影響基因流動的其中一種主要遷移模式是在地中海和黑海沿岸由地中海東部移民建立的殖民地。早在青銅器時代晚期，走海路長途旅行就已經更容易、更經濟，至少你不需要從定居已久的各個族群之間殺出一條路來。長途貿易催生了殖民地的設立，有些從貿易據點變來，而貿易提供了航海技術和地理知識的基礎，使這些奠基性的遠征變得可能。
殖民者——埃特魯裡亞人、希臘人、腓尼基人——從中東或居住著大量早期中東農耕者的地區遷徙而來。他們肯定帶來了許多在農業環境下具有適應性的新等位基因，他們的航程也許把這些基因的大批拷貝傳播到地中海西部。
腓尼基人是住在現今黎巴嫩海岸上一系列城邦裡的一個民族，他們在地中海沿岸多處都進行貿易活動。他們沿著貿易路線的停泊港和貿易據點逐漸變成了殖民地，有一些最終發展成大型城鎮。這些殖民地中最大和最重要的是突尼斯的迦太基，後來一度成為羅馬的頭號競爭對手。很多腓尼基殖民地今天仍然存在：西西里的巴勒莫和馬爾薩拉，撒丁島的卡利亞里，摩洛哥的丹吉爾，以及西班牙的卡迪茲和卡塔赫納。腓尼基殖民地似乎在地中海西岸傳播了乙型海洋性貧血其中一種常見的變體，這是一種能夠抵抗瘧疾的等位基因，很有可能起源於北非。[10]
希臘人的殖民規模更加龐大：單一個城市米利都（Miletus）就支持成立了90個殖民地。有一些是為了商業上的好處成立的，有一些是內部鬥爭中失利者的庇護所，還有一些是為了解決人口過剩問題建設的。希臘人在西西里和意大利南部建立了大量殖民地，隨後被稱為「大希臘區」，包括現在的敘拉古和那不勒斯。在黑海沿岸也有為數不少的希臘殖民地，還有的在法國南部（比如馬賽）、遙遠的西班牙和利比亞。看來希臘人至少傳播了兩個他們自己身上的抗瘧疾基因變異，一個是一種不同版本的β海洋性貧血，另一個是某種6—磷酸葡萄脫氫酶（G6PD）缺乏症。抗瘧疾基因可能不是腓尼基人和希臘人傳播的唯一一種適應性等位基因，它們只是被研究得最全面而已。近來的全染色體組研究顯示，許多基因都在近期的選擇壓力下上升到高頻率，顯然是對農業帶來的新生活方式的一種反應，而這其中的大量適應性等位基因很可能就是通過殖民地擴散開來的。
新的基因研究辨認出第三波重要的殖民，這次是從土耳其來的東部居民殖民意大利西北部，亦即埃特魯裡亞人。他們是一支謎樣的民族，操一種我們尚未能完全解讀的非印歐語系語言。埃特魯裡亞人對羅馬藝術、建築和宗教的影響巨大。關於埃特魯裡亞人的起源，一直以來眾說紛紜，考古學家大多認為他們的文化起源於意大利，儘管有一些古代文獻，例如希羅多德的記載，聲稱他們來自呂底亞，也就是土耳其西海岸的一個地區。最近的研究指出托斯卡尼（即埃特魯裡亞人在意大利的故土）的一些人群擁有近東的線粒體DNA[11]，而一些本地特有的牛種也攜帶中東牛種獨有的線粒體DNA[12]，因此確定埃特魯裡亞人的小亞細亞起源。
埃特魯裡亞人給羅馬的民族混合加進了一劑對農業生活適應良好的中東等位基因。我們有理由相信這些等位基因不僅影響了新陳代謝和抵抗力，也塑造了態度。它們有沒有幫助羅馬崛起？大有可能。