女孩哺養，給他重新起了個名字叫簡。他的父母將簡當成女孩看待並給他女性穿戴。在青春期，簡被實施了女性激素重置治療以使其發展出女性第二性徵（乳房的發育）。儘管做了所有努力，簡從不視自己為一個女孩並對成人的這些努力表現出反叛行為。最終，在14歲時父母告訴了她真相。有意思的是，約翰回憶起他在二年級的時候就懷疑自己其實是個男孩。在成年期，約翰做了性別重置手術，以男性身份生活、結婚並收養了三個孩子（Diamond＆Sigmundson，1997）。然而這個故事並沒有一個幸福的結果，約翰患上了抑鬱症，2004年，他在39歲的時候自殺了。
約翰自殺原因不明，但可能包括他不尋常的童年經歷和具有抑鬱症的明顯家族史，約翰的母親和孿生弟弟都患有抑鬱症（Colapinto，2004）。他的孿生弟弟死於服用過量的抗抑鬱藥，約翰在他20多歲的時候曾兩次企圖自殺。雖然約翰的故事以悲劇結尾，它卻給我們提供了一個重要的見解：單靠環境因素並不能克服生物學因素而建立或改變對性別的認同。