儘管行為遺傳工具能得出基因是否影響一個特定的特質或疾病，但無法確認20000～25000個基因中的哪個基因與該疾病有關。因此，若想真正確定風險基因，需進行分子水平的研究。分子遺傳學（molecular genetics）主要有三種研究方法：全基因組連鎖分析、候選基因關聯研究和一種稱為全基因組關聯研究的新技術（Slagboom＆Meulenbelt，2002；Wang et al.，2005）。全基因組連鎖分析（genomewide linkage analysis）能使研究人員縮小基因研究的範圍，即從整個基因組縮小到特定染色體的特定區域。進行一次連鎖分析需要一個有多人患研究者所感興趣疾病的大家族，或者是一個「患者-親屬同胞對」（親屬對都患有該疾病）的大樣本。然後標記這些基因組，並找出不同於已知遺傳性預期的模式。
在候選基因關聯研究（candidate gene association study）中，將一個多人有某特定特質或疾病的大家族的某個或某些特定基因與一個與之相匹配但卻沒有該特質或疾病的群體的該特定基因進行比較。這種方法需預先選擇一組或幾組已知生物學特徵的基因。例如，我們知道抑鬱症可能和血清素有關，因此設計的候選基因研究要將患抑鬱症的大樣本中的一組或幾組血清素系統基因（實驗組）與沒有患病但在其他方面與實驗組相似的樣本的該基因（對照組）進行對比。如果發現患病組中基因存在的變異更普遍，就可以用這一證據表明該基因可能與這一疾病有關。總的來說，候選基因研究法剛出現時是非常令人興奮的，但其他研究小組常常無法重複驗證其結果。出於這一原因，單個基因的候選基因研究法不再成為一個更好、更有效的研究方法。
全基因組關聯研究（genomewide association study,GWAS）也需要使用大樣本實驗組和與之良好匹配的對照組。與一次只研究一組或幾組基因的候選基因研究法不同，全基因組關聯研究在同一研究中對散佈在基因組中的成千上萬可能的基因變異對進行關聯性檢測。這是全基因組關聯研究的關鍵優勢。候選基因研究需根據已知的生物學知識選擇基因或基因組，但全基因組關聯研究不需要，且進行基因組相對無偏搜索還能發現意想不到的新的基因關聯。基因組關聯研究已經開啟了治療許多疾病的前所未有的全新生物途徑。
對莫妮卡基因的研究不能成為確診抑鬱症的通常臨床評估的一部分。然而，某些研究者（通常在醫學院工作）可能會從事遺傳學和抑鬱症關係的研究，那麼像莫妮卡這樣的患者如果想參加的話，就可能需要提供血液樣本或口腔內側刮片，而這些樣本中都含有DNA。
小節回顧：
·我們可以從細胞或神經解剖學水平研究變態心理學，這些研究可以針對個體、群體或總體水平。
·從進化角度研究大腦時，從腦幹（控制基礎生物功能）到前腦（產生高級認知功能）的研究是理解精神疾病的有效途徑。
·在細胞水平進行變態心理學研究的新技術包括：腦成像（拍攝大腦圖像）、神經遞質（細胞間傳遞電信號的化學物質）的功能及相互關係研究和分子遺傳學（識別與臨床症狀相關聯的基因）。
·家族研究、雙生子研究和收養研究等行為遺傳方法，使我們能深入理解行為特質和精神障礙如何在家族中遺傳，以及哪種家族模式是由遺傳或環境決定。
·候選基因關聯研究、基因組連鎖分析和全基因組關聯研究能更直接地確定與實際行為特質和疾病相關聯的基因區域或者基因。
應用題 如果進行一項家族研究，並發現患病者親屬患某種特定精神疾病的概率是對照的未患病者的親屬患病率的3倍，為什麼還不能確定這種疾病的形成完全取決於遺傳？