「心智程序」的概念由哈佛大學的認知科學家大衛·帕金斯（David Perkins）提出，指個體可以從記憶中提取出的規則、知識、程序和策略，以輔助決策判斷和問題解決過程[1]。根據「人腦-電腦」的類比，帕金斯使用這個概念以突出人腦「軟件」的重要性。如圖3-5所示，三重加工模型的每一層心智在執行操作時都必須以獲取知識為前提。反省心智不僅可以從常識結構中獲取信息，更為重要的是，它還可以獲取個體的觀點、信念和目標結構。算法心智可獲取認知操作的微策略以及產生行為和想法的系統規則。最後，自主心智不僅可以獲取經由進化過程編譯的封閉知識庫中的信息，還可以獲取經由過度學習或練習而進入到自主心智中的信息。
圖3-5 三重加工理論框架的知識結構
註：ENB＝封閉知識車庫（Encapsulated Knowledge Base），TCLI＝高度編譯的習得信息（Tightly Conpiled Learned Information）。
值得注意的是，圖3-5中列舉的知識庫和三重心智是一一對應的。算法心智和反省心智加工過程也接收來自於自主心智的計算指令（見圖3-4的箭頭E）。自主心智中供提取的心智程序，尤其是反省心智可以提取的心智程序在某種程度上是過去學習經驗的產物。此處與前面提到的卡特爾-霍恩-卡羅爾智力理論關係密切。反省心智獲取信息的知識庫所代表的是晶體智力（知識智力）。流體智力（加工過程智力）在圖中也有所體現，即算法心智的綜合計算能力，維持認知去耦能力就是綜合計算能力的一個重要例證。
晶體-流體智力理論是綜合性最強、科學效度最高的智力理論之一。晶體和流體智力怎麼會漏掉理性思維呢？弄清楚這個問題十分重要。毋庸置疑，流體智力與理性之間有著千絲萬縷的聯繫，因為它是算法心智維持去耦化計算能力的關鍵性衡量指標。由於壓制和模仿是理性思維的重要操作，因此，在有些情境中，優秀的流體智力一定可以促進個體採取理性行動。然而，發起壓制（見圖3-4中的箭頭B）和發起模擬活動（見圖3-4中的箭頭D）傾向都屬於智力測驗未涉及的反省心智。因此，評估流體智力的測驗會漏掉這些理性成分。
晶體智力的情況與流體智力有所不同。僅從理論的角度分析，許多理性思維的心智程序都可歸類於晶體智力。然而，智力測驗有沒有對這種晶體知識進行測量評估呢？很遺憾，沒有。理性思維的心智程序具有一定的專業性（這些心智程序多集中於概略推理、因果推理、科學推理領域，我將在後面的章節詳述）。然而，智力測試在評估個體的晶體知識時，為了保證測試的公平性，消弭不同知識背景受試者在接受測試時的優劣勢，會故意消除題目的專業性。為了達到這一目的，智力測驗的設計者將出題範圍擴大到詞彙、語言理解和常識領域。廣泛取樣確保了測驗的公正、無偏化，與此同時，這也意味著對理性來說至關重要的專門化知識庫未能得到評估。簡而言之，晶體智力的傳統評估手段不能用於測量理性的個體差異，流體智力的測量工具僅能通過間接方式對理性進行一定程度的測量。
通過上述關於心智程序的討論，我們已證實理性需要有三種不同的心理特徵。首先，需要具備算法心智層面的認知能力，以維持壓制和模擬活動。其次，反省心智必須需具備以下兩個特點：１發起對自主心智產生的劣質反應的壓制；２發起產生優化反應的模擬仿真。最後，在模擬活動過程中，可以獲取理性反應計算所需的心智程序。上述對理性思維和行為起決定性作用的3個特徵，智力測驗只評估了第一條。作為理性思維的測量工具，智力測驗遠不合格。