「一·二八」之役，日飛機向商務印書館總廠和東方圖書館亂擲硫磺彈，燒了兩三天，到了夜間，登高北望，一片紅光，成為火海，這是多大的文化劫運啊！原來東方圖書館，在商務印書館總廠對面，是該館藏書的地方，涵芬樓的珍貴書籍，也並在一起。經這一燒，毀掉了三十多萬冊的書本，和五千多種的圖表照片。如宋元明善本的各省府廳州縣志二千一百多種、公元十五世紀前所印的西洋古籍、遠東唯一孤本德國李比希《化學雜誌》初版全套、香港久已絕版的《中國匯報》，羅馬教皇凡的康宮所藏明末唐王的太后、王后、王太子及其司禮監太監皈依天主教上教皇書的影片等，完全在犧牲之中。
林琴南生平所翻譯的東西洋小說，共一百五十九種，大部分由商務印書館收購印行，所謂《林譯小說》，匯成一箱，非常精雅，大家爭購一空。他老人家翻譯是很迅快的，如王子仁、魏沖叔、曾宗鞏、陳器、陳家麟、王慶通、王慶驥、李世中、毛文鍾、林騶、廖琇琨、王壽昌、胡朝梁、力樹萱、林凱、嚴培南、葉於沆等襄助他，差不多每天工作四小時，可成六千言。他譯寫得快，商務印書館印得遲，有許多譯成之本，積擱在東方圖書館，突然遭火，把他的稿本沒有來得及刊印的都燒掉了。
據調查所知，燒掉的有《金縷衣》《情幻記》《軍前瑣話》《洞冥續記》《五丁開山記》《孝女履霜記》《雨血風毛錄》《黃金鑄美錄》《神窩》《奴星敘傳》《情橋恨水錄》《學生風月鑒》《眇郎喋血錄》《夏馬城炸鬼》《鳳藻皇后小紀》《雙鴛侶》，尚有不知道書名的當然更多。琴南翁耗了心血，結果如此，能不使人感歎嗎！