馬化騰第一次代理網游遭遇了「滑鐵盧」，這對剛剛進入網游市場的騰訊來說，無異於是一個比較沉重的打擊。不過馬化騰很快從中吸取了經驗教訓，最後做出了一個重要的決定：一方面充分利用用戶資源強化遊戲平台，另一方面採取分區運營的辦法積累經驗。由此，馬化騰也不再滿足於模仿和代理遊戲，他要自主研發，啟用「兩條腿」走路，很快騰訊將自己的假想敵設定為了當時的網游巨頭——盛大。
騰訊推出了《QQ棋牌》，正好趕上盛大收購邊峰遊戲平台，然而僅僅過了一年的時間，《QQ棋牌》就超越了聯眾、邊峰等一批棋牌遊戲平台，成為棋牌遊戲中的王者。更重要的是，騰訊打破了棋牌遊戲難以賺錢的魔咒，向中國的網絡遊戲界展現了小企鵝的強悍實力。
雖然騰訊缺乏遊戲運營經驗，不過在用戶推廣方面卻是經驗十足。騰訊先後和北京華夏、成都夢工廠等公司合作分區運營了《華夏》《俠義道》等網絡遊戲，而這些公司通過跟騰訊合作也獲得了不少的收入，當然對騰訊而言，此時賺錢不是關鍵的，關鍵的是積累運營經驗。也正是由於經驗的不足，馬化騰才拿休閒類網游「練手」。
2004年，騰訊推出了《QQ堂》，該款遊戲上線之後得到了廣大玩家的青睞。《QQ堂》推出之後，有人認為它是抄襲了盛大的《泡泡堂》，儘管如此人們還是追逐著這款新生代的網絡休閒遊戲，每天登錄遊戲的玩家達到了幾百萬人。從實際情況來看，騰訊的跟風和模仿再次取得了成功，並且打破了休閒遊戲市場中「老大成功老二沒機會」的所謂定律。儘管《QQ堂》在業績上未能超越《泡泡堂》，然而其收入卻十分可觀，而且從遊戲內容上來看，《QQ堂》包含了好幾個休閒遊戲，並非是單純的「炸彈人」。
《QQ堂》取得成功之後，馬化騰並沒有停止前進的腳步，而是繼續一邊模仿、一邊研發、一邊小規模代理地發展網游：「QQ對戰平台」模仿「浩方對戰平台」，《QQ三國》模仿《冒險島》，《QQ飛車》模仿《跑跑卡丁車》，《QQ炫舞》模仿《勁舞團》，後來出現的《穿越火線》則模仿了《CS》……不管多少人對騰訊的這種模仿行為感到不滿，但他們不得不承認一個事實：正是這些被人詬病的跟風作品，再度證明了騰訊不怕和競爭對手出現同質化競爭的情況。相比之下，這些被騰訊模仿的遊戲倒是出現了業績下滑的情況。
隨後在2005年，馬化騰斥資3000萬元，用時兩年研究開發出一款大型網游《QQ幻想》，作為一款「社區型」遊戲，《QQ幻想》幫助騰訊朝著計劃中的網絡社區邁進了重要一步。
隨著在休閒類網游領域的經驗積累，騰訊也開始回歸大型網絡遊戲的製作，最終推出了代表性作品《尋仙》和《地下城與勇士》(韓國開發)，兩個遊戲一中一外，一個3D一個2D，遊戲性質和遊戲內容完全不同，可見馬化騰對這兩個產品線進行了深入的思考。雖然在實際運營中，《地下城與勇士》發生了有關收費道具和外掛所引發的問題，不過依然取得了200萬人同時在線的業績。
隨著網絡遊戲的不斷發展和普及，其負面效應也逐漸顯露出來：不少青少年沉迷於網游不能自拔，出現了曠課逃學甚至為獲得資金玩遊戲而走向了犯罪道路，民眾開始對網游產生了一些負面的看法。也正是這個原因，馬雲才說了「餓死不做遊戲」的話(2014年阿里巴巴宣佈進軍手機遊戲市場)。
對於網絡遊戲的是是非非，馬化騰有自己的看法：「任何一種服務，都必須有序、適量地讓用戶使用。反之，不管遊戲的定位是休閒還是教育，如果讓用戶被迫連續泡在裡面的話，就是不健康的。」或許是馬化騰認識到了網游的危害，所以他將《QQ幻想》打造成一個休閒的、輕鬆有趣的網絡遊戲，不是那種為了升級、裝備而不斷打怪練級的遊戲，相對而言更加健康科學一些。
為了深入推廣《QQ幻想》的健康形象，騰訊和娃哈哈集團聯手，開展了名為「暢飲營養快線，玩轉QQ幻想」的大型聯合推廣活動。雙方對這種合作模式都很看好，馬化騰認為，商業模式的好壞跟投資多少無關，而是應當考慮能否實現多方面的共贏。
正是因為騰訊和娃哈哈有著相似的企業理念和目標用戶群，而且都具備優勢資源和市場強項，所以在他們合作的主題中，「健康」成為了一個關鍵詞，這對雙方的企業形象塑造都大有裨益。
通過和娃哈哈的合作，馬化騰也敏銳地看到，中國網游市場經過幾年的培育，正在朝著更加細分化、專業化的方向發展，網游服務市場會變得更加成熟和穩定，而國內網游廠商的成長也會促進自主研發能力的提高，所以對騰訊來說，前方還存在著大量的、未被開發的新礦山。