在一五六八與一五六九年間的冬天，諾福克公爵叛意越來越濃，尤其在薩賽克斯伯爵離開後，他似乎再也沒有阻礙，薩賽克斯伯爵被指派為英國北郡議會主席，不得不聽命於曾追求伊麗莎白女王的阿倫德爾伯爵亨利·菲查倫。加上幾位英國北部的天主教貴族人士，包括諾森伯蘭伯爵與德比伯爵，都希望包括塞西爾與萊斯特伯爵等這一群強硬派的異教徒能夠被逐出樞密院，這些人近來已逐漸走向極端新教主義，成為俗稱的清教徒。
十一月時，因為塞西爾的策劃，英國成功地從西班牙船艦上偷取了八萬五千英鎊——這是菲利普國王向熱那亞的銀行家商借，用來支付亞爾瓦公爵麾下士兵的錢——以救助貧困的南安普敦，使得英國與西班牙間的關係更趨惡化。一五六九年一月，伊麗莎白女王不但沒有將錢還給西班牙，在缺乏資金的狀況下，她無禮地表示要將這筆錢沒收充公，並表示她會將錢直接還給熱那亞的銀行家。有一段時間，各界都十分憂心，菲利普國王一氣之下將以此意外作為借口向英國宣戰，但諾福克公爵與阿倫德爾伯爵，則在西班牙大使德·斯佩斯的支持下，盡可能地讓塞西爾背負英國與西班牙交惡的責任，希望能盡快打倒塞西爾，讓他淪落成倫敦塔的囚犯。
幾周內，因為得知塞西爾仍然想方設法要阻止他與女王結婚——雖然這麼多年過去了，這個指望早已變成不實際的妄想——萊斯特伯爵就成了這項陰謀的共犯。儘管諾福克公爵與阿倫德爾伯爵十分厭惡他，但仍無法拒絕他的支持，因此有一段時間，這三個男人間的關係相當和平。
然而，菲利普國王不但沒有向英國開戰，反而只是下令要駐紮在尼德蘭的軍隊羈押英國船隻與財產。他認為在與英國正式開戰前，讓荷蘭方面的臣子再度歸順才是主要任務。
一五六九年一月份，瑪麗·斯圖亞特終於移監特伯利城堡。這是一個位於英國斯塔福德郡一處殘破不堪又陰森的城堡，瑪麗·斯圖亞特對此自然是非常不情願。在接下來十五年間，這份工資過低又負荷過重的嚴密看守職務便都是交由第六代士魯斯柏立侯爵喬治·塔伯特（George Talbot，Sixth Earl of Shrewsbury）來執行。他的夫人就是可怕的伊麗莎白·卡文蒂希，也就是歷史上鼎鼎大名的「哈維克的貝絲小姐」。儘管貝絲小姐多次與伊麗莎白女王起衝突，伊麗莎白女王依然相信士魯斯柏立侯爵。瑪麗·斯圖亞特與這兩人相處愉快，甚至親手製作禮物給貝絲小姐，並以她「那有說服力的語調、考慮周到的腦袋、不屈服的勇氣與開闊的心胸」將恪守清規的士魯斯柏立侯爵迷得神魂顛倒。英國樞密院於是警告他「千萬別讓她控制了他，甚至協助她逃亡」。塞西爾對瑪麗·斯圖亞特的詭計特別戒慎恐懼，他打從心底認定「就算這對夫婦在來到她身邊前非常厭惡她，只要她靠著絕對的機智與甜言蜜語，就有可能扳回一城」。
伊麗莎白女王本人對瑪麗·斯圖亞特沒有什麼耐性，只能以女王身份面對她。她對瑪麗·斯圖亞特的人格評價極低，當女王發現法國大使認為「蘇格蘭女王的語調與外貌肯定有其非凡之處，才能讓她的敵人都為她辯護」，她感到十分不悅。
