黎元洪和段祺瑞坐在了一起，開始討論該如何繼續管理這個國家的問題。兩人要討論的第一個問題，就是到底該採用哪部憲法。最後，兩個人都同意用孫先生後來起草的那部《臨時約法》，但兩個人的理由卻是不同的。
黎元洪是要繼續當大總統的，因為他是袁世凱的副總統，按照法理，如果大總統死了，副總統要繼任的。但在袁世凱自己搞的那部憲法裡，有關副總統的繼任是這麼規定的——副總統只能繼任33天，33天後要進行全國大選，重新選舉總統；而在《臨時約法》裡，孫先生規定，如果總統死了，副總統繼任，並且一直繼任到下一屆國會開會，再選舉新的總統。所以，身為副總統的黎元洪當然希望能採用孫先生的《臨時約法》了，這樣他就能多當幾年總統，雖然《民國約法》中的總統權力更大，但畢竟只能當33天。
段祺瑞也想要採用《臨時約法》，因為《臨時約法》就是為了限制袁世凱而制定的憲法，它規定了責任內閣的權力很大。袁世凱死後，總統的位置固然是要歸黎元洪的，但總理的位置就非段祺瑞莫屬了，其實早在袁世凱還在位的時候，段祺瑞就已經當過總理了，只是因為後來袁世凱要稱帝，段祺瑞跑了。
總之，在憲法的採用問題上，黎元洪和段祺瑞一拍即合，採用了《臨時約法》，不過，《臨時約法》雖然對兩人都有利，但也埋下了府院之爭的禍根，因為它畢竟沒有寫清楚總統跟責任內閣的權力和權限，新的大總統黎元洪和總理段祺瑞只能摸著石頭過河，小心翼翼地試探著對方。沒想到這兩個人相互摸索和合作得還不錯。因為段祺瑞是個很聰明的人，他親眼看到他大哥袁世凱因為不想辦共和而違背了民意，最後眾叛親離一命嗚呼，段祺瑞絕不能讓自己重蹈袁世凱的覆轍，所以他覺得自己應該表現得更尊重人民的意願，而且段祺瑞也很想名留千古，於是他提出了再造共和，黎元洪也沒什麼意見。於是，民初國會重新開張了，議員也都回到了北京，開始選舉。
重新開張的民初國會選舉，其實就是由段祺瑞的責任內閣負責提名，黎元洪負責蓋章，看起來有點像法國的二元制政府，責任內閣的權力雖然很大，但因為章在總統手裡，所以總統還是有點權力的。對於責任內閣的提議，黎元洪基本上都能同意一半，或者一大半，然後他也發言幾句，體現一下自己的存在感，如果責任內閣提名的都是北洋系的人，黎元洪就會說，不行，我也得提名幾個革命黨的人，因為我們得跟南方保持團結，否則在南方的孫先生不會同意的。對於黎元洪的意見，段祺瑞也都表示同意，因為段祺瑞覺得，可能人家先進的西方國家也是這麼玩的，大家各退一步，各自做一點妥協，提名一些國民黨人，再提名一些革命黨人，讓各方勢力都維繫平衡。
值得一提的是，黎元洪和段祺瑞雖然在大問題上合作得非常不錯，表現得都非常大度，卻在一件小事上發生了一次爭執，而且還鬧得不可開交。段祺瑞手下有一個特別親信的幕僚，名叫徐樹錚，徐樹錚是一個極其傲慢的人，他只相信槍桿子的力量，對於共和相當不屑。段祺瑞本人當然是極力想要辦共和的，但他手下的人不一定都能理解共和，而且段祺瑞確實離不開徐樹錚，大事小情都得問問徐樹錚的意見。後來，段祺瑞想任命徐樹錚，按照程序，需要黎元洪來蓋章，沒想到黎元洪死活不肯蓋章，因為徐樹錚曾經在公開場合辱罵過黎元洪。黎元洪雖然一直小心地維繫著和段祺瑞的關係，但在徐樹錚這件事上，卻史無前例地擺出了強硬的姿態。段祺瑞也很堅持，因為徐樹錚是他手下最重要的幕僚。就這樣，兩個人各持己見，誰也不願意妥協，一時間陷入了騎虎難下的境地。
