根據這樣的絕對倫理觀，斯坦福監獄實驗絕對違反倫理，因為參與實驗的人都受到極大痛苦。他們承受的遠超過當初的合理預期，當時他們不過是志願參與一項關於「監獄生活」的學術研究，而且研究是在一所極有名望的大學中進行。更有甚者，他們的痛苦與日俱增，並造成極大的壓力和情緒騷動，以至於我們必須提前釋放五位在身心健全情況下進入實驗的受試者。
隱藏在角色的面具以及讓他們得到匿名性保護的太陽鏡下，獄卒們做了許多原本不該做的事，當他們瞭解到自己的作為之後也同樣感到痛苦。承受暴行的學生完完全全是無辜的，獄卒們親身見證了自己加諸於同儕的痛苦與羞辱，他們對囚犯們的虐行完全無可抵賴，瞭解到這點後，他們經歷到的傷痛遠大於米爾格倫的經典研究「盲目服從威權」中的參與者；關於這個研究我們將在下一章中有更深入的探討。一直以來，米爾格倫的這個研究飽受違反倫理的批判，因為實驗參與者可能會想像自己是對另一個房間中扮演「受害者」(學習者)的人施加電擊。但是當實驗一結束，他們會立刻知道所謂的「受害者」其實是和實驗工作人員共謀的演員。於是他們的痛苦來自於，儘管意識到沒有人受到傷害，但他們施加電擊的舉動卻是如假包換。相對地，在斯坦福監獄實驗中，獄卒的痛苦來自意識到自己對囚犯的「打擊」全是真實、直接且持續不斷的。
斯坦福監獄實驗一個遭受違反倫理的批評來自：事前並未向告知被指派為囚犯的學生和家長將在星期日早上被逮捕，並於警察總部進行正式登記。於是，當實驗於週日上午驟然侵入他們的生活時，他們完全猝不及防。之後，我們還試圖操弄家長的想法，在訪客之夜通過各種欺騙和伎倆讓他們相信自己兒子的處境並不那麼糟。對此我們也深感罪惡。我們這麼做的原因不只是為了維持監獄情境的完整，也因為「欺騙」是監獄模擬實驗的基本要素，在許多處在監督委員會調查下的系統裡，這類欺騙根本是家常便飯。於是我們做足了表面工夫，好讓系統管理者可以—一反駁對囚犯惡劣處境的抱怨和關切。
另—個違反倫理的理由是我們沒有更早中止研究。回顧當時的種種，確實有許多理由允許我這麼做。我應該在第三天、當第二名囚犯承受劇烈壓力時就決定中止。當時應該有足夠的證據證明道格8612前一天的崩潰不是假裝，而我們應該在更多人、在下一個或下下一個囚犯出現極端不適反應時就喊停。
沒有在實驗開始失控時更早結束研究，我認為主要理由是，我的調查研究負責人和監獄監督者的雙重身份形成了衝突，前者的我是研究倫理的守護者，後者的我卻不計代價急於維持監獄的健全和穩定。我傾向相信，如果有其他人扮演監督者角色，我可能會有更明智的判斷，並因此提前結束實驗。當初進行實驗時，應該有個威權高於我的人扮演監督者角色才對。
然而，在「監禁心理學」背景下創造出許可虐待行為的制度，我的確認為自己有責任。這個實驗成功複製出真實監獄中最糟的面向，但代價卻是造成人類的痛苦。我至今仍深感遺憾，並對我所造成的無情殘酷由衷致歉。