而在士魯斯柏立侯爵的照顧下，瑪麗·斯圖亞特得以在他於英國中部的各處居所輪流居住：特伯利、溫菲德、查茲華斯與謝菲爾德城堡。一五六九年，士魯斯柏立侯爵承認自己無法抵擋瑪麗·斯圖亞特的魅力，將他對瑪麗·斯圖亞特的印象留下給後世子孫：「她除了是一個好人外，事實上和我們的女王無法相比，兩人同樣都有十分誘人的優雅儀態，但她有悅耳的蘇格蘭口音，在溫暖動人的特質下，包裝著洞悉人心的智慧。也許有些人會在名望的驅使下為她解圍，而一起獲得榮耀的氛圍可能會擾亂他的心，為她冒險。」他非常清楚，瑪麗·斯圖亞特「能如何影響人心。她留著一頭黑髮，但諾利斯爵士卻說她的髮色多變」。
受到英國與西班牙關係惡化的消息鼓舞，這一年的一月，瑪麗·斯圖亞特與德·斯佩斯大使聯絡，表示放棄蘇格蘭王位簡直就是要她的命，同時允諾「若你的主公能助我一臂之力，三個月內我定能成為英國女王，全國各地都將響起彌撒曲。」德·斯佩斯大使一五一十地轉述了瑪麗·斯圖亞特的話，同時請求菲利普國王在尼德蘭海域下達英國船隻禁運令，只是這個海域的貿易利益之大，此政策從推出之際便注定要失敗。
緊接著，在瑟洛摩頓爵士的推動與萊斯特伯爵的支持下，讓瑪麗·斯圖亞特與諾福克公爵結婚，婚後隨即讓瑪麗·斯圖亞特復闢為蘇格蘭女王的策略再度浮上檯面。唯一的條件是，瑪麗·斯圖亞特必須同意保留蘇格蘭的新教信仰，並與英國交好。只要瑪麗·斯圖亞特與諾福克公爵成婚，也就能說服伊麗莎白女王將瑪麗·斯圖亞特預立為王儲，繼位問題就此解決；而瑪麗·斯圖亞特也將不再是天主教反抗軍的焦點人物，同時英國與西班牙間的邦誼也可望恢復。但塞西爾是這個計劃最大的絆腳石，這也是諾福克郡公爵與阿倫德爾伯爵組成的派系希望能逼他離開的原因。目前為止，他們對付塞西爾的陰謀計劃，已經得到許多英國北郡貴族與西班牙大使德·斯佩斯的支持，但無論如何，德·斯佩斯大使一直都是個禍根。
顯然，讓瑪麗·斯圖亞特與諾福克公爵成婚的計劃並未得到伊麗莎白女王的首肯，儘管此計劃的細節曾透過貴族聯署的一封信與瑪麗·斯圖亞特溝通過。另外還有萊斯特伯爵，他肯定知道自己正走在一條危險的不歸路上。但歷史證據顯示，對諾福克公爵懷疑已久的伊麗莎白女王，顯然猜到了他們的計謀，但她決定在表態支持或譴責之前先靜觀其變。
到了二月，一位佛羅倫薩銀行家羅伯特·理達費（Robert Ridolfi）來找德·斯佩斯大使。事實上是諾福克公爵與阿倫德爾伯爵派遣他前來當說客，盼望西班牙方面能支持這個計劃。理達費告訴西班牙大使德·斯佩斯，他們希望在適當的時機下，重新建立英國的天主教政府。顯然他們希望能得到亞爾瓦公爵軍力的支持，但當他們發現這僅是奢望後，便漸漸瞭解趕走塞西爾的計劃難以成功。
這個計劃一片灰暗的前景，讓他們陷入絕望之中。於是在聖灰日這一天，正當女王在晚餐時間於謁見室接見他們時，萊斯特伯爵大膽地告訴伊麗莎白女王，因為國務大臣的領導技巧不佳，因此多數的臣子都為國家事務感到憂心不已，再這樣下去，若非英國面臨危機，就是塞西爾可能得人頭落地。對此，伊麗莎白女王爆發了一陣怒氣，禁止萊斯特伯爵再說出任何反對塞西爾的話，同時明確表示，無論如何都無法改變塞西爾在她心中忠心耿耿的形象。
