拉姆斯菲爾德曾告訴參議院軍事委員會：「這些事情發生在我的權責範圍之下，身為國防部長，我對它們有責任，我必須負起全部責任。」
人權觀察協會堅持認為，「基於『指揮官責任』的理由，拉姆斯菲爾德部長應為美軍在阿富汗、伊拉克和關塔那摩等地所犯的戰爭及刑求罪行接受調查。拉姆斯菲爾德部長由鑽取漏洞、藐視日內瓦公約而創造出犯下戰爭罪和刑求罪的條件。」他的做法是批准使用違反日內瓦公約及反刑求公約的訊問技術，他也允許隱藏被拘留者以便使國際紅十字委員會無法接觸到他們。人權觀察協會繼續指出：
從阿富汗戰爭的最初期開始，拉姆斯菲爾德部長就漠視各項簡報、國際紅十字委員會報告、人權報告及新聞報道中指出美軍犯下包括刑求在內之戰爭罪的事實。沒有證據顯示他曾運用其權威警告必須停止虐待囚犯之行為。要是他當時這麼做，或許可避免許多軍人犯罪。
拉姆斯菲爾德部長許可關塔那摩監獄使用非法訊問技術，一項調查將可判定在他撤銷不經他允許下使用這些技術的批准之前，這些非法訊問技術是否使該地被拘留者受至到非人待遇。這項調查行動也可查出是否正如新聞記者西莫·赫什宣稱，拉姆斯菲爾德部長曾核准一項秘密計劃，鼓勵對伊拉克囚犯施加身體壓制及性的羞辱。如果兩項指控中有一項為真，那麼拉姆斯菲爾德部長除了必須負起指揮官責任之外，他還必須為身為虐囚犯行的教唆者而負起責任。
拉姆斯菲爾德授權對關塔那摩監獄囚犯運用違反日內瓦公約及反刑求公約的各種訊問手段，這些方法後來又被引進位於阿富汗和伊拉克的軍事監獄。他曾針對被拘留者接受訊問前之預備工作做過多項指示，其中包括：壓迫性姿勢(如站姿)，最多為四小時，隔離狀態下使用，最長三十天。運送或訊問過程中可使用頭罩覆蓋住被拘留者頭部。剝奪光線及聲音。除去所有提供舒適之物品(包括宗教性物品)。強制修面(剔除面部毛髮之類)。除去衣物。利用拘留者個人的恐懼(例如怕狗)來造成壓力。在標準作業程序中還鼓勵讓被拘留者暴露於高溫、極冷、強光或尖銳巨大的聲音中。
在2003年的5月和7月(阿布格萊布虐囚事件被公開揭露前)，以及2004年的2月，國防部一再接獲來自國際紅十字委員會關於被拘留者受虐及刑求事件的警告。「國際紅十字委員會的報告指出數百件來自許多軍事基地的虐囚指控，並再三要求立即採取行動。這些關切都被置之不理，虐囚情形變本加厲，國際紅十字委員會的視察也被取消。在國際紅十字委員會2004年2月呈送給聯軍長官的機密報告中，提出多項違反聯軍拘留原則之「保護人的自由不受到剝奪」的事實指控：
·逮捕過程及拘留初期的殘酷待遇，經常造成死亡或重傷；
．訊問過程中為取得情報而強加身心壓制；
·長時間隔離監禁於毫無光線的牢房中；
·以過度或不符合比例原則方式運用武力導致拘留期間之傷亡。
加州大學柏克萊分校的新聞學教授馬克·丹納(Mark Danner)在他《刑求與真相：美國、阿布格萊布與反恐戰爭》(Torture and Truth：America，Abu Graib and the War On Terror)一書中回顧了所有相關記錄，並根據他詳細的調查結果做出一個結論，「當你閱讀這些檔案時會發現，國防部長拉姆斯菲爾德幾乎是親自許可了那些超出軍法容許範圍的作業程序，而就其所許可的囚犯待遇來說，作業程序也超出民法的容許範圍。」