理性主義者對於人類道德架構提出的假設正受到一種更傾向於直覺主義的觀點的挑戰。這種直覺主義的觀點認為，道德生活的中心是情緒和無意識的直覺，並不是理性；它強調道德反應和與之相伴的個人選擇；它強調感知在道德決策過程中扮演的角色比邏輯推理更重要。在這種直覺主義的觀點中，主要矛盾並不是理性與激情之間的矛盾。相反，決定性的鬥爭發生在一級認知水平，即潛意識領域之內。
這種觀點最初發源於「我們生來就都帶有深層次的自私動機」這一論點——所謂自私動機是指拿我們所能拿的東西、誇大我們的地位、顯得比其他人優越、比其他人有權力、滿足我們慾望的動機。這些動機扭曲了感知。假想先生並不是有意識地誘使埃麗卡出軌，或是故意干擾她的婚姻。他只不過是將她看成人生探險過程中可以使用的一個物體而已。與之類似，謀殺犯不會去殺害那些被他們認為跟自己一樣「完全是人」的人。謀殺犯的潛意識需要先將受害者非人化，改變自己看待他們的方式。
法國記者讓·哈茨菲爾德撰寫《大砍刀的季節》（Macbete Season）一書時採訪了盧旺達種族屠殺的參與者。這些參與者們陷入了一場騷亂。他們開始以極端荒謬的方式來看待他們的鄰居。哈茨菲爾德的一個採訪對像曾經謀殺了隔壁的圖西族鄰居：「我匆忙幹掉了他，根本沒有考慮過這樣做的理由。他是我的鄰居，他跟我住在同一座山上，而且離得很近。事實上，事情發生後我才意識到這一點：我奪走了一位近鄰的生命。我的意思是，在致命的那一瞬間，我並沒有在他身上看到那個從前的他。我覺得自己只是襲擊了某個對我而言既不親密也不陌生的人，我覺得那是一個普普通通的人，普普通通的意思就是那種你每天都會遇見的類型。他的特徵確實與我認識的那個人很相似，但當時並沒有任何東西堅定地提醒我，我跟他已經當了很長一段時間的鄰居了。」
這些來自內心深處的衝動將有意識的認知當做玩物。它們不僅在罪行發生時扭曲了一個人的感知，還會在事後編造正當的理由。我們告訴自己，那些被我們的殘忍行為傷害的受害人或者那些我們見死不救的受害人是自找的，是環境迫使我們這樣做的，這一切都是別人的錯。慾望在意識之前就已經塑造了我們的思維架構。
但是，直覺主義者們強調，並非所有的深層次動機都是自私的。我們的祖先都是成功的合作者，他們借助家庭和團隊才得以存活。
別的動物和昆蟲也具有這一社會性傾向，當我們研究它們時，我們會發現大自然賦予了它們一些特殊技能，這些特殊技能可以幫助它們彼此聯合、彼此承諾。20世紀50年代進行的一項研究中，研究人員首先訓練老鼠按壓槓桿以獲取食物。隨後實驗者調整了裝置，使得按槓桿有時能獲得食物，另外一些時候則會電擊隔壁籠子裡的另一隻老鼠。一旦正在吃東西的老鼠注意到它們的行為正導致鄰居遭受痛苦，它們就會調整自己吃東西的習慣。它們不會讓自己陷入絕食狀態，但會選擇少吃一些，以避免給遭電擊的老鼠帶來過度的疼痛。弗蘭斯·德·瓦爾為相關研究奉獻了自己的畢生精力，他描述了這種複雜的移情作用在靈長類動物行為中的表現。黑猩猩會相互安慰，照顧受傷的同伴，而且似乎會一起分享。這並不意味著動物們也具備道德，但它們確實具有形成道德的心理基礎。
人類也擁有一套用來幫助人們彼此聯合與承諾的情緒機制。當我們違反了社會準則時，我們會臉紅並且感到窘迫。當我們的尊嚴被忽視時，我們會瞬間感到憤慨。人們看到其他人打哈欠時也會打哈欠，而且那些對打哈欠動作更快做出共感反應的人，也更容易做出那些形式更為複雜的共感反應。
亞當·斯密在《道德情操論》（The Theory of Moral Sentiments）中涉及鏡像神經元的一段話裡很好地闡述了我們面對他人的自然移情作用：「當我們看到一個人的腿或胳膊將要被打的時候，我們會自然地縮回我們的腿或胳膊；而當它們確實挨了打後，我們在某種程度上感覺到自己挨了打，像被打的人一樣受到了傷害。」斯密補充說，我們也有一種想要被我們的同胞尊重的願望，「當大自然塑造人類來適應社會時，她就賦予了人類使同胞高興的原始慾望，以及對冒犯同胞的本能厭惡。她教會他們為同胞喜歡的事情感到高興，為同胞不喜歡的事情感到痛苦」。