當時也在場的諾福克公爵跟著加入爭論。他向女王表示，許多貴族對塞西爾都抱持著與萊斯特伯爵一樣的看法。此刻，伊麗莎白女王的情緒壞到極點，大吼著要他閉嘴。但當諾福克公爵在女王面前向北安普敦侯爵表示：「當萊斯特伯爵支持並贊同國務大臣的意見時，女王多麼寵信他呀；但現在他抱持著正確的信念，反對國務大臣的意見時，女王對他根本沒好氣，甚至還想把他打入大牢。不，不！他並不孤單！」伊麗莎白女王對此卻保持緘默。
這件事使萊斯特伯爵感到焦躁異常，於是他威脅諾福克公爵，要將他反對塞西爾的陰謀告訴女王。但此時的塞西爾已經猜到這些人的密謀，也知道自己的未來與生命都將受到威脅，於是開始友善地對待諾福克公爵，小心翼翼地不要引發諾福克公爵與他同黨的怒火。同時，塞西爾也開始著手進行拉攏萊斯特伯爵的計劃，而萊斯特伯爵也很快地警告他要小心。國務大臣有伊麗莎白女王在背後撐腰，情勢發展至此，這些密謀反對他的人也瞭解到，塞西爾所向披靡。
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到了四月，瑪麗·斯圖亞特發現，她在蘇格蘭的支持者，並未與莫雷伯爵達成和解，因而感到氣憤難平。在重度憂鬱之中，她完全沒有食慾並常常哭泣。而伊麗莎白女王則十分盼望表侄女這個麻煩人物盡快離開她的國家；同時也一直抱著與蘇格蘭方面協商遣返瑪麗·斯圖亞特的希望，但得先確定她返回蘇格蘭後的安危，才能送她回去。莫雷伯爵強烈反對伊麗莎白女王對瑪麗·斯圖亞特的安排，這一點也並未讓瑪麗·斯圖亞特感到好過。無論如何她依然不屈不撓。
然而，瑪麗·斯圖亞特發現了一個逃脫的方法。諾福克公爵一開始反對娶一個叛國賊的想法，隨著時間的流逝，針對此事他開始更進一步地思考：對他來說，若她與玻斯威爾侯爵的婚姻無效，蘇格蘭女王與忠心耿耿的英國貴族結婚，是非常合理的安排；當瑪麗·斯圖亞特復位後，他便能在蘇格蘭捍衛伊麗莎白女王的利益。除此之外，當然，他自己也能得到加冕的機會。於是在一五六九年五月，瑪麗·斯圖亞特透過羅斯郡主教得知正式求婚的消息，讓她感到喜不自勝，原本伊麗莎白女王理應反對這個計劃，但到了六月份，瑪麗·斯圖亞特已經開始與諾福克公爵通信，這代表他已展開了追求。瑪麗·斯圖亞特在信末寫上「對你充滿信心的瑪麗」，而且身為前蘇格蘭女王，瑪麗·斯圖亞特還送「我親愛的諾福克」一個親手縫製的坐墊，上面繡著一把亮晃晃的刀切斷一個據說是代表伊麗莎白女王的綠葡萄籐。兩人對於浪漫愛情都不感興趣：這只是將兩股野心勢力結合的過程。
由於諾福克公爵知道伊麗莎白女王認為他覬覦蘇格蘭國王的地位，甚至會反噬圖謀她的英國王位，因而可能會反對這樁婚事，諾福克公爵於六月份開始遊說他的舊敵塞西爾，希望能得到他的支持。但塞西爾對瑪麗·斯圖亞特的懷疑甚深，不斷提醒諾福克公爵，要擺脫這個泥沼唯一的方法，就是向伊麗莎白女王坦承錯誤。萊斯特伯爵則擔心自己涉入此案，他向塞西爾表示——雖然塞西爾可能想起之前這群人反對他的陰謀——自己並未背叛他的信任。在確定他們能說服伊麗莎白女王這事對她有利之前，沒有任何一位謀反同黨願意向女王透露這個婚姻計劃。