後來是如何解決徐樹錚這個燙手山芋的呢？說來也巧。因為徐樹錚這個人實在是太傲慢了，他連大總統黎元洪都敢罵，更別提國會裡的其他人了。就在黎元洪和段祺瑞鬧得不可開交的時候，徐樹錚居然又跟國民黨的內務部長打起來了，因為徐樹錚老是在國務院裡指手畫腳，導致國民黨的內務部長無法忍受了，站起來對他說，你還不是國務委員呢，充其量也就是總理的秘書，國務院的事情由我們這些國務委員來管理，你給我閉嘴。徐樹錚哪兒受得了這個氣，兩個人當場就掐起來了，鬧到有他沒我、有我沒他的地步。最後段祺瑞沒辦法，只好去找黎元洪說，反正我也受不了你們家這位內務部長，你也受不了徐樹錚，咱們府院之間也不能老這麼鬧下去，不然這樣吧，還是各自退讓一步，讓他們兩個人全都辭職吧。最後，府院還是各退一步，打了個平手。
類似的事情在今天的民主國家裡也時有發生，執政黨和在野黨之間，或是執政黨和國會之間，經常要做雙方的妥協，這是辦共和的過程中經常會發生的事，其實沒有什麼大不了的，因為府院雙方都想繼續彼此合作，把共和辦下去。但接下來就發生了一件真正的大事——第一次世界大戰。
其實「一戰」早就爆發了，日本也早已經佔據了青島，但那都跟我們沒什麼太大的關係，我們只不過就是在一旁看著列強相互打架而已，因為人家沒有來欺負我們，我們也不敢得罪列強，更何況戰局也非常不明朗，看不出來誰會輸誰能贏。說起來，第一次世界大戰一直打到最後半年，都看不出輸贏。「一戰」是一次極其奇怪的戰爭，它爆發的時候沒有人看得出來，它結束的時候也沒有人看得出來，所以大家都沒把「一戰」當回事，更沒有人想到要去參戰。
結果到了1917年的時候，美國突然參戰了。美國人愛熱鬧，它一參戰，就想拉著大家都去參戰，於是美國跑來跟段祺瑞說，你們中國來參戰吧，如果你們參戰，美國就可以給你們好處，比如取消「庚子賠款」，放棄治外法權，修改海關稅則，提高進口關稅。段祺瑞一想，外爭國權，內修內政，這不是天大的雙重好事嗎？第一，中國去宣戰，美國就不管我們要「庚子賠款」的錢了，治外法權也不要了。第二，還有一件隱秘的好事，那就是日本把青島給佔領了，法理依據是日本向德國宣戰了，日本跟德國處於戰爭狀態了，所以原本歸德國佔據的青島就歸日本了，可德國根據什麼法理擁有的青島呢？那就是我們跟德國簽的條約，把青島租借給了德國。那麼，如果我們向德國宣戰的話，我們和德國簽訂過的一切條約就都作廢了，青島也就不是德國的了，日本接收青島也就不合法理了。
這麼看來，宣戰對我們來說是有百利而無一害的。於是段祺瑞就找到黎元洪說，咱們加入協約國，向德奧宣戰吧。黎元洪當場大驚失色，堅決不同意宣戰，因為中國當時所有的陸軍，尤其是從小站練兵訓練出來的北洋軍隊，都是在德國軍官的指導下成長起來的，連裝備都是德國的毛瑟槍和克虜伯炮，可以說，中國的北洋軍就是德國人訓練出來的軍隊，他們對於德國和普魯士軍人有著無限的崇拜，他們都相信德國絕對輸不了。所以黎元洪堅決不同意向德國宣戰，在黎元洪的鼓動下，國會也反對宣戰，一大堆的知識分子也不同意宣戰，比如梁啟超等，大家都說，如果段祺瑞向德國宣戰，中國肯定會亡國。
各省的督軍也都開始鼓噪起來，反對宣戰，但督軍的想法和知識分子又有所不同。段祺瑞雖然是北洋系的大佬，但他長期身居高位，已經不直接帶兵了，手上其實一個兵也沒有，兵都在各省的督軍手上，而且每一名督軍還都兼著至少一個師的師長，所以督軍們覺得，段祺瑞口口聲聲要宣戰，但他手上卻沒有兵，一旦宣戰了，那不就得讓督軍們去打仗嗎？難道要讓這些由德國軍官親手訓練出來的軍隊，去歐洲戰場上和德國人打嗎？這事絕對不行。
於是，段祺瑞就在北京召開了一個督軍大會，把各省的督軍都召集來，跟大家說了一件很機密的事情，那就是日本許給段祺瑞的好處。日本當然是很早就向德國宣戰了，而且也在戰爭中損失巨大，不過現在美國也參戰了，整個戰局由美國來帶頭了。日本本來是不希望中國宣戰的，因為宣戰是有紅利的，日本想要獨吞亞洲的宣戰利益，結果現在美國一直鼓動中國宣戰，日本也就聽從美國的意見，希望中國參戰，而且日本給中國開出的條件比美國的還好，美國只承諾取消「庚子賠款」和放棄治外法權等，日本則直接提出，如果中國參戰，日本就幫中國訓練參戰軍隊，還無償給中國提供貸款和武器。段祺瑞還進一步向各省的督軍承諾，一旦宣戰，他不光提供軍餉和武器，還給每個省擴充一個師的兵力。
