並不是每個人都有良知，良知這種干預性的義務感建立在我們對其他人的情感依附之上。有些人從來都不會因為讓別人失望、傷害別人、剝削別人甚至殺害了別人而感到強烈的不安。如果前五感（視覺、聽覺、觸覺、嗅覺、味覺）屬於生理範疇，而「第六感」是我們所謂的直覺，那麼良知至多可以算作第七感。第七感在人類的進化過程中發展得比較晚，而且目前還遠談不上人人皆有。
更糟糕的是，我們在日常生活中通常無法分辨哪些人有良知，哪些人缺少良知。一名年輕有為的律師可能擁有這種第七感嗎？是的，可以想見。一位生了好幾個孩子的母親會有這個第七感嗎？當然有可能。一位負責整個教區信眾的精神福祉的牧師可能受到良知的約束嗎？讓我們寄希望於此。一位領導一個國家的強大政治領袖有可能會有良知嗎？當然可能。
或者，我們可以反過來問，上述這些人有可能完全沒有良知嗎？答案有些令人心驚膽戰，還是：「當然可能」。
「惡」並不反映人的個性特徵，而且從來都無法與某一特定的社會角色、種族或身材可靠地聯繫在一起，這讓神學家和近代科學家迷惑不已。縱觀人類歷史，我們花費了很大力氣才解決了「善」「惡」之辨，也才找到方法來解釋「為什麼某些人身上似乎只有惡」。公元4世紀的基督教學者聖哲羅姆（Saint Jerome）用希臘語synderesis（良知）來描述人類與生俱來的、感受善與惡之間差異的神賜能力。他詮釋了以西結（Ezekiel）在《聖經》中所描述的四個生靈從一朵「周圍有光輝，向外不斷冒火」的雲中顯像。每個生靈都有人身，但各有四張不同的面孔。前面是人臉，右側是獅臉，左側是牛臉，後面是鷹臉。聖哲羅姆這樣解讀以西結的夢境：人臉代表人類的理性，獅臉反映人類的情感，牛臉象徵人類的慾望，而翱翔的鷹是「良知的火花，即使在該隱（Cain）的心中也仍然沒有熄滅……而在我們被邪惡的慾望或放肆的靈魂打敗的時候，良知會讓我們產生罪孽深重的感受……然而，我們在一些人身上看到，這種良知泯滅；他們毫無負罪感，對自身的罪孽也不覺得羞恥。」
和聖哲羅姆同時代的傑出神學家希波主教奧古斯丁（Augustine of Hippo）對於良知的本質也持有同樣的看法。奧古斯丁讓他的信徒相信「人類在光之書（Book of light）中看到了道德規範（又叫『真理』），所有的法律都是『真理』的摹本。」
但一個顯而易見的問題仍然懸而未決：既然真理（即關於善惡的絕對知識）是上帝賜予全人類的，那為什麼不是所有人都是好人？為什麼我們會看到一些人身上的「良知泯滅」？這個問題數百年來一直是神學領域關於良知的核心爭論。儘管這個問題很棘手，他們也不可能提出「只有一些人有良知」這種解釋，因為這意味著上帝沒有把真理賜予他的幾個僕人，是上帝本人在世界上創造了惡，並把它看似隨機地散佈到形形色色、三教九流的人身上。
13世紀意大利哲學家和神學家托馬斯·阿基納提出，synderesis（即聖哲羅姆提出的，絕對正確的、由上帝賜予的關於是非的知識）和conscientia（即易犯錯的人類理性，它艱難地決定著人類的行為）之間存在隱晦的區別，從而似乎解決了神學上關於良知的困境。為了讓人類選擇應該採取何種行動，上帝為理性提供了完全的信息，但理性本身相當薄弱。在這個體系中，人類之所以會做出不可靠的決策，並非出於良知的缺乏，而是因為人類在決策和行動過程中容易出錯。相較之下，阿基納認為，「synderesis不會出錯；它提供了固定不變的原理，就像主宰物理世界的一成不變的定律。」
