之後，維希尼克來到了柏林和家人相會，一住就是十九年，還在那兒娶妻生子。他在柏林的生活非常苦，除了小家庭的生計之外，又必須負擔父母及妹妹的生活費用。他待過郵購品工廠、保險公司、打字行、汽車工廠、地產公司，等等。在這麼辛苦的情況下，他還利用傍晚時間在柏林大學選修東方藝術課程，並且和一些醫生進行生物研究，同時也研讀一般光學及特殊光學。他這番努力沒有白費，最後終於完成了自己的一套系統——「以磁性光來顯露顯微鏡下活生生的內部組織」。
本來猶太人生活在德國一直是平安無事的，納粹黨得勢之後，反猶太風也漸漸興盛起來。有一次，一位納粹雜誌的編輯因不知道維希尼克是猶太人而找他拍照，為的是要用顯微鏡來攝取純種雅利安人（納粹黨人指具有日耳曼血統的人）的血清和猶太人的血清不同處在哪裡。當維希尼克回答他，所有人種的血清都不會有什麼大的不同時，這位納粹黨徒輕蔑地轉身就走。這個徵兆使他覺得自己的民族在這個國家的噩運就要來臨了。在所有人都還心存僥倖，以為希特勒所揚言的要毀滅猶太人是誇大其詞時，維希尼克就先天下之憂而憂地開始從事他這一生中最重要的使命——為自己的同胞照相。他感慨萬千地回憶：
那時我就知道，只要希特勒一逮到機會就會把猶太人趕盡殺絕。而誰能來保護這些人呢？我曉得自己也幫不了忙，於是我下定決心，身為一個猶太人，我對祖先的責任，就是把祖先生於斯傳於斯，而今受到威脅的同種民族，起碼用照片保存下來。那是個即將消失的世界啊！
三十九歲那年，維希尼克開始著手他的艱難計劃。他帶著兩架相機，一架是專門用來拍室外的羅萊6cm×6cm相機，一架專門用來拍室內的萊卡雙眼小相機。他花了四年時間，行遍了波蘭、匈牙利、捷克、拉脫維亞、立陶宛等國的所有猶太人社區。他的所有照片幾乎全部是偷拍的，因為在那時，隨時都可能因四處拍照而被逮捕。
維希尼克借編織品推銷員的身份，來掩飾及解釋他為什麼盡去那些窮鄉僻壤，並且用一個公事箱來隱藏他的裝備。他宿在民房，吃在最廉價的餐館。
有一回，在捷克的一個小村莊裡，由於被警察看到他的相機，他被關進監獄達一個月之久。有關當局一再偵訊他，還檢查底片是否洩露了軍機。
由於他和家人的生活一直很拮据，經常會缺錢用，因此維希尼克還得定期回到柏林打些零工，等存款足夠支付家人開銷及自己的旅費時，才再度到東歐小國繼續拍照。
戰後（1947），維希尼克的一部分照片以《波蘭猶太人》的名稱出版，這是一位有宗教興趣的人資助出版的書。三十多張照片的內容偏重在人物的精神生活面貌。這本由Schocken Books公司出版的書只發行了三千八百本的初版就絕版了，因此在當時的影響力是很小的。維希尼克曾經很遺憾地指出，這本書沒有收錄任何一張他所強調的猶太人在經濟生活方面的掙扎臉孔，與他的心願和構想是有距離的。
1939年，反閃族（包括希伯來人、阿拉伯人、腓尼基人及亞述人等）主義在德國達到沸點。維希尼克再也待不下去了，他先把妻子兒女送到瑞典和妻子的娘家相聚，自己也準備趕緊離開柏林。後來卻因拉脫維亞被蘇俄吞併（維希尼克在初次抵達拉脫維亞之後，一直使用拉脫維亞的護照），他被警方以無國籍為由關在集中營三個月，後來在拉脫維亞流亡政府的協助下才被釋放。維希尼克於次年和家人在美國紐約相會。