2015年3月,一篇《皇甫平新論反腐:砍樹救林 除惡務盡 標本兼治》的報道提出,\"無論如何,反腐都必須解決樹倒根在的問題\"。反腐的\"樹\"——大樹和小樹（老虎和蒼蠅）——似乎不難理解。但是,什麼是\"根\"呢?是腐敗下面盤根錯節的關係網呢?還是什麼特別根牢固實、動他不得的人物?或者是必須對\"樹之長成\"負責的個人或制度?因此,\"樹倒根在\"不是一個簡單比喻,而是一個需要作多個部分細節解釋的\"玄學\"（metaphysical）比喻——寓言往往就是這種比喻的敘事形式。
玄學比喻最著名的代表是英國17世紀的一些善喻詩人,如約翰·鄧恩（John Dunn）。18世紀英國批評家約翰遜（Dr. Johnson）把鄧恩等人稱為\"玄學派詩人\",他指出,他們體現在詩中的\"才趣\"是\"把截然不同的意象結合在一起,從外表絕不相似的事物中發現隱藏著的相似點\",\"把最不倫不類的思想概念勉強地約束在一起\",這就是所謂的\"奇想\"（conceit）。
對腐敗的\"樹倒根在\"比喻具有奇想的特徵,因為國家社會和制度中政治人物的\"腐敗\"和自然界裡的\"樹\"是兩種截然不同的事物。它們之所以被結合到一起,是比喻者的\"意向作用\",並不是\"客觀如此\"。
比喻者似乎是知道這一點的,因此,他對自己的比喻作了這樣的解釋說明,\"砍樹救林,除惡務盡,標本兼治,必須解決樹倒根在的問 題。這個根,既有歷史形成的錯綜複雜的人事因素,但更主要的,是體制機制的不完善。如果樹林裡有一棵樹病死了,倒了下去,可能是這棵樹本身出了問題;但是如果一片樹都成為病樹,倒了下去,那就不一定僅僅是樹本身的問題,更可能是土壤和水分出了問題。所以,砍樹救林,標本兼治,一定要邊深入反腐,邊抓住典型案件深刻總結經驗教訓,從體制制度方面深化改革,為黨政官員不能貪、不想貪營造良好的『土壤和水分』的健康成長環境條件\"。
皇甫平用\"病樹\"來比喻腐敗,但人們更經常是用\"病人\"\"患病\"\"治療\"來比喻腐敗。有人說,腐敗猶如癌細胞,已經在國內政治經濟的各個領域廣泛擴散開來,現在反腐為時已晚。也有人說,現在反腐擴大化了,就像給腫瘤病人做化療一樣,病人會從此虛弱下去。但也有人說,反腐是壯士斷腕、刮骨療傷,是動手術切割腫瘤和病變組織,可以做到精細操作,不誤傷健康肌體。
還有一種是用民間組織內部需要防微杜漸來比喻國家政權防腐必須居安思危、防患於未然。英國學者詹姆斯·裡森（James Reason 提出的瑞士乳酪理論（Swiss Cheese Model）被用於解釋飛行、海航等安全事故的發生。事故的原因存在於安全組織的每個防禦層部分,每個部分都會有多多少少的小孔洞（再完善的制度裡也會有腐敗分子）,如果忽視這些大小不等、形狀各異的小孔洞（平時不加警惕）,一旦一些孔洞連通起來,就會發生災難性的結果。這也就是我們現在時常可以聽到的所謂\"塌方型\"腐敗。
再有一種是\"借古喻今\"的比喻。2013年末,《大清相國》成為又一本因領導人推薦而洛陽紙貴的著作。據稱,這本書由於講述鐵腕治吏的故事而對當今的幹部整風有現實借鑒意義。這令人想起在這之前,也是因為領導人推薦,托克維爾的《舊時代與大革命》也曾走紅過一陣。有學者總結這本書的現實意義:第一,舊制度最大的弊端是統治者的腐敗,這種腐敗沒有帶來經濟的凋敝,相反卻促成了前所未有的物質繁榮,然而也正是這種繁榮加速了大革命的到來。第二,舊制度統治者的腐敗主要表現為統治階級的沒落。統治階級失去了它過去的社會管理職能,脫離了人民,它所造成的社會不平等成為引發法國大革命的根本原因。
用大清國（包括\"鐵帽子王\"）或18世紀法國的事情來引起聯想,藉以暗示當今中國的問題和解決、防止之道。用類比來進行思維非常普遍,常常運用在哲學、社會學、人類學、心理學的問題思考過程中,它可以為瞭解一個陌生的問題提供一個可能是熟悉的路標。
然而,一切比喻都是跛腳的,在當今許多公共討論中大量借助比喻,一個原因是,比喻在政治討論中提供了一種點到為止,但不予明說的\"委婉\"言說方式。無論是樹根、癌症、瑞士乳酪或是歷史人物,它們提出的問題大多是盡在不言之中,而對問題的回答則都是以\"能說\"的勉強代替\"不能說\"的。雖然在說,其實並不是涉及問題本質的深入討論。
人們很容易滿足於類比,但是,正如斯泰賓在《有效思維》中所指出的,\"我們必須記住,哪怕是一個很好的類比,也總有那麼一個點,到了那裡,這個類比就垮了下來。\"而且,有人會利用類比來進行詭辯或欺騙而不是說理,\"目的是勸說我們接受他們的意見,可是並不向我們提出任何可以為一個有理性思維的人所能接受的根據\"。