我們用這個古老的觀點來看看當下這個例子：當喬想起他的寵物狗無食無水的時候，他那與生俱來的、上帝賜予的synderesis（良知）立刻告訴他，絕對正確的行動是趕快回家照顧狗；而conscientia這個關於人類如何行事的心智上的爭論，接著便對這個真理進行了一番考量。喬並沒有馬上掉轉車頭，而是花了幾分鐘考慮，這正是人類天生薄弱的理性作用的結果。在托馬斯·阿基納的理論體系下，喬在最後確實做出了正確的決定，這表示喬的道德德行在強化了的理性作用下，正在朝著正確的方向發展。要是喬最後的決定是讓他的狗餓肚子、沒水喝，那麼用神學語言來講就是，他的弱化了的理性會把他的道德德行引向地獄。
我們認真看看神學的基本要點，根據早期神父的說法：
1.道德規範是絕對的；
2.每個人天生就知道這個絕對真理；
3.不良行為是錯誤的思考導致的，而不是因為缺乏synderesis或良知，既然人人均有良知，那麼只要人類的理性臻於完善，不良行為就不會產生。
而事實上，這三條就是世界上絕大多數人近代以來所持有的關於良知的信仰。它們對我們採取何種方式看待自己與他人產生了深遠的影響。第三個信條尤其讓人難以摒棄。在托馬斯·阿基納對synderesis做出斷言將近1000年的歲月裡，當有人不斷做出我們認為違背良知的行為時，我們就會訴諸更新版的「弱的理性」的範式。我們推測這個犯了錯的人一定喪失了理性，或者心智失常，要不然就是他早年的成長背景所導致的。我們特別不願給出更直截了當的解釋：上帝或自然根本就沒有給他良知。
幾百年來，關於良知的討論傾向於圍繞人類理性與上帝賜予的道德知識之間的關係而展開。期間還出現了邏輯推論方面的爭論，最近的爭論是關於「相稱主義」的，是一個神聖的漏洞，即為了得到「善」的結果，理性會要求我們做「惡」的事情，例如「正義之戰」。
但到了20世紀初，內科醫生兼科學家（也是無神論者）西格蒙德·弗洛伊德的理論在歐洲和美國越來越為人們所接受，「良知」本身也因此發生了根本性的轉變。弗洛伊德提出，幼兒的心智在正常發展的過程中會形成一個叫「超我」的內化權威，它會逐漸取代實際的外在權威——並非上帝，而是孩子的父母。弗洛伊德用他「發現」的超我概念有效地把良知從上帝手中奪走，良知由此落入凡俗家庭所焦急渴望的控制範圍。良知的這種變動，要求我們對那個沿襲了幾百年的世界觀做出一些艱難轉變。我們的道德指引突然呈現出致命的缺陷，而絕對真理從此以後就必須給文化相對主義（cultural relativism）的不確定性讓路。
弗洛伊德所提出的新的心智結構模式沒有按照人、獅子、牛和鷹的四面性來劃分。相反，弗洛伊德用了三分法，將心智結構模式分成：「超我」「自我」和「本我」。「本我」包含性衝動在內的所有與生俱來的本能，以及各種生物性的慾望。因此「本我」通常都會與文明社會的要求彼此衝突。而「自我」則是心智的理性和有意識的一面。「自我」能夠合乎邏輯地思考、制訂計劃以及記憶，正因為「自我」具備這些能力，所以「自我」可以直接與社會形成互動，並且能夠在不同程度上幫助比較原始的「本我」把事情做好。「超我」是兒童在理解父母或社會所加諸的外部規則之時，在「自我」的基礎上形成的。在心智發展過程中，「超我」最終會成為一股獨立力量，單方面評判或引導兒童的行為和想法。「超我」是一種命令式的、能給人造成愧疚感的內在聲音，這個聲音甚至會在你獨處一室之時對你說「不行」。
