最有趣的遺傳改變是那些改變了人類個性和認知能力的，有很好的研究證據證明這類改變確實發生了。
在近期樣本研究中找出的許多新的、迅速傳播的等位基因都和中樞神經系統有關。其中有神經遞質受體和轉體基因的新版本——神經遞質是連接和影響神經細胞之間信號傳遞的分子。許多新的等位基因對血清素起一定的影響，而血清素是一種與調整情緒和情感有關的神經遞質。許多娛樂性和治療性藥物（特別是抗抑鬱藥）調節的就是血清素代謝。還有許多新版本的基因對腦發育起作用，即那些影響軸突生長、突觸形成、大腦皮層各層的形成和總體腦發育的基因。而且，這些新突變體中的大部分也是區域性的：人類演化瘋狂席捲了所有方向。
研究發現跟肌肉纖維和腦發育有關的遺傳因子中的許多新版本的基因。抗肌萎縮蛋白（Dystrophin，已知人類基因中最長的編碼）在肌肉纖維和腦部起重要的結構作用；抗肌萎縮蛋白複合物是一系列與肌肉萎縮症有實質聯繫的蛋白質。抗肌萎縮蛋白基因本身的重大缺陷會導致杜興氏肌肉營養不良症，會有特別嚴重的後果；而較小的缺陷會導致貝克型肌肉萎縮症，後果較為溫和。這些都是最常見的遺傳疾病，很顯然是因為極其龐大而結構複雜的抗肌萎縮蛋白基因有太多出錯的可能性。而抗肌萎縮蛋白的雙重作用也會產生醫學上的後果，得了杜興氏肌肉營養不良症的男孩同時會有智商降低和肌肉孱弱的症狀。
我們在樣本研究中找到的跟抗肌萎縮蛋白有關的清掃基因（不會造成疾病），引出了一種有趣的可能性，即晚近演化中肌肉和大腦功能的直接權衡。我們有理由認為大約10萬年前的人類擁有比今天更強勁的肌肉——所以抗肌萎縮蛋白復合體的變化有可能的方向是犧牲肌肉強度而增高智力。
另一個非常有趣的模式跟影響內耳的基因的新版本有關。[12]我們在想這是不是晚近增加的語言複雜程度的一種影響：因為足夠晚近，所以我們的耳朵（可能還有我們的大腦、喉嚨和舌頭）仍然在適應這些變化。又或者，因為其中一些和內耳有關的清掃基因是地域性和晚近的，那麼會不會有一些人群是特別在適應一些特定語言／語族的特徵呢？看起來所有人類成員都可以學習任何一種人類語言，但我們不知道是不是每一個人都天生就像其他人一樣有能力去學另一種語言，有用另一種語言交流的可能性，又或有能力去偷聽另一種語言。
一般地說，這些清掃型的神經基因出現有可能是對農業生活本身所帶來的新挑戰和其實現的複雜等級社會的回應。在下一個部分我們會討論這些挑戰和針對它們的適應性回應。