清代思潮的變遷可分三期：
（一）啟蒙期。特點是對於明末理學的反動，主張匡救時艱的實學，但仍不完全擺脫理學的窠臼，尤其是都以為必須通經方能救時。開創清學的大師是顧炎武，他研究當時郡國利病，對實際問題有貢獻，同時奠立了考證學的基礎。其他考證的名家有胡渭、閻若璩。重苦行實踐的有顏元、李塨；以史學為根據而注意時事研究的，有黃宗羲、萬斯同；專治天文算學，開自然科學之路的有王錫闡、梅文鼎。
（二）全盛期。特點是對理學不再攻擊，也不因襲它，又不抱通經致用的觀念，完全脫離實際而作書本上的考證，即為考證而考證，為經學而治經學（以上幾點不適用於戴震），主要人物是惠棟、戴震、段玉裁、王念孫、王引之等，號稱漢學正統派。
（三）沒落期。特點是正統派趨於沒落，僅俞樾、孫詒讓等一二大師守最後壁壘，而今文派康有為等，因晚清時局動盪，乃企圖借經學為改良時政的工具，於是著《新學偽經考》，抹煞古文經傳，根據《公羊》，創「孔子托古改制」說，又著《大同書》以表現自己的理想，雖救時的志願可嘉，但其治學態度全憑主觀，對於經學本身並沒有什麼成就，所以這一派也不能發展。
在這三期中的主要學派有四個：（一）浙東學派——黃宗羲（梨洲）創立，萬斯同、毛奇齡等繼之；（二）東吳學派——創自吳江惠氏祖孫三世，即惠周惕、惠士奇、惠棟（定宇），繼之者有餘蕭客、江聲（艮廷）、錢大昕、王鳴盛等；（三）皖南學派——創自婺源江永（慎修），其弟子戴震更光大之，繼之者有胡培翬、段玉裁、王念孫、王引之等；（四）常州學派——從武進莊存與開始，繼之者有劉逢祿、宋翔鳳、魏源、龔自珍等。
上述東吳、皖南兩派，都屬於全盛期的考證學派；但吳派揭漢學旗幟，拘守漢人學說，毫無創造精神；皖派鉅子戴震，並不自命為漢學，但使人從漢學以求新發見，其治學方法根本在「實事求是，無征不信」。所謂樸學，應該以皖派為中堅。因清之樸學，並不是東漢古文學的再現，而是具有進一步的發展的，在其極盛時期，種種專門學術如文字學、音韻學、金石學、史學、地理學、天算學等，都分途進行，而類書的編纂，叢書的校刊，偽書的辨明，佚書的搜輯以及古書的校勘，也是他們的業績。
常州學派頗注意於今文學的研究，為晚清今文學的先導者，繼之者除康有為外，還有王闓運、廖平、皮錫瑞，以及近人夏曾佑、崔適。樸學正統，到最後還有章炳麟（太炎），新派有王國維（靜安）、羅振玉。繼章氏學者有黃侃（季剛）、吳承仕（檢齋）等。
總而言之，清代經學凡三次變化，開始為漢宋兼采，乾嘉時期，東漢之古學全盛，晚清則西漢今文學再起。在此等變化中，有幾次的理論鬥爭，即（一）漢學和宋學的鬥爭；（二）今古文的鬥爭。江藩著《國朝漢學師承記》，對正統派經學竭力推崇。方東樹著《漢學商兌》，則代表宋學施行反攻。至於今古文的鬥爭，則從康有為與章炳麟兩氏的著作中可以看到。