貿易使得人們有理由跨越或繞過這些障礙去旅行，因此貿易在協助人類基因流動上發揮了重要作用。儘管它對基因流動的影響不如征服和殖民那麼劇烈，但它仍然十分重要，尤其在航船發明之後。水手和酒吧女招待，就像流動商販和農夫的女兒那樣，在晚近的人類進化史上扮演了關鍵角色。
貿易——或更準確地說，是商人——通過各種交流的途徑，沿著海上航路，溯回通航的河流，在村莊和市集之間傳播新的等位基因。在早期，貿易常常以半軍事遠征的面貌出現，例如埃及派遣貿易探險團前往埃塞俄比亞和厄立特裡亞北部的旁特地區尋找金子、奴隸、烏木和象牙，或者如阿卡德的薩爾袞那樣的美索不達米亞諸王在黎巴嫩尋求雪松木。
貿易聯結相距遙遠的文明，儘管並非全部文明，也不是從未間斷，這一進程早在有歷史記載之初就已經開始。有證據表明，印度河谷文明和阿卡德帝國治下的美索不達米亞早在4000多年前就已經開始貿易，美索不達米亞的穀物和羊毛從「梅魯哈」——相信是指印度河谷文明——換來木材和象牙。我們在烏爾和巴比倫均發現印度河谷製造的圓柱形印章，以及關於一個由梅魯哈來的商人居住的村莊的記載，這些人最終變為本地的民族熔爐之中又一種成分。這正是在傳遞新的有益等位基因中扮演重要角色的那種接觸：印度河谷文明的人們跟美索不達米亞人可能面臨著相似的選擇性壓力，且他們相距足夠遙遠，以至於通過本地婚姻實現的基因流動需要很長時間才能抵達那裡。這種接觸發生在很久以前，由此被引進中東的有益等位基因擁有160代人的充分時間進行擴散。