王充哲學屬於道家一派，他的《論衡》一書，即根據道家自然主義的觀點，來批評當時一般人的迷信。他駁斥陰陽家天人感應、災異示警的學說，認為人死後沒有靈魂，禍福是人自己所造成，不是鬼神主使的。他對於歷史的見解，是今優於古的進化觀，反對一般人貴古賤今的觀念。
王充的方法論頗符合科學，他立論必根據事實、證據，再以心意詮訂之，是感性認識與理性認識的統一。他的人性論，認為人性有善有惡，但可隨環境而變遷，所以要注重教育。他在《非韓》篇非難韓非，在《問孔》及《刺孟》篇，說明孔子、孟子的學說裡也有矛盾，在《說天》及《說日》篇，非難鄒衍及天文家的學說。他對於《論語》裡面孔子教子貢去「食」存「信」一點，提出反對的意見道：「讓生於有餘，爭生於不足。今言去食，信安有成？……夫去信存食，雖不欲信，信自生矣；去食存信，雖欲為信，信不立矣。」
自孔子成為偶像以來，數千年來，沒有人敢公開批駁孔子的議論，只除了王充和明代的李卓吾兩人。李卓吾的書曾被人焚燒，王充的書幸獲保存，這又可見漢朝雖尊崇六經為官學，民間的學術思想仍然自由，宋明以來，儒家的思想專制，方才變本加厲。清代研究諸子的風氣漸開，乃在參證經義的大題目下進行的，並不敢闡揚諸家絕學，與儒家分庭抗禮。因此王充之學，特別值得注意。
《論衡·說日》篇說：「日之長短，不以陰陽……夏時日在東井，冬時日在牽牛。牽牛去極遠，故日道短；東井近極，故日道長。」又說：「雲霧，雨之征也。夏則為露，冬則為霜，溫則為雨，寒則為雪。雨露凍凝者，皆由地發，不從天降也。」這又可見王充有豐富的自然科學知識與嚴謹的科學精神，與充滿術數觀念的陰陽家及今文派儒家比較，真不知進步了多少！
可是王充也有一個大缺點，就是認為個人的貴賤禍福，國家的盛衰治亂，都由命中預定，人力不能改變它。這仍是受了時代的限制，免不了世俗之見。