諾福克公爵實在太畏懼伊麗莎白女王的怒氣，因而不敢輕易聽從塞西爾的建議，但依然有人向女王透露此事，因此到了七月底時，諾福克公爵向瑪麗·斯圖亞特求婚一事在宮廷中已人盡皆知。事實上，樞密院多數成員都支持這個計劃。伊麗莎白女王則在侍女們的談笑間，聽聞了這樁計劃，但她憂心兩人將聯手對付她，因而持反對意見。於是在八月一日，與諾福克公爵在裡奇蒙德宮花園見面時，伊麗莎白女王給了他一個坦白從寬的機會。女王問剛從倫敦來的他，有沒有什麼特別的消息。諾福克公爵可能猜到女王意有所指，因而表示什麼也沒有。
「沒有？」女王裝作非常驚訝地又問了一次。「你從倫敦來，結果連個婚禮的消息都不知道？」柯林·登小姐不經意地現身，還帶著花束獻給女王，卻意外拯救了諾福克公爵，讓他不用回答女王的問題。他抓住這個機會，趕緊溜到萊斯特伯爵的房間去。當萊斯特伯爵從金斯頓狩獵回來時，諾福克公爵趕緊問他認為自己該怎麼做，萊斯特伯爵則答應，若時機許可，將為他在女王面前說情。
八月初，當莫雷伯爵向伊麗莎白女王清楚表明，他與其他蘇格蘭貴族，都不會接受瑪麗·斯圖亞特復辟時，支持這段婚姻的人都大感不滿。這個消息也讓伊麗莎白女王憤怒不已，於是她矢言繼續為瑪麗·斯圖亞特復位一事努力。只是，看來唯一的方法就是訴諸武力，但莫雷伯爵知道，伊麗莎白女王一定盡可能地避免走到這一步。
八月五日，英國皇室每年夏天的例行出巡，來到了歐丹茲，到了八月十一日，則來到吉爾福德附近的洛斯黎公園，也是威廉·摩爾爵士的領地。現在，當年女王出巡時所住的房間，依然存在。隔天早上，伊麗莎白女王坐在前門的階梯上，聽著摩爾爵士的孩子們漫不經心地邊演奏著魯特琴邊歌唱時，萊斯特伯爵跪在女王身邊，談起了諾福克公爵的事。伊麗莎白女王允諾，幾天內將與公爵好好討論。
兩天後在法納姆，伊麗莎白女王邀請諾福克公爵與她私下餐敘——這是難得的殊榮——但席間女王給了他多次機會坦白，他卻依然沒有勇氣坦承自己已向瑪麗·斯圖亞特求婚一事。晚餐結束後，諾福克公爵憶道：「她故意刺了我一下，她說希望我每天晚上都能睡得安穩。」——故意引述他前一年夏天所說的話。「女王陛下的話讓我感到不安，但我認為當時的時間與地點，不太適合麻煩她。」儘管如此，伊麗莎白女王依然給他許多機會坦白從寬，但他一直都沒有抓住機會。他已決心朝向結婚之路前進，並向一名友人透露：「在失去這段婚姻之前，他可能會先失去性命。」
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六月，亞爾瓦公爵以菲利普國王之名清楚地向德·斯佩斯大使表示，西班牙不會與英國開戰，要他不准涉入任何反叛伊麗莎白女王或其政府的陰謀中，盡量保持中立。
但德·斯佩斯大使是個無可救藥的禍頭。八月八日，亞爾瓦公爵便向菲利普國王抱怨，德·斯佩斯大使完全不聽從其命令，他已與英國北郡的叛亂權貴連成一氣，企圖營救瑪麗·斯圖亞特並將她立為英國女王，同時也不斷鼓勵諾福克公爵與瑪麗·斯圖亞特結婚。
