我觀察到，神經可塑性痊癒分為以下階段。它們大多按照這裡介紹的順序出現，但也不一定始終如此；一些患者只需要完成部分階段即可痊癒，而另一些患者則必須完成所有的階段。
神經元和神經膠質整體細胞功能的修正。只有這個階段，並不是直接解決「問題」（即神經元彼此連接、溝通的專門能力），而是關注神經元的整體健康，以及神經元與其他細胞共同的功能。在許多大腦問題中，大腦「搭錯線」是因為神經元和神經膠質遭到了外源的干擾（如感染、重金屬毒素、殺蟲劑、藥物或食物過敏），或是資源（如某些礦物質）供應不足。在患者開始下面的階段之前，這些一般性的問題最好是得到糾正，才能讓患者收穫最大的效益。
在治療自閉症和學習障礙，降低癡呆症風險時，整體細胞修復階段尤其重要。它也適用於常見精神疾病。我曾見過，消除毒素、戒斷某些食物（如有些患者對糖和穀物過敏）之後，抑鬱症、雙相障礙和注意缺陷障礙患者取得了重大進展。
這些干預措施，有許多涉及神經膠質細胞，它們佔大腦所有細胞的85%。大腦外圍包著一道屏障，叫作血腦屏障，目的是保護大腦不受外物入侵。這道屏障沒有淋巴系統，而淋巴系統對免疫系統和身體其他部位的癒合都非常重要。血腦屏障靠小的「微膠質細胞」保護大腦不被生物體入侵，這也是大腦自我保護和癒合的一種獨特方式。膠質細胞還排出大腦產生的廢料，支持神經元。
以下四個階段都利用大腦的神經可塑能力，改變神經元的連接，改變它的「接線」。
神經刺激。在本書介紹的所有干預措施中，都需要對大腦細胞施加某種以能量為基礎的神經刺激。光、電、聲響、振動、運動和思想（打開某些回絡）都能提供神經刺激。神經刺激可幫助恢復受傷大腦裡的休眠回路，進入癒合過程的第二階段，改善嘈雜大腦自我調節、調製的能力，使之重獲內穩態。神經刺激的一些形式來自外部的刺激源，但另一些形式則是內源的。系統化地利用日常思想，就是刺激神經元的一種有效方式。
當我們想到特別的想法，大腦裡的特定網絡就「打開」，另一些則關閉。這個過程就是莫斯柯維茨慢性疼痛視覺想像療法（見第1章）的基礎。一旦相關回路因想法打開，它就啟動放電，接著血液流向該回路（這個過程可以通過監控大腦血液流動的掃瞄看出），補充能量供應。我相信，陶布的限制-誘導療法儘管是一種以運動為基礎的行為治療，但同樣包括了大量的蓄意努力和運動規劃，故此也有可能觸發一些建立在思考基礎上的神經刺激。（它還涉及最後一個階段，神經分化和學習。）佩珀的有意識行走，在大腦裡建立起了新回路，就是通過思考進行內部神經刺激的一個例子。神經刺激能有效地讓大腦做好建立新回路，克服現有回路習得性廢用的準備。大腦鍛煉，以及《重塑大腦，重塑人生》一書中介紹的形形色色精神鍛煉，都是內部神經刺激的形式。
神經調製。神經調製是有助於大腦自我痊癒的另一種內部方法。它迅速讓神經網絡在興奮和抑制之間恢復了平衡，平復了嘈雜的大腦。患有各種大腦問題的人不能恰當地調節感覺。他們往往對外界刺激過分敏感，或者過分鈍感。神經調製恢復其平衡。我們在第7章會看到，神經刺激可觸發神經調製，改善大腦的整體自我調節。
神經調製發揮作用的方法之一，是對兩套皮層下大腦系統採取措施，重置大腦整體喚起水平。
第一套皮層下系統是網狀激活系統（reticular activating system，RAS），它參與調解人的意識水平和整體喚起水平。網狀激活系統位於腦幹（脊髓和大腦底部之間的一個區域），並向上延伸至皮層的最高部分。它可以為大腦的其餘部分「充電」，調解睡眠-清醒週期。我會在接下來的章節裡介紹光、電、聲響、振動刺激是怎樣讓大腦有問題的患者（大多因為大腦出了狀況而精疲力竭、戰戰兢兢）開始深度睡眠，醒來時恢復狀態，建立更良好的睡眠週期。重置網狀激活系統，從根本上有助於大腦恢復能量供應，為進一步的治療奠定基礎。
神經調製發揮作用的第二套方式通過影響自主神經系統而實現。數百萬年的進化為人類配備了「預設程序」，即自動的、無意識的神經系統反應，好讓人類應對大自然的緊急狀況，比如鱷魚突然發起攻擊，而你來不及思考。這些現成的自動反應建立在自主神經系統裡，之所以叫作自主，是因為人們認為它基本上是自動的，不受主動控制。
