有些性功能障礙與醫學狀況有關，因此必須進行生理檢查以排除生理原因。此外，對生理疾病如高血壓和對精神障礙如抑鬱症的藥物治療可能會導致性功能障礙，使用違禁藥物也會產生此後果。
1.生物學因素
生物學狀況可能會影響性慾。激素失衡，如可發生於任何年齡的甲狀腺功能減退和性腺功能減退（Maurice，2005）通過降低體內性激素的分泌量來直接減少性興趣。這些情況也可能引起負性情緒狀態，進而間接地降低性慾。其他激素失衡與年齡有關。婦女更年期的變化使雌激素的分泌減少，這會影響陰道潤滑和陰道組織的彈性，反過來又可能導致性交不適和性交疼痛。在男性中，睪酮的水平隨年齡增長（在30多歲和40多歲）而降低。這些降低是如何降低性慾的，目前尚不清楚（Isidori et al.，2005），但睪酮水平的下降，可使性慾降低並引起勃起障礙。
生理疾病如心血管疾病、高血壓、糖尿病、腎衰竭和癌症會造成性慾及性表現的降低。在接受糖尿病治療的男性中，28%的人患有勃起障礙（Feldman et al.，1994）。男性經歷前列腺癌手術後可能患上勃起障礙（Stanford et al.，2000）。另外，生理疾病因引起心理痛苦而間接損害性喚起，進而使性慾降低。
與男性一樣，雄性激素有助於激起女性的性慾，儘管它們對女性性功能的具體作用尚不清楚（Brotto＆Klein，2007）。那些切除卵巢的女性雄激素水平較低，這會使其性慾降低。此外，盆腔手術、化療、放射治療與陰道乾澀、性交疼痛和性慾低下有關（Amsterdam et al.，2006）。
酒精和藥物能引起暫時的性功能障礙，包括男性的早洩、延遲射精和兩性都存在的性高潮障礙。阻斷多巴胺受體或5-羥色胺再攝取的藥物可使射精延遲（Metz et al.，1997；Waldinger 2002）。抗抑鬱藥物，如選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑（SSRIs）雖能改善情緒但卻在性方面有顯著的副作用（Ferguson，2001）。雖然這些藥物可以提高心理性慾或性喚起，但會降低身體反應、抑制獲得性高潮的能力並使男性延緩射精（見後面「治療」中的「生物學治療」）。
2.心理社會因素
負性情緒狀態如抑鬱與性功能障礙有關。存在抑鬱情緒的大學女性比沒有抑鬱情緒的女性更可能報告存在性喚起困難、無法達到性高潮和性交疼痛的問題（e.g.，Cyranowski et al.，2004；Frolich＆Meston，2002）。此外，她們報告對性關係有較低的滿意度，在性活動中較少體驗到性快感。在40～70歲男性中，抑鬱與勃起障礙呈現高相關，這一關係獨立於衰老、健康狀況、用藥和激素等因素的影響（Araujo et al.，1998）。對於性慾低下是抑鬱的結果還是原因以及兩者關係對不同的人可能也意味不同。
行為理論家以及性治療師（Masters＆Johnson，1970）認為焦慮和應激在性功能障礙中發揮了作用，如焦慮和早洩都與交感神經系統有關。對性表現的焦慮似乎可以是勃起障礙以及其他性功能障礙的一個重要原因。如果一個人因酒精、應激和焦慮而引起暫時性的性功能障礙，這種暫時性的問題可能引起個體關注，勃起障礙可能就會成為一個自我實現的預言。性理論家還認為早洩是由條件反射的經驗造成的，如在匆忙的車震性接觸中對快速射精的需要（見「完整故事：邁克爾」）、與妓女的性行為或與不太親密的性夥伴的性接觸（Metz et al.，1997）。雖然這種模式有時出現在男性早洩史中，但實證數據支持不多（Grenier＆Byers，2001）。
夫婦關係緊張或負性生活事件等因素會導致男女雙方性功能的暫時性改變（Bancroft et al.，2003）。環境事件如性侵害可能會導致產生陰道痙攣（Weijmar Schultz＆Van de Wiel，2005）。這種功能障礙不會像衰老那樣引起生物功能的永久性變化。