隨著神教的興起，靈魂被劫持為上帝服務。現在，靈魂變成了寄居在身體裡的碎片，人們將其描述為神性的反映，或是將其掙扎著向神性靠近。
新柏拉圖主義者，如亞歷山大的猶太哲學家斐洛·尤迪厄斯（Philo Judeaus，公元前20/公元前25年—公元50年）和羅馬思想家普羅提諾（Plotinus，公元204年—公元270年）都採用了柏拉圖思想中更加神秘的部分，將其改造得更適應宗教。斐洛把柏拉圖關於人的感覺和理性的劃分與希伯來的宗教教義融合在一起，將此作為自己的出發點，構建了一個猶太模式，即肉體注入了一個靈魂，這就是神的一個碎片。但與柏拉圖不同，他不相信內省和理性會帶來知識。他認為知識只能來自上帝、來自神的啟示，人們的靈魂需要做好準備，以便獲得知識的禮物，他認為有必要思考並保持與慾望的距離，才能避免身體的衝動。他還認為，啟示也會在夢中和靜坐中出現，因為這些活動保持了靈魂與肉體世界的距離。普羅提諾看到的靈魂反映的精神本身就是「那一位」的形象。這就給出了我們一個分為三部分的層次結構，頂部是對精神的不完美的成像，而靈魂又不完美地照出了精神像。他教導說，靈魂與一些低劣的東西結合在一起進入了身體中。
柏拉圖和新柏拉圖關於靈魂的模型都認為，靈魂試圖掌控軀體衝動，這一觀點立刻為基督教神學所採用。人們只需對此觀點做些修改，就成了下面的樣子：高尚的靈魂追求虔誠的信仰；肉體則試圖將其拖入任性的嬉戲，而只為獲得快樂。這種調整是由早期的基督教哲學家荷馬（Hippo）和奧古斯丁（Augustine，公元345年—公元430年）完成的。800年後，意大利牧師托馬斯·阿奎納（Thomas Aquinas，1225年—1274年）對亞里士多德的理論進行了同樣的調整。但從總體上看，歐洲心理思想發展成果最少的時期就是羅馬帝國的衰落時期。那時，人們認為靈魂/思想受上帝的奴役，因此對其做出的任何解釋都帶有神學的意味。
斯多葛學派
斯多葛學派是一個哲學學派，它開始於希臘哲學家基提翁的芝諾（Zeno of Citium，公元前334年—公元前262年），誕生於公元前3世紀的雅典。斯多葛學派認為，毀滅性的情緒（如仇恨和嫉妒）是由於錯誤的判斷所致，而只有聰明的人才能獲得真正的幸福。後來，斯多葛學派還包括羅馬哲學家塞內卡·揚格（Seneca the Younger，公元前4年—公元65年）和希臘哲人愛比克泰德（Epictetus，約公元55年—公元135年）等人。