自主神經系統有兩個著名的分支。首先是交感神經的戰鬥或逃跑反應，它調動人的行動，讓血液湧向肌肉和心臟，好讓他抵擋天敵或危險的對手，或是逃跑。不管是戰還是逃，都需要消耗大量能量，以及新陳代謝的提升（為了即刻的需求立刻動用能量）。這套系統是專為眼前的生存而設計的，它關注的是人的有助於實現這一目的的活動，往往會抑制生長和痊癒過程。不少大腦出現問題或者有學習問題的患者，交感神經經常處在戰鬥或逃跑狀態，感到絕望、受到威脅、高度焦慮，因為他們跟不上事件的發展。麻煩的是，一個處在戰鬥或逃跑狀態下的人無法痊癒或學習，因為這種狀態令大腦難於改變。
第二個分支是副交感神經系統，它關閉交感神經系統，把人置入平靜狀態，便於其思考、反省。交感神經系統通常叫作戰鬥或逃跑系統，而副交感神經有時也叫休息-消化-修復系統。該系統接通時，會觸發大量促進生長、節約能量、增加睡眠的化學反應，為痊癒所必需。它還為細胞內的動力源，即線粒體重新充電（我會在第4章做詳細討論），另之重振。最後，也是特別重要的一點，哈佛大學的邁克爾·哈塞莫（Michael Hasselmo）和同事們最近所做的研究表明，關閉交感神經系統，似乎能改善大腦回路裡的信噪比。故此，打開副交感神經系統或許是平復嘈雜大腦的另一種途徑。本書中許多技術會打開副交感神經系統，關閉交感神經系統，能讓人迅速放鬆，為生長做準備。我們會在第8章瞭解到，副交感神經系統也開啟了「社會參與系統」，讓我們跟其他人連接起來，並使得他人撫慰、支持我們，幫助我們調節自己的神經系統。
神經放鬆。一旦戰鬥或逃跑反應關閉，大腦就可以積累、存儲能量，滿足恢復所需。人從主觀上鬆懈下來，很容易犯困。很多大腦出問題的人，都精疲力竭，睡眠糟糕。羅切斯特大學的麥肯·尼德戈德（Maiken Nedergaard）最近發現，在睡眠中，神經膠質會打開特殊通道，讓累積的廢棄物和毒素通過腦脊液排出大腦，清洗大腦的大部分地方。這種獨特的通道系統，在睡眠期間的活躍度比清醒狀態下高10倍。這有助於解釋為什麼睡眠不足會導致大腦功能退化：缺乏睡眠會讓大腦積累毒害物質。神經放鬆階段似乎能糾正這個問題，在某些情況下甚至可持續數周。
神經分化和學習。在這個最後階段，大腦處在休息的狀態，嘈雜的大腦已經得到調製，更加「安靜」，因為回路能夠自我調節了。患者得以重新專注，做好學習準備。學習是讓大腦做它最擅長的事情：做出最精細的區分或「分化」。針對學習障礙症患者的許多大腦鍛煉，還有那些以聆聽為基礎的療法，都涉及讓人對聲響做出非常精妙的區分。[1]
所有這些階段結合在一起，能促進最優量的神經可塑性變化，但接下來的每一章都將強調不同的狀態。第4章會把重點放在恢復一般性大腦細胞健康上，第8章的部分內容、附錄B會關注矩陣重整（Matrix Repatterning）。第6章強調神經放鬆。第7章強調神經刺激和神經調製，對大腦進行重置。第5章的重點是最後階段，分化。第8章介紹聲音，揭示上述所有階段的協同運作。
雖然大多數大腦損傷的患者必須在治療中逐一完成上述每一階段，但本書中提及的不少問題，也並非源自大腦損傷；恰恰相反，它們是要求患者建立起從未發展的回路。比如一些患者就只需要神經刺激和神經分化來建立新回路。另一些患者則能得益於若干種不同的干預方法。
在這種神經可塑性方法中，人的進步，從不僅僅依賴技術、疾病，或者問題本身。我們治療的不是疾病，而是人。從遺傳的角度看，再加上神經可塑性本身，沒有任何兩顆大腦一模一樣，大腦的問題或者損傷，也沒有完全相同的。一個人大腦整體健康，只是受了傷，跟一個人受了類似損傷，但卻長期接觸毒品、神經毒素，或者之前中過風，有嚴重心臟問題，兩者無從比較。受傷的位置也是關鍵：子彈擊中呼吸中心，能立刻讓人喪命，人根本沒時間「重新接線」；關注中心受破壞，或許會讓人難於進行大腦鍛煉。然而，神經學家伊恩·羅伯遜（Ian Robertson）指出，哪怕是注意力，有時也能夠通過神經可塑性加以訓練。
下一章要介紹一種觸發前三個階段的方法，當事患者非常機智，她自己琢磨出了觸發神經分化和學習階段的程序。