由於曾經被ICQ起訴，專利和版權的問題成為了馬化騰不得不重視的公司要務，他也清醒地意識到，騰訊決不能在同樣的問題上犯錯。2003年，騰訊專門成立了一個獨立的部門——法務部，用知識產權來保護自身的權益，並很快對外招聘知識產權研究員、法務高級專員和專利律師等職務。
吃一塹長一智，馬化騰要讓騰訊變得更加正規和成熟起來，這樣才能在市場競爭的浪潮中任意馳騁。為此，他讓所有的新產品都建立起一套內容涵蓋域名、商標、專利、版權的多方位的全面保護系統。
馬化騰打造的這個保護系統，開始於任何技術和業務產品研發立項之初，也就是說有針對性地制定配套的知識產權保護策略，讓每一個產品在法律層面都做到「無懈可擊」。除此之外，馬化騰在新產品的SCM(供應鏈管理)系統之內，加入了對產品以及新業務進行發佈前的知識產權評審，這樣才能夠及時發現新發明和新創造，也可以起到防止侵犯他人的知識產權作用。
目前，騰訊上上下下都對企業的自主知識產權有了足夠的重視，認為這是企業生存發展的一項「軟性保護功能」，也由此加強了對員工的知識產權教育，還重點落實了知識產權日常維護和知識產權許可貿易的審查，另外在研發中心也設置了專門的團隊，其主要工作就是對騰訊的技術發明進行專利發掘和國內國際保護。
在新的QQ頭像誕生之後，馬化騰也加緊了對這些藝術創意設計的知識產權的保護，避免讓他們精心打造的產品被他人利用。
首先，他開啟了商業機密和版權的共同保護機制。騰訊對那些已經創作完畢的作品，比如軟件代碼、設計圖紙等，都施以嚴格周密的商業機密保護策略，目的就是為了讓核心的創業理念和商業戰略不外洩，確保其在市場競爭中掌握核心的有利因素。
其次，加強了對版權和商標權的雙重關注。2000年，騰訊將設計出的企鵝卡通形象視作騰訊最重要的企業產品之一，將這個卡通形象進行了版權登記，此外還進行了全類商標註冊保護，防止他人竊取這個深受廣大用戶歡迎和喜愛的形象設計。與此同時，騰訊對商標也採取了足夠的重視，對旗下的核心商標進行全類註冊保護，形成了以QQ企鵝為核心的卡通形象產品群。
最後，確立了專利保護和版權的雙保護策略。在專利保護方面，通過打造專利管理數據庫系統和專利申請項目跟蹤系統，將版權和專利保護良好地合二為一，從而實現專利申請的整套電子化流程和管理。這樣一來，騰訊在知識產權保護方面將會更系統化、規範化。
騰訊選擇了廣州東利行實業有限公司作為Q-Gen註冊商標的獨家授權經銷商，很快，在廣州就出現了第一家Q-Gen專賣店，專門出售有關QQ品牌的服裝和玩具等。
由於QQ小企鵝的深入人心，這些延伸產品很受歡迎，也讓用戶進一步瞭解了騰訊的品牌鍛造能力。沒過多久，QQ就成為了可以比肩米老鼠、加菲貓等卡通形象的全新時尚娛樂符號，廣大用戶中也誕生了一批QQ迷，他們對帶有小企鵝的產品充滿了獵取和佔有的興趣，瘋狂搶購與其有關的一切產品。
2005年3月，騰訊和鄭州的小櫻桃卡通公司進行了合作，獨家授權其創作並出版了《QQ漫畫》。這套漫畫上市之後，深受市場好評。馬化騰也充分踐行了卡通品牌形象授權的知識產權之路，拓展出了全新的產權增值業務。
隨著知識授權為騰訊帶來的收益逐漸增多，馬化騰又面臨著一個新問題，那就是在眾多的知識產權中如何有效管理。眾所周知，知識授權是一把「開弓的箭」，往往是「有去無回」，一旦進行了授權，被授權一方就有了充分的自主權，如果在合作條款中沒有寫清楚的話，很可能會讓對方奪走對產品形象的管理權。
馬化騰對這個問題逐漸重視起來，隨著經驗的逐步積累，他最終確定了一套具有騰訊特色的管理QQ品牌形象授權的模式。
這個模式的內容是：騰訊要求一切使用QQ卡通授權的產品，無論是開發、生產還是銷售，只要涉及到再創作、變形等更改時，就必須要事先徵得騰訊的允許，不准擅自做主，而且這些經過變更和再創作的圖像、文字等產物，其產品名的知識產權都歸騰訊所有。
從表面上看，騰訊加大知識產權保護有點「幡然醒悟」的意思，然而實際上騰訊的這一步是其企業發展的必由之路，只是在域名之爭事件促動之下忽然爆發而已。應該說，馬化騰推行的這些保護策略，是對騰訊在智力創新層面的保護，而他推行的知識產權授權策略，讓騰訊的品牌價值得到了迅猛的提升，這是一個最能「直接見利」的實施步驟。
2000年高交會上，騰訊員工做了很多QQ企鵝的公仔模型，目的是為了進一步推廣其產品，結果卻讓他們意想不到：大家對企鵝公仔十分喜歡，表現出了一種空前絕後的追捧熱情。為此，馬化騰深有感觸地表示，騰訊的用戶啟發了他們的智慧，如果在創業的時候沒有設計出這樣一個小企鵝的形象，恐怕就沒有今天的業務了。
現在，騰訊已經熟練地掌握了國內外的法律規則，通過合理的商標、版權和專利佈局，充分實現了其品牌和技術的跨國保護，讓QQ小企鵝即使「遠渡重洋」也能得到法律「照顧」。除此之外，騰訊還將知識產權和研發、市場、運營有機結合在一起，讓公司日常運行中的每一個環節都能融入產權保護的概念。
正是因為提升了對知識產權的重視，騰訊的市場領導地位和市場競爭力都有所提升。2006年11月25日，騰訊成為唯一新一批廣東省級版權興業示範基地。就在同一年，騰訊的QQ和企鵝商標也成為了廣東省內的著名商標，也是廣東省第一個來自互聯網產業的著名商標，十分具有紀念意義。就在同一年，騰訊已經擁有了60多件專利權，和中國其他互聯網企業的專利數的總和大致相當——這是一個非同小可的成就！相信在未來，騰訊會擁有更多的專利認證的產品。
馬化騰是一個能夠從教訓中吸取力量的人，他沒有因為域名之爭而垂頭喪氣，反而從中看到了隱藏的商機。在他將創意和科技二者有效結合之後，終於將QQ逐步打造成一個著名品牌。也正是因為曾經輸掉了官司，馬化騰才更加深刻地意識到知識產權是企業品牌的核心競爭力。