儘管軍方和民間的行政指揮官都希望將伊拉克發生的虐待和刑求事件當作獨立事件，是2003年秋天在阿布格萊布1A院區值夜班的少數不良軍人的獨立作為，然而新的陸軍檔案記錄卻揭穿這不實宣稱。2006年5月2日，由美國公民自由聯盟(American Civil Liberties Union)公佈的陸軍檔案記錄透露，在阿布格萊布醜聞爆發的兩周前，政府高層官員已經得知這些極端的虐囚事件。一份題為《伊拉克及阿富汗虐囚指控案》(Allegations of Detainee Abuse of Iraq and Afghanistan)、日期註明為2004年4月2日的情報文件中，就詳盡記載了正在調查中的62件美軍虐待及殺害被拘留者案件。
這些案子包括傷害、用拳頭捶、用腳踢、痛毆、模仿死刑行刑、性侵害女囚、威脅要殺害一名伊拉克兒童以便「讓其他伊拉克人知道教訓」、把被拘留者衣服脫光、痛打一頓、用爆炸物嚇他們、向銬上手銬的伊拉克兒童丟擲石塊、用他們的圍巾綁成繩結讓他們窒息、訊問時用槍口對準被拘留者等。至少有26件的案子中涉及被拘留者死亡。在這些案子當中，有些幾乎已通過了軍法訴訟程序，虐行的範圍超出阿布格萊布監獄，而觸及美軍基地克羅帕營、布卡營及其他位於伊拉克摩蘇爾(Mosul)、薩馬拉(Samara)、巴格達、提克里特(Tikrit)等地的拘留中心，以及位於阿富汗的奧崗一E(Orgun-E)軍事基地。
針對由陸軍准將理查德，福爾米卡(Richard Formica)所領導的第十二項軍方虐囚調查結果，一份五角大樓的報告指出在2004年初，美國特種部隊持續運用嚴酷且未經授權的訊問手法對待被拘留者，為期長達四個月。這件事發生在2003年阿布格萊布虐囚案之後，而且這些訊問手法已經廢止了。有些受到虐待的拘留者在長達十七天的時間裡只得到餅乾和水充飢，全身一絲不掛地被關在小到只容站立或躺倒的牢房裡一個禮拜，飢寒交迫，得不到睡眠，承受著極端的精神負荷。儘管這些虐行被揭發，但沒有一個軍人受到處罰或至少受到申誡處分。福爾米卡認為這些虐待行為既不是出於「蓄意」，也不能怪罪於「個人失誤」，而是「不當政策的失敗」使然。在這個粉飾太平的看法之後，他根據自己的觀察補充說，「沒人因為這樣的對待而看起來憔悴不堪。」他的發言真是太令人驚訝了！