這些社會性情緒是人類具備的彰顯道德的成分，甚至早在我們還非常小的時候就具備了。耶魯大學教授保羅·布魯姆等人進行了一項實驗：向嬰兒展示一幅圖像，畫面中一個人正努力爬山，另一個人試圖幫助他，而第三個人則試圖阻擋他。在6個月大時，嬰兒就表現得偏愛助人者，不喜歡阻擋者。一些表演還具有第二幕內容：阻擋者受到懲罰或者獎勵。在這種情況下，相對於獎勵阻擋者，8個月大的嬰兒更傾向於懲罰阻擋者。布魯姆說，這些反應表明，人們從很小的時候就具有基本的正義感了。
沒有人教孩子們要求自己受到公正的對待，孩子們會鮮明地反對自己遭受的不公正，並且只要他們能夠交流就會開始這樣做；沒有人教我們欽佩為集體犧牲的人，這種對責任的讚賞是舉世皆然的；沒有人教我們鄙視某個背叛的朋友或對家庭與部落不忠的人；沒有人教孩子分辨「不要傷害」這樣的道德準則與「不要在學校嚼口香糖」這樣的非道德準則之間的差異。這些偏好同樣源於我們的內心深處。正如我們擁有一套與生俱來的情緒機制幫助我們愛與被愛一樣，我們也擁有一系列與生俱來的情緒使我們反對違背社會承諾的人，贊同強化社會承諾的人。世界上不存在讚賞人們臨陣脫逃的社會。
父母和學校確實會強化這些道德，但正如詹姆斯·威爾遜在他的著作《道德感》（The Moral Sense）中主張的那樣，這些教導是建立在預先準備好的基礎之上的。正如孩子們天生準備好了學習語言、依戀父母一樣，他們也準備好了一套特定的道德成見，它們能被改進、塑造、發展，但永遠無法被徹底取代。
像這樣的道德判斷——讚賞那些忠於事業的人，蔑視那些背叛伴侶的人——是瞬間發生的、情緒化的。它們包含了細微的評估。如果我們看到有人因失去孩子而悲痛萬分，我們會湧上同情與憐憫。如果我們看到有人因失去瑪莎拉蒂跑車而悲痛萬分，我們則會產生蔑視之感。瞬間的同情與複雜的判斷完全糾纏在一起。
正如我們在這個故事中經常看到的那樣，感知行為是一個複雜的過程。它不僅會採集一個場景的信息，而且幾乎會立刻自發衡量它的意義，對它進行評估，並由此產生某種情緒。事實上，今天的許多科學家認為，道德知覺與審美或肉慾知覺非常相似，它們都是從大腦的許多相同區域傳出的。
想想看，當你把一種新的食物放進嘴裡時會發生什麼。你不必刻意判斷它是否令人厭惡，你就是知道。當你看到風景時，你不必判斷風景是否美麗，你心裡就是知道。道德判斷的方式在某些方面與之相似。它們是一種快速的直覺評估。荷蘭馬克斯·普朗克心理語言學研究所的研究者們已經發現，所有可評估的感覺，甚至包括對於安樂死之類複雜問題的感覺，都能在受試者讀取信息後的200~250毫秒內被檢測到。你不必考慮厭惡、羞愧、尷尬，或者應不應該臉紅，它自然就發生了。
事實上，如果我們需要依賴刻意進行的道德推理才能做出最基本的決策，人類社會將會變成一個相當可怕的地方，因為這種理性的攜帶能力實在太差了。托馬斯·傑斐遜在數百年前就預見到了這一點：
「多虧製造我們的造物主沒有讓我們的道德準則成為科學的話題，否則他就會成為一個可憐的笨蛋。世上存在一個科學家，就存在數千個不是科學家的人。這些人會變成什麼樣子呢？人類注定是為社會而生的。因此，他的道德是為了這一目標而形成的。他天生具有僅僅與此相關的對錯感覺。這種感覺差不多是天性的一部分，正如聽、看、觸摸所獲得的感覺一樣，它是道德的真正基礎。」
因此，讓我們與其他動物分離開來的並不僅僅是理性，還有情緒的高級特性，尤其是社會性道德情緒的高級特性。