意識一般都是在我們的系統運行出故障時才會參與其中。舉例而言，我們平時走路或說話的時候，不太會感覺到這些事到底是怎麼發生的。但如果一個人的腿受傷了，他可能才會第一次注意走路到底是怎麼一回事（「要想左轉，我得把自己朝那個方向推」），那時他才可能會考慮是哪些肌肉在完成這個目標。認為自己感到困惑的時候，我們才會開始反思自己的思維是如何解決問題的，這時才會用上所知的那一點點關於思維策略的知識。之後我們可能會說：
「現在我必須更有條理一些。我為什麼不能專注於那些重要的問題，而不被無關緊要的細枝末節分神呢？」
矛盾的是，與困惑而不自知相反，一個人意識到自己感到困惑反而是一件明智的事。因為這樣我們才有動力運用自己的智能來改變或修復那些有缺陷的程序。然而我們並不喜歡困惑，還常常蔑視這種狀態，沒有體會到承認這種狀態的好處。
然而，當你的B-腦讓你開始詢問「我到底想幹什麼」的時候，你可以以此為契機改變目標或者改變描述當前情境的方式。這樣的話，你就能逃離受困的痛苦，因為似乎也沒有什麼其他選擇。對困惑的意識體驗和疼痛相似，可能因為二者都會驅使我們尋找逃離困境的方法。不同之處在於困惑直接對抗思維的故障狀態，疼痛反映的是外部的干擾。不論哪種情況，都需要拆除和重建內部程序。
困惑和疼痛如果導致我們在更大尺度上放棄而不是珍惜目標，都會產生傷害：「這整個主題都讓我感到難受。也許我應該放棄整個項目，放棄我的職業或者關係。」不過就算是這樣讓人灰心的想法，也能刺激我們去尋找其他有可能提供幫助的智能組。