大部分研究是採用功利主義的倫理模式，根據功利主義原則加權的實用標準來做倫理判斷。就像大多數心理學實驗一樣，我們的研究明顯是聽從這類模式。不過當權衡利弊得失時，應該納入什麼樣的元素加以考慮？該如何運用比例原則來加權得失？由誰來判斷？採取相對倫理立場的研究若期待被視為合乎倫理，這些都是必須面對的問題。某些問題目前已經得到暫時的解答，而解答乃是來自人類傳統智慧的基礎，也就是我們目前的知識水平、類似先例、社會共識、個別研究者的價值觀與敏感度，以及一個社會在特定時期的普遍覺醒程度。針對所有醫學和非醫學性質的人類研究，機構、獎助機構以及政府，都必須建立嚴格的指導原則和限制。
對社會科學家而言，造成倫理困境的關鍵在於：研究者必須衡量什麼是對社會和理論思考有所貢獻的研究時所必須採取的做法，以及照顧到實驗參與者的福祉和尊嚴必須有的考慮，研究者究竟該如何取得兩者間的平衡？研究者本身通常傾向為自己考慮，因而在天平兩端會偏向前者。然而外在的審核者，尤其是經費審核單位以及人體試驗委員會(institutional review board)則必定會站在弱勢的一方扮演人權監察專員的角色。儘管如此，外在審核者在決定是否允許特定實驗中出現欺騙、情緒騷動，或其他實驗中被允許的負面狀態時，也必須以「科學」和「社會」的整體利益為念。他們的決定是基於這樣的假設，也就是假設類似程序中產生的任何負面影響都只是暫時的，不可能持續到實驗以外。
接下來讓我們思考，這些相互競爭的利益在斯坦福監獄實驗中如何共存。
可能會有人爭辯斯坦福監獄實驗並不違反倫理，理由基於以下幾點：斯坦福大學的法律顧問曾受邀評估這項實驗並擬出一份「非正式同意」聲明，告知我們關於這項實驗的做法、安全性和保險必須滿足哪些要求才能許可實驗進行。而這份「非正式同意」聲明還經過每個實驗參與者簽字同意，聲明中有特別強調實驗期間實驗參與者的隱私可能會受到侵犯；囚犯們的伙食不會太豐盛，只夠填飽肚子，實驗參與者可能會失去部分人權，也可能受到一些騷擾。所有的人都被期待能盡力完成兩個禮拜的契約。學生健康中心也被事前知會研究中的可能突發狀況，開預先做好準備以因應任何可能的醫療需求。我們也曾尋求官方許可，開獲得來斯坦福監獄實驗研究贊助單位、斯坦福心理學系，以及斯坦福人體試驗委員會的書面許可。
除了由警方逮捕受試者的過程外，我們不曾欺騙過實驗參與者。此外我和我的工作人員也重複提醒獄卒不能以個人或集體方式對囚犯施加身體虐待，不過我們並沒有將禁令的範圍延伸到心理虐待的範圍。
另一個增加倫理議題評估複雜度的因素是：我們的囚犯是公開受到圈外人檢視的，而這些人原本都該是保護實驗參與者權益的。假想你是我們監獄裡的囚犯，你會希望由誰來擔任你的支持者呢？如果你無法為自己喊停，又是誰該幫你按下「離開」鍵？應該是看見你流淚的監獄牧師嗎？應該是你的父母、朋友、家人嗎？注意到你的情況每況愈下時，他們應該介入嗎？那麼多專業心理學家、研究生、秘書或是心理系職員，他們看過研究的實況錄像，參加過假釋委員會，曾經在訪談中或在處理虐待行為時跟參與者說過話，這麼多人中總該有一個人伸出援手吧！但事實是，沒有人這麼做！
沒錯，這些旁觀者全都消極地袖手旁觀。他們接受了我所制定的情境框架，因而變得盲目看不清真相。也許是因為模擬得太過真實，或是太過於注重角色的真實性，也可能是因為他們只關注實驗設計的一些枝節，表現得過分理智。再者，一些旁觀者看不到更嚴重的虐待事件，而參與者也不願向圈外人，甚至是好友、家人完全坦承。這可能是由於他們覺得尷尬、榮譽受損，或是感覺這麼做有失「男子氣概」。於是這麼多人來來去去，卻沒有人能看清真相並伸出援手。
最後我們只做對了一件事，就是辦了幾場事後的減壓解說會。我們不只在實驗結束後舉辦一場三小時的減壓解說會，也在後續的幾個場合，當大多數參與者都回來觀賞錄像帶及與研究相關的幻燈片時，又藉機舉辦了幾場。研究結論出來之後，我仍和大多數參與者保持互動數年，也寄了影印的文章、我的國會聽證資料、新聞剪報，或是通知他們一些即將播出的斯坦福監獄實驗相關電視節目。這些年來，有超過半打人曾和我一起參加全國性廣播節目，三十載過去，我仍然和其中少數人保持聯繫。
這些事後的減壓解說會之所以重要，是因為它們給參與者一個公開表達強烈感覺的機會，讓他們能夠對自己、對他們在特殊情境中的不尋常表現有新的瞭解。我們採取「壓力轉化法」，在解說會中開宗明義地告訴大家，在實驗中逐漸產生的影響或信念可能會繼續延續到實驗結束後，然後我強調，他們的作為只是這個被創造出來的監獄情境中的負面病症，並不代表他們的人格有病。我提醒他們，他們是經由精挑細選才脫穎而出，原因正因為他們是正常健康的人，而整個指派角色的過程完全是隨機進行。因此他們並沒有將任何病態影響帶入實驗中，相反地，實驗已經事先從他們身上排除了許多種病態的可能性。我也告訴他們，其他囚犯幾乎都同樣做了一些受屈辱的、說不通的事。而大多數的獄卒都曾在某些時候出現虐囚行為，他們在角色中的表現，跟其他值班的同夥們沒什麼兩樣。
我也利用這些機會進行「道德教育」，跟他們討論在研究中共同遭遇到的道德衝突。道德發展理論先驅拉裡·科爾貝格(Larry Kohlberg)曾主張，在道德衝突背景中進行討論是最重要、也許也是唯一的方式，借此可提高個人的道德發展層次。
回顧從情緒形容詞自陳表中取得的資料，顯示出減壓解說會後，囚犯和獄卒的情緒都回到較平衡的狀態，已接近研究剛開始時的情緒水準。參與者在實驗中的負面影響其實並不持久，原因可歸諸於三個因素：首先，這些年輕人都擁有健全身心，因此能在實驗結束後迅速調適，第二，這個經驗是屬於當時的時間、環境、服裝、角色腳本所獨有，他們大可以將一切打包，存放在標明為「斯坦福監獄實驗大冒險」的記憶行囊裡，不再觸碰。最後，精細的減壓程序指出了造成影響的情境特質，成功地讓獄卒和囚犯擺脫自己的惡劣表現。