自然，在過去數千年裡也存在著若干阻礙或減緩基因流動的因素。
大西洋和太平洋就是重要的障礙。在哥倫布到來前，新舊大陸的人們幾乎沒有任何往來。從印度尼西亞或巴布亞新幾內亞出發前往澳大利亞要比去美洲容易。從大概1720年起，確實有印度尼西亞的海參捕撈者到達澳大利亞北部海岸。除此之外肯定還有其他早期的接觸，但從我們所知的澳大利亞原住民的Y染色體和線粒體DNA變異來看，基因流動的數量並不大。[8]北部海岸對印度尼西亞或東南亞的開拓者而言缺乏吸引力，可能是因為該海岸的環境不適宜開展他們習慣的農業。再說，在農業環境裡具有適應性的新等位基因在澳大利亞可能並沒有什麼優勢，因此即便曾經引進了某些等位基因，它們很可能並沒有得以廣泛傳播。
沙漠是很重要的阻礙。在北非和其他環地中海地區之間有豐富的基因交流，尤其在發明航船之後；但撒哈拉沙漠顯然干擾了跟撒哈拉以南非洲之間的來往。障礙並不是絕對的，撒哈拉沙漠的環境在新石器時代早期比現在要友好得多。後來，馴化駱駝使穿越撒哈拉的旅途變得容易，同時歐洲和阿拉伯的奴隸貿易最終將非洲的等位基因帶到世界各地。
儘管如此，我們知道在過去基因向撒哈拉以南非洲的流動相當有限，因為在蘇丹和埃塞俄比亞若干畜牧民族中幾種促進乳糖耐受的本地突變十分普遍，然而歐洲的同類基因要出現得早得多：如果有相當多的基因流入撒哈拉以南非洲，歐洲版本的突變就應該佔據優勢。事實上，哪怕就只有一個攜帶歐洲乳糖耐受基因者在青銅器時代就定居在蘇丹，他都會有很大機會將其引入本地人群，起到基因奠基者的作用。撒哈拉沙漠使這樣的接觸變得稀少，同時熱帶疾病，例如瘧疾或黃熱病，可能也起了干擾作用，正如它們在日後歐洲殖民的嘗試中一樣。撒哈拉以南的本地非洲人對這些疾病有足夠的抵抗力能夠存活下來，而外來者很少能夠經受得住。
大多數的山脈會影響基因流動，但它們並不是無法逾越的絕對障礙。喜馬拉雅山脈是一個例外。從我們現今掌握的有限數據來看，印度跟歐洲以及中東共享了很大一部分有益的新等位基因，和中國的混合程度卻較低。由於喜馬拉雅山脈是地球上最高的山脈，背靠著青藏高原，有理由相信它大大降低了印度和中國之間，甚至歐亞大陸東端和西端之間的基因流動。
擋在途中的其他群體肯定是減緩基因流動的最重要的力量之一。許多幫助人們適應農業生活的等位基因可能發軔於中東，因為農業就是從那裡起源的。當我們考慮這些等位基因是怎樣抵達西歐的時候，應當記住這兩地之間相隔不過數月的步行距離，然而農業在西歐的發展卻晚得多。如果人們的確能自由來往兩地，你會期望基因比事實上傳播得要快得多。問題在於潛在的長途旅行者很快就會遭遇說不同語言和遵守殊異風俗的其他群體。其中有的是敵人，而全部都對陌生人懷有戒心。從其他群體中穿過是非常困難的，因此長途旅行幾近不可能。
在《第三種黑猩猩》一書中，戴蒙德描述了巴布亞新幾內亞高地的這種現象，當地是世界上最後幾處未與外界接觸的地區之一。他寫道：「當我居住在新幾內亞西部埃洛皮（Elopi）部族中間時，我想穿過鄰居法尤（Fayu）部族的領土去附近的一座山。埃洛皮人誠懇地向我解釋說如果我這麼幹，我會被法尤人殺掉。從新幾內亞人的角度來看，這非常自然和明白。法尤人當然會殺死任何入侵者，你不會蠢到相信他們會任由陌生人在他們的領土上遊蕩吧？陌生人會捕捉他們的獵物，騷擾他們的女人，帶來疾病，或者偵察地形以便日後發動入侵。」[9]在和外界接觸之前，新幾內亞高地居民一生都不會離開村莊到數英里之外去，就我們所知，沒有人見過100英里外的大海。很可能史前時代的所有人都是這麼生活的。