對於阿什肯納茲猶太人有生物學上的特異性或特殊性這一說法的一個常見反駁是：嚴格說來他們是依附於一種宗教而不是一個種族，所以他們不可能有什麼共同的顯著遺傳特徵。還有一些說法提到改宗的問題，常常會提到伊麗莎白·泰勒或小薩米·戴維斯這類改宗猶太教的近代名人。在《猶太族神話》（The Myth of the Jewish Race）一書中，拉斐爾·保陶伊和珍妮弗·保陶伊提出這樣的觀點，認為鄰近人群的基因流入（通過改宗）、通婚和非婚性行為使得猶太人群不可能演化出顯著的共同遺傳特徵。[26]確實，猶太人作為一個整體，並不是單一的遺傳特徵獨特的人群；然而他們中的一些亞群體的確是的，尤其是德系猶太人。有很強的證據表明這個人群中有常見的諸如家族性黑蒙性癡呆症這樣的遺傳病，而且研究DNA的新技術使得如今關於這一點有了更多信息。來看一看，單核甘酸多態性（SNP）的諸種呈現可不會撒謊！[27]
從歐洲遺傳學亞結構分析（見下頁圖）上可以看出：所測量的等位基因在一組人群中比在另一些人群中更常見，哪些個體屬於這個人群便可由此斷定。阿什肯納茲猶太人（途中的圓和方形，聚集在圖右上方角落）可以從其他歐洲人群（三角形）中清晰地分辨出來。愛爾蘭人、斯堪的納維亞人、德國人和不列顛人佔據了群島的左上端，希臘人和意大利人則在左下端。阿什肯納茲猶太人是一個可以明確分離出來的群體，從密集聚集的方形（兩邊一共四位祖父母全是阿什肯納茲猶太人的個體）尤其可以清晰地看出來。在很長的時段內，阿什肯納茲猶太人（和其他猶太人群體）都是實行族內婚的，他們很少與他們信仰之外的群體通婚，也絕少接受改宗者。只要族內婚的模式可以一直持續，群體就可以保持自己獨特的遺傳特性，或逐漸呈現出與鄰近人群遺傳學上的差異。當這個人群中的大部分人的祖先是來自其他地方的時候（在德系猶太人這個例子中，他們來自中東），又或者他們所經歷的自然選擇壓力跟鄰近人群不同的時候，遺傳學上的差異就會特別明顯。
有理由相信相當一部分（約40％）的阿什肯納茲猶太人祖先是歐洲人，這一點我們隨後會討論到，但看起來來自歐洲的基因進入這個群體是非常早期的事情，可能發生的時間早至羅馬帝國時期。關於這一點本身看起來就很可信，因為許多羅馬帝國中的猶太人是第一次猶太起義（前73—前65）或巴爾科赫巴起義（前135—前132）的戰俘。這些奴隸中的許多人後來成了自由民，而且很可能他們中的絕大部分是男性。而他們中的許多必然跟當地歐洲女人成婚，所以羅馬猶太人（也就是日後的阿什肯納茲猶太人）的母系血統肯定有顯著的南歐成分。
歐洲遺傳學亞結構分析
混合外來血統並不等於說德系猶太人就不能成為有獨特遺傳特徵的單一族群。哪怕一個群體一開始是兩個群體混合的結果，只要它漸漸成為族內通婚的群體（停止對外通婚）並長時間如此，這個群體漸漸就會成為純一的，德系猶太人的情形就是這樣。比方說，如果一個人群的血統60％來自中東，40％來自歐洲，那麼幾十代族內通婚之後，每一個個體的血統都接近60%中東、40％歐洲這樣的組合。換句話說，最終你會得到一個獨一無二的人群，而當它經歷的是特殊的選擇壓力的時候，情形尤其如此。
這意味著當你看到基因組最具信息量的部分的時候，你幾乎肯定能看出一個特定的個體是不是阿什肯納茲猶太人（比方說區別於非猶太意大利人、希臘人或德國人），尤其當他或她的近代先祖是猶太人的時候。在歐洲遺傳學亞結構分析圖中，圓圈代表了阿什肯納茲猶太人個體，而實心方形代表了那些兩邊祖父母都是阿什肯納茲猶太人的個體。而兩種圖樣之間不重合的部分是值得注意的，因為在過去這個世紀中猶太人的族內通婚特性已經不像在中世紀時那麼強了。
那麼同樣的方法是否可以用以區分阿什肯納茲猶太人和其他猶太人群體，比如摩洛哥猶太人和也門猶太人呢？答案幾乎是肯定的。雖然還沒有做過這樣的測量，但是區分應該是可以很容易做出的，因為阿什肯納茲猶太人和也門猶太人之間的遺傳距離要比前者跟西歐人之間的遺傳距離大多了。
普羅大眾中總有些人相信每個人的遺傳檔案都不一定會反映其國族性。比如說一個瑞典人沒準兒就更像日本人而不像別的瑞典人。如果這個事情是真的，那麼這條規律也就能運用在阿什肯納茲猶太人身上，雖然他們並不是一個「國族」。但是，這個想法是錯的。事實上，來自一個國族的個體與來自一個遙遠國族的個體有著遺傳學相似性這種例子從來就不存在。如果你是瑞典人（Swedish），那麼每一棵「大頭菜」（Swede同時意為瑞典蕪菁，這個統計不算晚近移民）都比隨便哪個日本人在遺傳學檔案上離你更近。
如果你只考慮單一基因的話，的確有可能你跟來自日本的某人更相似：比方說，你們都是同樣的血型，而你的鄰居是另一種血型。然而，即便是在這麼寬泛的標準下，更可能的情況也是你和你的鄰居血型相同，因為血型頻率在每個國族中也是不一樣的。而如果你看的是包含了約兩萬個基因的基因組的話，那麼你每個基因都更可能跟你的鄰居相似而不是跟日本人相似，你跟日本人的基因組比跟你的瑞典鄰居基因組更相似這種情況出現的可能性幾乎為零。就好比當你在賭場賭博的時候，肯定是賭場的贏面更大，雖然也不是百分之百。你也許能零星地贏個一局，這並非完全不可能。但有多大可能你會在一年中大多數時候賭贏，在每一局賭贏的概率都極小的前提下贏下幾千局？這種可能性幾乎為零，這就是為什麼長遠來說賭場總是盈利的。
從實際操作的角度說，如果你能憑外貌分辨出兩個不同的人群，那麼遺傳分析也能做同樣的事情。在你不能憑外貌看出來的時候，它有時也能進行區分。關於德系猶太人是否是一個遺傳特徵獨特的人群這個問題如今已經解決：我們從數據上就知道他們的確是的。但就憑這一點還是不足以支撐我們這一章的論題，即他們是否真的就比所有其他人更聰明，甚至他們在其他相似的方面是否也具有獨特的遺傳特徵。具有可測量的遺傳獨特性不等同於這個群體實際上與別的人群有顯著差異；系統性的遺傳差異的確存在，但這也不等於有實質性差異的遺傳結果全部顯現了。
然而，如果這一套初始測量數據的結果是完全相反的，就可以直接封殺我們的論題。也就是說，如果遺傳學證據證明阿什肯納茲猶太人沒有成為一個遺傳特徵獨特的群體，或者如果可以測出有顯著的基因流長期進入這個群體的話，我們所提出的（自然選擇）機制就直接可以被否定了。然而目前的情況是這套初始測量數據既沒有否定我們的論題，也不能直接證明我們的論題（見上段），那麼這些遺傳證據對於阿什肯納茲猶太人的智性都有怎樣的說明呢？