柏拉圖（Plato，約公元前425年—公元前348年）提出了靈魂的三個部分：慾望是靈魂關心、滿足物質慾望的部分；身體渴望食物、水、性、感覺；激情的靈魂與情感部分有關，包括愛、恨、勇氣、怯懦、恐懼、憤怒等；而靈魂的理性部分尋求知識，它花了大量的時間試圖阻止其他兩部分的靈魂，並在某些情況下會成功。在《斐多篇》（Phaedo）裡，柏拉圖以御者的寓言來解釋靈魂三部分的關係。靈魂的理性部分是御者，它試圖駕馭戰車（激情和慾望）。戰車由一白一黑兩匹馬拉著，黑馬是靈魂的慾望部分，而白馬是靈魂的激情部分。黑馬拉著戰車試圖衝向美食和妓院，而白馬拉著戰車試圖開始做出英勇和仁慈的行為（如從軍）。靈魂的理性部分試圖通過協商來控制這兩者。
心臟和靈魂
對我們來說，大腦很明顯是我們身體中進行思考、感覺、做夢、信任以及其他心理活動的那個部分。但是直到最近，人們還沒有發現大腦具有的這些功能，所以前人並沒有將思維定位在大腦中。古埃及人認為情感、理性和思想的中心場所是心臟。事實上，儘管他們小心翼翼地將其他器官保存在科普特瓶中與木乃伊合葬，但在製作木乃伊時還是會把大腦丟棄。古希臘哲學家柏拉圖認為大腦是思想的場所，但他的學生亞里士多德（Aristotle，公元前384年—公元前322年）否定了這一點，而將心臟置於精神活動的中心。
亞里士多德提出了三個不同的靈魂。他相信，從植物到人類，每個有生命的東西都有一個適合其功能的靈魂，並具有適合機體的能力和職責。這些能力可能包括生長（在植物身上）、運動（在動物身上）和抽像推理（在人類身上）。在這點上，亞里士多德的觀點接近現代關於大腦和精神的功能的概念。大腦確實調節了自主和非自主的功能（如呼吸和運動），同時也是非體力活動的場所（如沉思、慾望、推理和思考）。亞里士多德和柏拉圖不同，他不相信靈魂能夠拯救肉體或者獨立於身體而存在。
在這一點上，亞里士多德的靈魂更接近現代人的思想，而並不像一種半神秘的精神狀態。