出巡中的英國皇室氣氛陷入一片緊張。伊麗莎白女王聞到叛變的味道，怒氣一觸即發，瑪麗·斯圖亞特可能也有份，讓她更加生氣，於是向法國大使費奈隆抱怨，她在表侄女面前盡力扮演慈母的角色，瑪麗·斯圖亞特卻以涉嫌策動叛變來回報她。「對待一個不想善待母親的人，不如就配給她一個邪惡的後母吧！」然而法國大使卻表示，不相信檯面下有不祥的事情在運作著，但伊麗莎白女王只是搖搖頭。
「我已經知道這些製造麻煩的人是誰，」她宣佈，「而且有些人的項上人頭要小心了。」
九月初，皇室出巡來到漢普郡南安普敦伯爵位於蒂奇菲爾德的領地，女王陛下已經陷入一種狂怒的情緒中，她怒氣沖沖地對著塞西爾與萊斯特伯爵大聲斥責，並指控他們隨著瑪麗·斯圖亞特起舞，意圖謀反。萊斯特伯爵逃上床假裝生病。到了九月六日，他哀求女王來探望他，當女王坐在他的床邊時，他將諾福克公爵依然妄想迎娶瑪麗·斯圖亞特一事據實以告。
伊麗莎白女王則說，若這兩人真的結婚，婚後四個月內，她可能很快就要回到倫敦塔去蹲苦牢。萊斯特伯爵悲慘地哀求女王，原諒他之前涉入此項陰謀，解釋當時他誤以為自己這樣做對女王最好。女王當真以為他病重，在憂心他的健康情形之下，便發自內心地原諒了他。
至於諾福克公爵，又是另一回事了。當天下午，伊麗莎白女王召見他到宮中的長廊，發了一頓脾氣，對他的不忠誠加以訓斥，同時要他為自己的忠貞發誓，「再也不與蘇格蘭人胡來」。諾福克公爵打著哆嗦，試圖以輕鬆的態度解釋自己的計劃，他表示自己「並沒有非常看重瑪麗·斯圖亞特」，而且並不非常重視與她結婚這件事。但伊麗莎白女王卻不為所動，將她的厭惡表現得非常直接，而諾福克公爵也發現，宮中所有人都疏遠他，包括萊斯特伯爵。九月十六日，諾福克公爵不告而別返回倫敦，並賭氣似地繼續追求瑪麗·斯圖亞特，他認為此刻已然無法在不失顏面的狀態下抽身。伊麗莎白女王深感事有蹊蹺，於是從桑迪斯勳爵位於貝辛斯托克拜恩一帶的宅邸送出了召集令，命令諾福克公爵回宮。此時，塞西爾則安排人持續監視德·斯佩斯大使，他的信件往來也都必須受到檢查；為了謹慎起見，他同時也命令全國各地忠誠的臣子們，為各種緊急狀況做好準備。
九月二十三日，伊麗莎白女王總算返回溫莎堡，於是也發現諾福克公爵雖宣稱自己吃了治療瘧疾的瀉劑，因此當天無法外出，但事實上卻忽視她的召令，甚至跑到他所屬領地的諾福克郡的肯寧霍爾。伊麗莎白女王隨即有所警覺，認定他的意圖就是要在他的領地上激起反抗她的勢力，因此在九月二十五日這天，伊麗莎白女王對他下達了一個至高無上的命令，要求他即刻回到溫莎。但又一次地，諾福克公爵實在太過畏懼而不敢聽話照做，儘管瑪麗·斯圖亞特曾在一封信中要求他不要害怕，要勇敢面對她的表姑。
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最巧的是，就在同一時間，英國北部也正在醞釀另一個推翻女王的行動，主要來自當地的長期鬥爭，與皇室長期以來對當地的干涉，因此當地貴族想要重建舊宗教作為當地主要的信仰，他們痛恨塞西爾與其他信仰新教的樞密院成員，而且，最重要的是，他們對於女王不願指定蘇格蘭女王為王儲感到十分氣憤。一開始，諾福克公爵並未涉入此陰謀中，但西班牙大使卻相當活躍地煽動這些反抗活動。
