精神障礙診斷系統通過對症狀分類對於臨床診斷、治療和研究都是必要的。然而，目前的診斷方法也有很大的局限性。首先，因為許多診斷分類需要一個人從長長的列表中具有指定數目的症狀（例如，在6項裡有至少4項才形成一個診斷），並不是每個有同樣診斷的人都會經歷相同的症狀。此外，大多數診斷分類不需要症狀與一個特定的病因（原因）相聯繫；因此，同一障礙的不同患者造成其障礙的原因也不同。最後，兩個有相同診斷的人不一定給予同樣的治療。
診斷分類也可能鼓勵對特定疾病的刻板印象。例如，設想一位年輕的女士有一個祖父，他被診斷出患有雙相情感障礙（見第6章）。他因公然過度消費、生活不檢點、誇大（一個誇大自己重要性的感覺）而有過幾次住院和治療。雖然他的孫女開始體驗不那麼極端的體征和症狀，她也許不願相信她有相同的障礙。在她心裡，她的症狀不符合雙相情感障礙的刻板印象或她看到的她祖父的行為。刻板印象的診斷還會造成醫生對患者的過早和不準確的假設並妨礙徹底的評估及綜合治療計劃的制訂（例如，對一位診斷為抑鬱症的患者開出抗抑鬱藥物而沒有足夠的評價其對使用非藥物治療來管理生活問題的需要）。同樣，為患者貼上某診斷的標籤可能導致自我實現的預言（例如，我有抑鬱症因此我將永遠不會像其他人那樣體驗享受）並產生影響個體工作或社會關係上功能良好的能力的標記（例如，誰會和一個抑鬱症的女人約會）。
對DSM的另一個批評是其分類系統可能反映一個時代的信仰或知識局限。一個很好的例子是同性戀在1974年以前的診斷中被歸為精神疾病。被歸類為一種精神障礙後，同性戀在本質上被定義為會導致痛苦和損害，應接受治療。這種分類充分描述了同性戀，使得同性戀者相信他們在精神上有什麼地方不對勁，並使一些考慮不周的人試圖改變他們的性取向。一旦有關同性戀的研究變得開放，實證證據並不支持同性戀是一種精神疾病或天生就與心理病理學有關。經投票多數同意，美國精神病學協會（APA）在DSM-III（1980）中以自我矛盾的同性戀取代了同性戀的診斷，指性取向不符合個人的基本信仰和人格。然而，心理健康專家批評這種新的診斷分類是一個妥協，旨在安撫那些仍然認為同性戀是病的精神病醫生（APA，2006）。1986年，同性戀診斷從DSM中被徹底刪除了。在當前版本DSM-IV-TR（APA，2000）中，唯一提到同性戀的地方是在分類「未在他處提及的性障礙」。這一類包括同性戀，其最明顯的特徵是關於個人性取向的持續和顯著的痛苦，這個類別仍然可能反映持續的恥辱。1992年，APA發表了如下聲明：
同性戀本身並不影響一個人的判斷力、情緒穩定、可依賴性以及總體的社會和工作能力，美國精神病學協會呼籲全球的衛生組織以及各國的精神病專家敦促所在國家取締有關懲罰彼此同意的私下成人同性戀行為的法律。除此之外，協會呼籲各組織和個人在任何可能的情形和場合下採取各種措施減弱同性戀者所面臨的恥辱。
對DSM最後一個批評是，它包括了太多的障礙，人類行為的正常變化由於被貼上診斷標籤而被過度醫療化了（見「研究熱點：有那麼多的障礙嗎」）。總的來說，儘管依靠對障礙的症狀進行分類的診斷系統為患者、臨床醫師和研究人員帶來實質的好處，但這些系統的局限性仍需要考慮。已有人提出了討論心理問題的替代系統，基於維度模型而不是絕對分類模型。
研究熱點 有那麼多的障礙嗎
最近一項由莫伊尼漢（Ray Moynihan）2006年4月1日發表在《英國醫學雜誌》（British Medical Journal）的研究（Moyni-han，2006）表示，「極端懶惰可能有醫學基礎」。作者稱這種新狀況為動機缺乏障礙（motivational deficiency disorder,MoD-eD），並描述其對日常生活的影響可能是致命的。其最嚴重的表現是它可能減少呼吸的動機。文章還討論了可能的藥物治療手段以及關於「普通懶惰」可能會被誤診為MoDeD的批評。此後不久，網絡博客開始討論MoD-eD。人們猜測自己是否有「符合診斷」的症狀並詢問到哪裡可以接受治療。新聞媒體迅速關注這項研究，並將其結果放在「每日健康」專欄的醒目位置。
儘管這篇設計巧妙的文章只是一個愚人節玩笑，而MoDeD最初被公眾認可突顯出一個更大的問題，即關於人類狀況的普遍社會概念。有那麼多的障礙嗎？有時我們是不是將人類功能的正常變化轉成了醫學或精神疾病？
從1952年到現在，DSM診斷分類的數量已經從106個擴大到297個了。我們是否在過去60年裡真的發現了那麼多新的精神障礙呢？在許多情況下，實證數據被用來修改、添加或刪除分類。在其他情況下，分類的修改很大程度上是基於參加DSM工作組的醫生們的共識。社會、政治和經濟變量可能也起了作用（例如，研製新藥治新病是有潛在經濟效益的）。儘管如此，為了確定各種「潛在的」診斷分類的有效性的研究還是需要的（例如，經前煩躁障礙、抑鬱型人格障礙）。什麼是使心理痛苦成為精神障礙的必要條件呢？
所有衛生保健專業人員都同意，在一個診斷分類被正式確立之前對其信度和效度的研究是非常重要的。更大的爭議是一些關於DSM-IV的批評（Chodoff，2002），認為我們需要明確的生物學標記以區分精神障礙和人類反應的正常變化。儘管一些研究正在進行，DSM-IV列出的大量障礙仍會基於「患者歷史的主觀清單」。研究的一個重要目標是，進行仔細控制的研究，以便更有意義地描述真正的心理疾病，如嚴重抑鬱症的症狀集群或類別，而不是將正常的人類情感如親人亡故後的悲傷當成病態。直到客觀標記（生物學的或其他）確定之前，我們必須小心防範MoDeD及其變種。