大約在休謨試圖去除心靈，只留下自己僅有的「感知束」理論一百年後，德國神經學家、精神分析的創始人西格蒙德·弗洛伊德帶來了「三幽靈」理論。他的理論聽起來非常像柏拉圖描述的戰車御者控制著兩匹任性的馬。
本我、自我和超我
弗洛伊德確定了心靈的三個部分：「本我」「自我」和「超我」。「本我」是最原始的需要驅動的部分，它的能量「力比多」提供了立即滿足需求的驅動力。「自我」是現實世界的聲音，它瞭解本我的驅力，並努力與現實世界協商這種驅力是否能得到滿足，在現實世界的限制範圍內盡可能地滿足本我的需求。如果讓本我獨自行動，它會促使人隨便從街上的某個行人那裡搶一個三明治來充飢。自我意識到這樣的行為很可能會給你帶來麻煩，你可能會被打或者被逮捕，然後送你去買自己的三明治。「超我」則將道德加入了這個組合。所以，與其考慮結果而不去偷三明治，你不如學會因為這件事是錯的而不去做。沒有超我，人就像其他動物一樣（假設動物沒有道德觀念）。這樣，自我就需要協調本我的驅力、外部世界的現實和超我的價值主導三部分的要求。
本我和自我是先天存在的，而超我則以潛在的形式在嬰兒身上存在。孩子會因為做出被社會贊同的行為而獲得獎勵，做出不被社會贊同的行為而被懲罰，超我為其建立起了一套內在的價值觀念。成功的社會化是指只要個體想做或者已經做了被社會贊同的行為，就會感覺很好；如果他們考慮做或者已經做了被詬病的行為，就會感覺不好（內疚、羞愧、尷尬）。
在本我、自我和超我之間難免有張力，因為它們有不同的目標。人們對其自我使用的一種應對機制就是壓抑。如果本我的慾望在被滿足後會引起問題，或者考慮這一問題會導致焦慮，它可能就被排除在大腦意識之外而被壓抑。弗洛伊德發現，被壓抑的慾望或記憶是所有神經官能症的根源，因為心靈迴避了那些人們不敢面對和承認的問題。
給靈魂稱重
1907年，美國醫生鄧肯·麥克唐蓋爾（Duncan MacDougall，1866年—1920年）決定測量人類靈魂的重量。他設計了一張特殊的床，這張床同時也是一台秤，這樣他就可以監測病人的體重。然後，他挑選了6名即將死去的絕症病人。他確定每個人都會在自己的稱重床上度過他們的最後時光，並在他們死亡之前每隔一段時間就記錄下他們的體重，在他們死去的那一瞬間也要進行這樣的記錄。根據他的數據，他計算出靈魂的重量為21克，這是4名病人死亡時減輕的平均體重。結果表明，這個結果的科學解釋有點草率，我們仍然不知道是否有靈魂，如果有靈魂的話，它是否有質量（儘管這看起來不大可能）。
客體我、自我和主體我
當弗洛伊德在維也納發展自己的理論時，美國心理學的先驅威廉·詹姆斯在亞特蘭大將自己的自我理論分為兩個部分：「客體我」和「主體我」。「客體我」再細分為三個部分：物質的、社會的和精神的「自我」。
物質自我包括屬於自己的東西或者自己的歸屬，具體包括家庭、身體、衣服和財產；社會自我是指自己與他人或者任何社會角色之間的聯繫，我們每個人都有許多社會自我，因為我們會在不同的社會環境下表現得不同：在工作中、與家庭成員一起、與朋友在一起等；精神自我指的就是我們的核心自我，它由我們的核心價值觀、信仰、良心和人格組成。精神自我是三部分中最穩固的，它在人的成年生活中變化不大。
詹姆斯將一個人的「客體我」定義為「不僅包括這個人的身體和精神力量，而且還包括他的衣服和房子、妻子和孩子、祖先和朋友、名聲和工作、土地和馬匹、遊艇和銀行賬戶」（1890年）。自稱「我」的範圍不僅包括外部對象，甚至還延伸至其他人（「我」的母親甚至敵人），他建立了一個擴散的、延伸到環境匯總的自我。這種自我與勒內·笛卡爾提出的封閉自我相對立，笛卡爾提出的自我不僅與他人不同，甚至與自己的軀體也不同。
「自我」則是純粹的自我，是一種從過去、現在到未來不間斷的線索形成的意識流。它還提供了一種差異（與「客體自我」相比）和自我意志的感覺，負責選擇接受哪些思想、拒絕哪些思想，對於加工的經驗來說也是如此。詹姆斯認為，「自我」是我們的心靈或者靈魂會怎樣思考，因為它不是物質的，因此難以被科學驗證。