「超我」的基本概念對我們來說已經成為一種常識。我們經常看到兒童內化並執行他們父母要求他們遵守的規則。（例如，母親皺著眉頭對4歲大的女兒說「不准在車上吵鬧」，幾分鐘後，這個4歲大的女孩便會妄自尊大地指著正在吵鬧的2歲妹妹教訓道：「不准在車上吵鬧！」）我們絕大多數人在成年後都曾聽到過「超我」的聲音。有些人還會經常聽到。我們腦海裡的聲音會對我們說：「你真是白癡！為什麼要那麼做？」或者「你知道的，要是今晚完成不了這份報告，你心裡會很歉疚。」或者「你最好去檢查一下膽固醇水平。」在喬和銳步的故事裡，很有可能是喬的「超我」幫他做出了放棄開會的決定。為了對此進行說明，我們假定喬的父親在喬4歲時曾對他說：「不行，喬，我們不能養狗。養狗的責任太重大了。如果你養了一隻狗，你總是得停下手頭的事去照顧它。」喬成年後所做的調轉車頭回家餵狗的決定，很有可能就是他的「超我」在起作用，「超我」堅決要他遵守父親的告誡。
在一個較為深邃的意義上，弗洛伊德本人或許會想，可能是喬的「超我」引發了喬整個上午的狀況，那當然是無意識的，因為太匆忙，所以才會忘記給狗弄食物。這樣一來，他父親的告誡就能夠得到「印證」，喬因為養了一隻寵物而「受到了懲罰」。按照弗洛伊德的理論，「超我」不僅是一個聲音，它還是一個執行者、一個微妙複雜的操縱者、一個觀點的驗證者。「超我」會對我們進行指控、審判，它會執行判決，而這一切都是在我們完全無意覺察的情況下進行的。「超我」的好處在於，它有助於個人在社會上生存，但它也有可能變成一個人性格中最為傲慢專橫的，甚至可能是最具毀滅性的部分。根據精神分析學家的說法，特別嚴苛的超我總是在一個人的腦海中念叨個不停，可能會害得一個人終生抑鬱，甚至還會把這個可憐的受害者逼上自殺的絕路。
因此，弗洛伊德向世人提出了一個明顯的世俗觀點：有些人的良知可能需要修補，而通過精神分析法或許就能把它修補完善。
此外，更令人震驚的是，弗洛伊德及其追隨者還把最終確立的「超我」理論與兒童如何解決「戀母情結」聯繫起來。「戀母情結」（發生在女孩身上的時候就稱為「戀父情結」）是在幼兒（3~5歲的時候）開始意識到自己永遠都無法完全佔有那位異性雙親時形成的一種感受。簡單來說就是男孩必須接受無法娶自己母親的事實，而女孩必須接受無法嫁給自己父親的事實。弗洛伊德認為，在「戀母（父）情結」上的掙扎以及由此引發的對那位同性雙親的競爭、恐懼以及憎恨之感，對孩子與家人之間關係的影響巨大且危險，因此必須徹底「抑制」這種情感，或者避免形成這種意識，而這種「抑制」作用可以通過大幅強化兒童的「超我」來實現。從這個觀點來看，倘若孩子對那位異性雙親產生了任何性方面的感受，或是孩子對那位同性雙親產生了敵對感，那麼通過全新強化過的「超我」，即自發的、難以忍受的負罪感這個可怕無情的武器，就能把這些感受抑制住。如此一來，「超我」便在兒童的內心獲得了自治權，並且佔據了絕對優勢。「超我」像一位嚴厲的監督人，它的作用是滿足我們希望保持成為團體一分子的需求。
不管人們對這套理論持有何種不同看法，弗洛伊德的成就必須得到肯定，因為他認識到道德感並不是個放之四海皆准的神秘法典，相反，它是動態變化的，並且與重要的家庭和社會紐帶有著錯綜複雜的聯繫。弗洛伊德用其關於「超我」的著述，讓逐漸覺醒的科學界認識到，人們對法律與秩序的習慣性尊重並不僅僅是外界強加的結果。遵守規則、尊重美德的主要動力源於我們在嬰幼兒時期就萌生的內在需求，即我們需要家人以及我們生存其中的人類社會能夠保護和接納我們。