在英國其他地方，多數的天主教徒都對伊麗莎白女王忠心耿耿，但過去數十年來，英國北部人士一直沒有完全接受宗教上的改變，因此這些英國北部的權貴們，如虔誠的天主教徒——諾森伯蘭伯爵（Northumberland）與威斯特摩蘭伯爵（Westmorland），便開始秘密召集大批士紳階級人士，以戶外活動為名大批聚集。他們真正的目的是要起義對抗，而計劃內容則是要殺光英國北部所有皇室官員，營救他們從春天起就開始不斷聯絡的瑪麗·斯圖亞特。但有部分人士，只想驅逐伊麗莎白女王身邊那些「壞心腸的顧問」，也有些人想要罷黜伊麗莎白女王，拱瑪麗·斯圖亞特為王。法國國王也涉入此陰謀，他允諾提供反抗軍援助，而佛羅倫薩銀行家羅伯特·理達費則在背後金援。自伊麗莎白女王上任以來，這次的反抗事件無疑造成了最危險的威脅。此時，英國十一年來的和平，似乎就要以暴力畫下句點。
塞西爾與伊麗莎白女王幾乎在第一時間就已感覺到，「精心深耕的北部」天主教貴族正準備要造反對付她。他們最擔心的，就是諾福克公爵從東部起義，加入反叛軍勢力，而且毫無疑問地，他也同時在精心策劃這件事。根據威廉·康登表示：「宮廷中人心惶惶、充滿恐懼，唯恐諾福克公爵加入反叛行列，於是他們決定，若他真這麼做，就要置蘇格蘭女王於死地。」
但隨即發現諾福克公爵在英國東部的支持度極低。更何況因為他實在病得太重、太沮喪，因而沒有費心召集支持者。此刻他最關心的事，就是要試著控制損害，因此他寫信給女王，哀求女王原諒他，並為他無法前去溫莎侍候女王道歉。他繼續表示，他知道自己是個「有嫌疑的人」，但他擔心自己會被送往倫敦塔——「對一個忠誠的人來說，這是很大的驚恐」。
伊麗莎白女王則刻薄地表示，她並不會羅織任何罪名給他，一切都是他自己應得的罪；同時發出另外兩份詔書，堅持就算重病，也要諾福克伯爵盡速回宮，如果有必要就躺在擔架上。塞西爾與其他樞密院成員也寫信呼籲他聽從女王的命令。
最後，諾福克公爵停止反抗。對於北部的謀反計劃他早就知情，但憂心遭到牽連，他派了一位信差前往威斯特摩蘭郡，要求對方取消起義行動：「我被召回宮中，若您不願意，我的小命可能就不保了。」
十月三日，在前往溫莎的途中，諾福克公爵遭到逮捕。塞西爾向他再三保證，若他願意向伊麗莎白女王和盤托出，女王絕對不會對他太過嚴苛，但十天後，他最害怕的事情成真，他被送往倫敦塔。伊麗莎白女王的怒氣直可燎原，她決定讓他飽受折磨，以報復他幾個月來為她帶來的焦慮與擔憂。同一時間，瑟洛摩頓爵士也疑因涉入陰謀中而受到質疑，被囚禁在他位於薩裡卡效爾頓的農舍中；阿倫德爾伯爵與潘布魯克伯爵也同樣遭到軟禁。潘布魯克伯爵很快便獲釋，但來年便死亡，而阿倫德爾伯爵則在無雙宮中接受嚴密看守，一直到來年三月，才在萊斯特伯爵的協助下獲釋。
十月十六日，塞西爾提醒伊麗莎白女王，英國王位最大的威脅來自瑪麗·斯圖亞特，並以以下的話語來提醒她身負重任。
您身邊總有一定程度的危機。若您願結婚，危機將減輕許多；若您拒絕婚姻，將更增危險。若鉗制瑪麗·斯圖亞特，無論在英國或在蘇格蘭，都能降低威脅；若讓她自由，則威脅蟄伏。若她真涉入丈夫的謀殺案中，她的危險性便大大降低；但若忽略其重要性，謀殺案的傷痕將加劇，更添危機。