既給錢，還給武器，又幫忙練兵，還給擴充兵力，在這麼大的好處的誘惑下，各省的督軍頓時不再反對宣戰了，他們回到各省，紛紛向全國發表通電，支持宣戰，民國時代是一個通電政治的時代，大家有事沒事都愛用通電來表明自己的立場。督軍們這一通電，府院之爭也就越發地僵持不下了。其實早在這之前，黎元洪就已經被迫讓了步，跟德國斷交了，但斷交歸斷交，直接向德國宣戰就是另一回事了。宣戰是總統的特權，只要總統不開口，宣戰就不合法理，美國的憲法也是這麼規定的，只有總統才有權力代表國家對外宣戰。總之，黎元洪堅持不肯宣戰，段祺瑞說你不宣戰拉倒，我直接越過你，由國會來代表國家宣戰，而且國會已經被說服得差不多了，再加上我們的《臨時約法》裡，對宣戰權力這件事寫得也不是很清楚，可以鑽這個空子。
如果國會單方面向德國宣了戰，總統也就沒法阻攔了，沒想到這個時候段祺瑞的手下辦壞了一件事。段祺瑞本身是個很有道德的人，他是信佛的，常年吃素，不抽煙，不喝酒，不貪不腐，兩袖清風，相當高風亮節，後來日本人侵華的時候，段祺瑞寧可到天津去當寓公，也不肯向日本人妥協，日本人想讓他組成華北漢奸政府，他就跑到上海去。可就是這麼有道德的一個人，卻不懂文明。有道德沒文明，這也是幾乎所有北洋軍頭的最大特點，段祺瑞手下的人也跟他一樣，基本上是些大老粗，根本不懂得「文明」二字對議會的重要性，要搞定議會，讓議會同意宣戰，不能靠耍流氓和蠻力，而應該去耐心遊說。
結果到了議會要投票決定是否宣戰的那一天，段祺瑞手下又把袁世凱稱帝那一套伎倆拿出來了，搞了好多公民請願團，來表達渴望宣戰的心情。段祺瑞還不知道這是自己手下的人組織的，他還挺高興，以為真的有公民請願團來支持自己。要知道，這些所謂的「請願團」，其實就是花錢買來的便衣警察、地痞和流氓，這些人一時沒控制住，就把前去維持秩序的國會議員給打了，而且還衝進了國會，鬧得一塌糊塗，導致國會的議員們震怒，他們本來已經差不多接受了宣戰的提議，這回堅決反對宣戰了，段祺瑞又沒有袁世凱那麼強勢，不敢把國會議員囚禁起來強迫他們支持自己。最後，段祺瑞弄巧成拙，碰了一鼻子灰，不僅沒能得到國會的支持，反倒因為組織地痞和流氓毆打國會議員，而被黎元洪抓到了小辮子。
府院之爭達到了高潮，段祺瑞和黎元洪之間的合作徹底破裂，兩人形同水火。黎元洪以大總統的身份下令，解除了段祺瑞的總理職務，段祺瑞一怒之下跑回了天津，也發了一個通電，表示總統若要按照《臨時約法》來解除他的總理職務，需要有總理的副署的簽字，因為段祺瑞沒有副署，所以黎元洪沒有資格解除他的總理職務，是非法操作。段祺瑞這邊的通電一發出來，國務委員們立即紛紛辭職，結果導致整個內閣裡一個國務委員都沒有了，黎元洪成了光桿總統，趕緊拉著國會一起呼籲全國團結，等等。
直到這個時候黎元洪才意識到段祺瑞的厲害。段祺瑞和黎元洪一樣，手底下並沒有兵，但段祺瑞畢竟是北洋系的一把手，全國有11個行省的督軍都是北洋軍頭，段祺瑞一聲令下，這11個行省立馬都宣佈獨立了。這可比孫中山先生的二次革命厲害多了，二次革命的時候，是由四位國民黨的督軍宣佈獨立，這回居然有11個之多，而且這些行省不光是獨立，還在天津成立了總參謀部，直接出兵了，打先鋒的就是張勳的拜把子兄弟倪嗣沖，倪嗣沖從安徽發兵，部隊很快就到了天津。
事情發展到這一步，黎元洪是徹底傻了，情急之下，他想出了一個下下策——電召張勳率部進京調停。